Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Latar Belakang: Insidensi infeksi jamur oportunistik yang disebabkan oleh Candida krusei terus meningkat. Di sisi lain, beberapa penelitian melaporkan adanya penurunan sensitivitas C. krusei terhadap caspofungin, vorikonazol, Amfoterisin B, flusitosin, dan ketokonazol. Selain itu, pilihan obat untuk infeksi Candida krusei menimbulkan berbagai efek samping. Oleh karena itu, diperlukan pengobatan alternatif yang lebih efektif dan aman, salah satunya adalah daun Polyscias scutellaria. Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui efektivitas daun Polyscias scutellaria terhadap Candida krusei in vitro. etode: Penelitian eksperimental ini untuk menguji efektivitas daun Polyscias scutellaria terhadap Candida krusei in vitro dengan menggunakan metode difusi cakram dan dilusi. Konsentrasi daun Polyscias scutellaria yang digunakan adalah 800 mg/mL, 1600 mg/mL, 3200 mg/mL, 6400 mg/mL, dan 12800 mg/mL. Hasil: Ekstrak daun Polyscias scutellaria memiliki aktivitas fungistatik terhadap Candida krusei dengan nilai KHM 12800 μg/mL. Diskusi: Daun Polyscias scutellaria berpotensi sebagai antifungi terhadap Candida krusei. Pembacaan hasil setelah 24 dan 48 jam inkubasi dapat dilakukan pada penelitian selanjutnya untuk memberikan hasil yang lebih optimal. ......Background: The incidence of opportunistic fungal infection caused by Candida krusei has been increased. On the other hand, several researches had been reported the decrease sensitivity of Candida krusei to caspofungin, voriconazole, Amphotericin B, flucytosine, and ketoconazole. Moreover, drug of choice for Candida krusei infection cause various side effects. Therefore, it be required the alternative therapy that is more effective and safer, one of which is Polyscias scutellaria leaf. Objective: This research was done to determine the effectiveness of Polyscias scutellaria leaf to Candida krusei in vitro. Methods: This experimental study is to test the effectiveness of Polyscias scutellaria leaf against Candida krusei in vitro using disc diffusion method and dilution method. The extract concentrations of Polyscias scutellaria leaf that be used are 800 mg/mL, 1600 mg/mL, 3200 mg/mL, 6400 mg/mL, and 12800 mg/mL. Results: Polyscias scutellaria leaf extract has fungistatic activity to Candida krusei with MIC value is 12800 μg/mL. Discussion: Polyscias scutellaria leaf extract is potent as antifungal against C. krusei. The reading time after 24 and 48 hours incubation can be considered in the next research to provide more optimal results.

Abstrak :
Latar belakang: Resistensi flukonazol pada Candida krusei semakin menjadi perhatian dalam pengobatan kandidiasis superfisial dan kandidemia. Propolis Lombok yang kaya akan flavonoid merupakan alternatif yang memiliki potensi. Penelitian ini mengeksplorasi aktivitas antijamur propolis Lombok terhadap pertumbuhan Candida krusei. Metode: Eksperimen in vitro ini menggunakan metode difusi agar sumuran (untuk pengukuran diameter zona hambat), dan mikrodilusi (untuk perubahan densitas optik) yang dilanjutkan dengan kultur jamur (untuk penentuan nilai KHM). Kelompok perlakuan pada metode difusi agar sumuran terdiri dari ekstrak etanol propolis Lombok pada konsentrasi 500.000 ppm, 700.000 ppm, dan 1.000.000 ppm, flukonazol (kontrol positif), dan DMSO 10% (kontrol negatif), serta penambahan kontrol pertumbuhan dan kontrol media pada metode mikrodilusi. Hasil: Terdapat perbedaan yang signifikan antar kelompok pada metode difusi agar sumuran (p = 0,025) dan mikrodilusi (p = 0,001), dengan rata-rata zona hambat terbesar pada 700.000 ppm (9,67 mm) dan rata-rata penurunan densitas optik terbesar pada 500.000 ppm (0,2308). Tes post hoc untuk metode difusi agar sumuran tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan. Untuk metode mikrodilusi, perbedaan densitas optik secara signifikan lebih rendah untuk 500.000 ppm dibandingkan dengan kontrol negatif dan kontrol medium, serta untuk 700.000 ppm dibandingkan dengan kontrol positif, kontrol pertumbuhan, dan kontrol medium. Kultur jamur menunjukkan pertumbuhan Candida krusei pada semua konsentrasi propolis. Kesimpulan: Propolis Lombok yang didapatkan dari Trigona clypearis berpotensi menghambat pertumbuhan Candida krusei. Namun, untuk dapat dijadikan sebagai pengobatan alternatif, efeknya harus dioptimalkan. Nilai KHM tidak dapat ditentukan. ......Introduction: Candida krusei’s fluconazole resistance is a growing concern in superficial candidiasis and candidemia treatment. Lombok propolis, rich in flavonoids, is a potential alternative. This research explores the antifungal activity of Lombok propolis against Candida krusei growth. Method: In vitro experiments used Agar well diffusion (for inhibition zone diameter measurement), and Broth microdilution (for optical density changes) followed by fungal culture (for MIC determination). Groups in Agar well diffusion included Lombok propolis ethanol extracts at concentrations of 500.000 ppm, 700.000 ppm, and 1.000.000 ppm, fluconazole (positive control), and 10% DMSO (negative control), with the addition of growth control and medium control in Broth microdilution. Result: This study found significant between-group differences in Agar well diffusion (p = 0,025) and Broth microdilution (p = 0,001), with the largest average inhibition zone at 700.000 ppm (9,67 mm) and the greatest average optical density decrease at 500.000 ppm (0.2308). Post hoc tests for Agar well diffusion revealed no significant difference and for Broth microdilution the optical density difference was significantly lower for 500.000 ppm compared to negative control and medium control, as well as for 700.000 ppm compared to positive control, growth control, and medium control. Fungal culture showed Candida krusei growth at all propolis concentrations. Conclusion: Lombok propolis collected from Trigona clypearis has the potential to inhibit the growth of Candida krusei. However, to be established as an alternative treatment, its effect has to be optimized. MIC value determination was inconclusive.

Abstrak :
Latar belakang: Kandidiasis merupakan infeksi yang disebabkan oleh anggota genus jamur Candida, dikaitkan dengan morbiditas serta mortalitas tinggi. Telah terjadi peningkatan jumlah isolat spesies non-albicans (NAC), salah satunya C. krusei. Jamur ini memiliki resistensi alami terhadap flukonazol, dan merespon buruk terhadap terapi antijamur, dengan mortalitas 40–58%. Salah satu mekanisme molekuler terjadinya resistensi adalah penurunan akumulasi obat intraseluler akibat pompa efluks (protein ATP-binding cassette; ABC). Analisis bioinformatika sekuens protein ABC2 C. krusei dapat memberikan pemahaman komprehensif terkait mekanisme molekuler yang terlibat. Metode: Penelitian ini merupakan studi eksperimental observasional untuk mengkarakterisasi sekuens gen dan protein ABC2 Candida krusei. Sekuens didapatkan dari UniProtKB dan GenBank, lalu dianalisis menggunakan BLAST pada genom 18 sampel C. krusei dan spesies Candida lainnya. Analisis filogeni dilakukan menggunakan program MEGA11. Pemodelan struktur 3D didapatkan dari I-TASSER, AlphaFold, dan SWISS-MODEL. Prediksi mutasi berefek dicari menggunakan SNAP2. Hasil: Sekuens ABC2 didapatkan pada seluruh spesimen, utamanya pada kromosom 2, dengan panjang 358 bp. ABC2 memiliki homolog pada C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, dan C. parapsilosis dengan kemiripan konsisten. Analisis filogenetik menunjukkan kekerabatan terdekat dengan protein pada C. glabrata, meski kurang didukung secara statistik. Pemodelan 3D menghasilkan struktur yang tersusun mayoritas oleh alfa-heliks, area pengikatan ligan ADP, dan kemiripan terhadap transporter Saccharomyces cerevisiae. Prediksi varian efek oleh SNAP2 mengidentifikasi residu G16 sebagai area berpotensi berpengaruh signifikan pada fungsi protein. Kesimpulan: Sekuens protein ABC2 C. krusei menunjukkan divergensi genetik dari homolog-homolognya di spesies Candida lain, meski kurang didukung secara statistik; belum dapat ditentukan hubungan kausal antara divergensi dengan peran ABC2 dalam resistensi intrinsik flukonazol C. krusei. Profil mutasi yang diprediksi menunjukkan residu G16 sebagai asam amino dengan potensi efek tertinggi terhadap fungsi protein ABC2; hubungannya dengan resistensi flukonazol belum dapat dijelaskan, sebab residu tidak terletak pada area pengikatan ligan. Dari pemodelan 3D, ditemukan variasi struktur alfa heliks ABC2 jika dibandingkan dengan CDR4 C. albicans. ......Background: Candidiasis is an infection caused by members of the genus Candida, associated with high morbidity and mortality. There has been an increase in the number of non-albicans species (NAC) isolates, among them C. krusei. Having a natural fluconazole resistance, C. krusei responds poorly to antifungal therapy, with 40–58% mortality. One molecular mechanisms of resistance is intracellular drug accumulation reduction due to efflux pumps (ATP-binding cassette protein; ABC). Bioinformatics analysis of C. krusei ABC2 protein sequences could elucidate the mechanisms involved. Methods: This was an observational-experimental study characterizing the gene and protein sequences of C. kruseiABC2. Sequences obtained from UniProtKB and GenBank were BLAST-searched in the genomes of 18 C. kruseisamples and other Candida. Phylogeny analysis was done using MEGA11. 3D models were obtained from I-TASSER, AlphaFold, and SWISS-MODEL. Prediction of effected mutation was searched using SNAP2. Results: ABC2 sequences were obtained in all specimens, especially on chromosome 2, spanning 358 bp. ABC2 has homologs in C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, and C. parapsilosis with consistent similarities. Phylogenetic analysis showed closest relationship to a C. glabrata protein, although statistically unsupported. 3D-modelling resulted in a structure composed mostly of alpha-helices, ADP-binding areas, and similarity to a Saccharomyces cerevisiae transporter. Prediction of effect variance by SNAP2 identified G16 residue as a potentially significant area of ​​effect on protein function.Conclusions: ABC2 protein shows genetic divergence from its homologs in other Candida, although not statistically supported; the causal relationship between the divergence and its role of ABC2 in C. krusei resistance to fluconazole is undetermined. Predicted mutation profile showed G16 as the residue with the highest potential effect on protein function; its relationship with fluconazole resistance is inconclusive, as it is not located in the ligand binding site. 3D-modelling shows variations in the alpha-helix of ABC2 when compared to C. albicans CDR4.

Abstrak :
ABSTRAK
Candida krusei merupakan lima besar spesies Candida terbanyak penyebab kandidosis. Candida krusei sulit diobati karena memiliki resistensi primer terhadap flukonazol. Data pola kepekaan C. krusei di Jakarta berbeda dengan di dunia karena masih ditemukan isolat sensitif terhadap flukonazol. Tujuan penelitian ialah mengidentifikasi isolat C. krusei isolat Jakarta yang peka dan resisten terhadap flukonazol. Sampel penelitian menggunakan enam isolat uji C. krusei (empat resisten dan dua sensitif flukonazol) dan dua isolat kontrol kualitas yaitu C. albicans dan C. parapsilosis yang merupakan isolat koleksi Laboratorium Mikologi Departemen Parasitologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Analisis yang dilakukan adalah fenotipik berupa makroskopik, mikroskopik serta biokimia. Analisis molekular menggunakan teknik PCR pada regio ITS (NCBI dan ISHAM) dan D1/D2 (NCBI). Hasil perbandingan sekuens ITS antar isolat uji didapatkan satu perbedaan basa pada urutan basa 465. Hasil perbandingan sekuens regio D1/D2 tidak ditemukan perbedaan basa. Analisis multi gene sequence menunjukkan kemiripan dengan isolat C. krusei CBS 5147 yang sensitif terhadap flukonazol. Analisis filogenetik regio ITS dan D1/D2 memperlihatkan isolat uji merupakan C. krusei. Identifikasi ke enam isolat Jakarta berdasarkan analisis fenotipik dan analisis molecular menunjukkan bahwa semuanya merupakan C. krusei.

---

ABSTRACT
Candida krusei is one of the big five species of Candida caused disease. Candida krusei becomes difficult to treat due to the primary resistance against fluconazole. Examination data of resistance in C. krusei in Jakarta contrast to the world is isolates which are still sensitive to fluconazole. The objective of this study was identified of C. krusei of Jakarta's isolates which is sensitive and resistant fluconazole. The samples used 6 isolates C. krusei (four resistant and two sensitive fluconazole) and two isolates quality control the C. albicans and C. parapsilosis were cultured collection of Mycology Laboratory Parasitology's Department, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Analysis phenotypic using by macroscopic, microscopic and biochemistry. Analysis molecular was done using PCR method for ITS (NCBI and ISHAM) and D1/D2 (NCBI) regions. The results of ITS sequences comparison with isolates test were found one difference base at 465. The results of D1/D2 sequence comparison did not find the difference of sequences base, and analysis of multi Gene sequence showed the isolated test had a similarity with C. krusei CBS 5147 which sensitive fluconazole. Phylogeny of the region ITS and D1/D2 showed the isolates test was C. krusei. Identification six isolates based on analysis phenotypes and analysis of molecular was C. krusei.

Abstrak :
Kandidiasis invasif yang disebabkan oleh Candida krusei merupakan salah satu penyebab kematian dengan angka kematian yang tinggi. Terjadinya resistansi terhadap flukonazol dilaporkan terkait dengan gen penanda resistansi intrinsik. Data epidemiologi molekular dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang mengidentifikasi gen dan varian yang terkait virulensi dan resistansi obat Candida krusei belum pernah dilaporkan di Jakarta, maupun di Indonesia. Berdasarkan permasalahan di atas, dilakukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan profil gen resistansi dengan metode Whole Genome Sequencing. Hasil pemetaan MLST diperoleh ada 6 housekeeping gen yaitu ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1 dan TRP1. Berdasarkan hasil variant calling ditemukan beberapa gen yang berperan dalam resistansi yaitu ERG11 dan FKS1. Mutasi yang ditemukan meliputi missense, synonymous, stop gain dan indel. Sebagian besar adalah varian mutasi missense dan synonymous. Pola kepekaan Candida krusei dengan metode difusi cakram sebagian besar terdiri dari isolat yang resisten dan sensitif terhadap beberapa antijamur seperti flukonazol, itrakonazol, ketonazol, amfoterisin B, nistatin, vorikonazol dan mikonazol. ......Invasive candidiasis caused by Candida krusei is one of the causes of death with a high mortality rate. The occurrence of resistance to fluconazole is reported to be related to intrinsic resistance marker genes. Molecular epidemiological data related to Whole Genome Sequencing (WGS) that identify genes and variants associated with Candida krusei virulence and drug resistance have never been reported in Jakarta, nor in Indonesia. Based on the problems above, further research was carried out to determine the resistance gene profile using the Whole Genome Sequencing method. The results of the MLST mapping showed that there were 6 housekeeping genes namely ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1, and TRP1. Based on the results of variant calling, several genes that play a role in resistance were found, namely ERG11 and FKS1. The mutations found include missense, synonymous, stop gain, and indel. Most are missense and synonymous mutation variants. The sensitivity pattern of Candida krusei by disc diffusion method mostly consisted of isolates that were resistant and sensitive to several antifungals such as fluconazole, itraconazole, ketoconazole, amphotericin B, nystatin, voriconazole, and miconazole.

Abstrak :
Pendahuluan: Kandidiasis merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh jamur jenis Candida sp. Beberapa jenisnya adalah Candida albicans, spesies Candida sp. yang menjadi etiologi terbanyak kasus kandidiasis dan Candida krusei, spesies Candida sp. yang memiliki resistensi tertinggi terhadap flukonazol. Dewasa ini, kejadian kandidiasis semakin meningkat disebabkan tingginya insidens HIV dan semakin maraknya penggunaan antibiotika spektrum luas. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pola kepekaan Candida albicans dan Candida krusei terhadap antifungal flukonazol secara in vitro di Indonesia. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian observasional in vitro menggunakan data sekunder hasil uji kepekaan difusi cakram kultur Candida albicans dan Candida krusei yang didapat dari spesimen klinik yang masuk ke Laboratorium Departemen Parasitologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia periode 2013-2018. Setiap spesimen dimasukkan cakram antifungal flukonazol dan dilakukan interpretasi hasil kepekaan sesuai panduan dari CLSI yang terdiri atas sensitif, peka tergantung dosis, dan resisten. Hasil: Uji kepekaan Candida albicans terhadap flukonazol menunjukkan dari 1554 isolat Candida albicans didapatkan 1545 isolat (99,421%) sensitif, 4 isolat (0,257%) peka tergantung dosis, dan 5 isolat (0,322%) resisten. Sementara itu, uji kepekaan Candida krusei terhadap flukonazol menunjukkan dari 191 isolat Candida krusei, didapatkan 96 isolat (50,262%) sensitif, 4 isolat (2,094%) peka tergantung dosis, dan 91 isolat (4,31%) resisten. Hasil uji statistik menunjukkan terdapat perbedaan yang signifikan antara pola kepekaan Candida albicans dan Candida krusei terhadap antijamur flukonazol secara in vitro (p <0,001). Kesimpulan: Candida krusei memiliki presentase resistensi terhadap flukonazol yang lebih tinggi dibandingkan Candida albicans. ......Introduction: Candidiasis is an infectious disease caused by a fungus type Candida sp. Several types of them are Candida albicans, species of Candida sp. which became the most etiological cases of candidiasis and Candida krusei, species of Candida sp. which has the highest resistance to fluconazole. Nowadays, the incidence of candidiasis is increasing due to the high incidence of HIV and the increasingly widespread use of broad-spectrum antibiotics. The purpose of this study was to determine the pattern of sensitivity of Candida albicans and Candida krusei to antifungal fluconazole in vitro in Indonesia. Method: This study was an in vitro observational study using secondary data from the diffusion sensitivity test of Candida albicans and Candida krusei culture discs obtained from clinical specimens that entered the Laboratory of the Department of Parasitology, Faculty of Medicine, University of Indonesia, 2013-2018. Each specimen was inserted fluconazole antifungal discs and interpreted the sensitivity results according to the guidelines of CLSI which consisted of sensitive, dose-dependent, and resistant. Result: Candida albicans sensitivity to fluconazole showed that from 1554 Candida albicans isolates of which 1545 isolates (99.421%) were sensitive, 4 isolates (0.257%) were susceptible dose dependent (SDD), and 5 isolates (0.322%) were resistant. Meanwhile, Candida krusei sensitivity to fluconazole showed that from 191 Candida krusei isolates of which 96 isolates (50.262%) were sensitive, 4 isolates (2.094%) were susceptible dose dependent (SDD), and 91 isolates (4.31%) were resistant. Statistical test results showed that there were significant differences between the sensitivity patterns of Candida albicans and Candida krusei to fluconazole antifungals in vitro (p <0.001). Conclusion: Candida krusei has a higher percentage of resistance to fluconazole than Candida albicans.

Abstrak :
Candida sp. Berbagai spesies Candida seperti; C.albicans, C.glabrata, C,parapsilosis, C.tropicalis, C.keyfr, C.lusitaniae dan C.krusei. Saat ini, kandidiasis meningkat akibat tingginya individu dengan defisiensi imun, penyakit kronik, transplantasi dan faktor lainnya. Beberapa obat dilaporkan mengalami resistensi. Fluconazole merupakan salah satu lini pertama pada kandidiasis. Beberapa studi melaporkan fluconazole mengalami resistensi terhadap C. krusei. Voriconazole merupakan golongan azole terbaru yang mempunyai sensitifitas lebih tinggi terhadap C.krusei. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sensitifitas fluconazole dan voriconazole terhadap C.krusei Metode: Penelitian ini menggunakan data sekunder dari rekam medik pasien kandidiasis di RSCM tahun 2013-2018 yang sudah diuji difusi cakram untuk pengujian sensitifitas dengan total sampel adalah 249. Hasil: Uji sensitifitas menunjukkan perbedaan yang bermakna antara fluconazole dengan voriconazole dengan rincian 191 isolat diuji dengan fluconazole 50.26% sensitif, 2.09% Susceptible Dose Dependent (SDD), dan 47.64% resisten sementara dengan voriconazole menunjukkan 100% sensitif dari 58 sampel (p< 0.05). Hasil dari penelitian, voriconazole lebih sensitif dari fluconazole terhadap Candida krusei. Kesimpulan: C.krusei lebih sensitif terhadap voriconazole karena memiliki kemampuan resistensi secara intrinsik terhadap fluconazole.
Candida sp. Various species of Candida such as; C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalalis, C. keyfr, C. lusitaniae and C. krusei. Currently, candidiasis is increasing due to the high number of individuals with immunodeficiency, chronic disease, transplantation and other factors. Several drugs have been reported to be resistant. Fluconazole is one of the the first line of treatment for candidiasis. Several studies reported that fluconazole was resistant to C. krusei. Voriconazole is the newest azole group that has a higher sensitivity to C. krusei. Objective: This study aims to determine the sensitivity of fluconazole and voriconazole to C.krusei Methods: This study used secondary data from the medical records of candidiasis patients at the RSCM in 2013-2018 which had been tested for disc diffusion for sensitivity testing with a total sample of 249. Results: Test sensitivity showed a significant difference between fluconazole and voriconazole with details of 191 isolates tested with fluconazole 50.26% sensitive, 2.09% Susceptible Dose Dependent (SDD), and 47.64% resistant while with voriconazole showed 100% sensitivity from 58 samples (p < 0.05). The results of the study, voriconazole more sensitive than fluconazole to Candida krusei. Conclusion: C. krusei is more sensitive to voriconazole because it has the ability to intrinsic resistance to fluconazole.

Abstrak :
Dari semua spesies Candida yang ada, Candida krusei memiliki resistansi alami terhadap flukonazol, terapi lini pertama pada infeksi jamur. Salah satu faktor resistansi yang ada adalah adanya protein Abc1p yang dikode oleh gen ABC1. Penelitian eksperimental observasional ini menganalisis 16 whole-genome sequence (WGS) dari C. krusei dan membandingkannya terhadap gen ABC1 pada C. krusei lain dan homolognya pada Candid lain yang didapat dari database NCBI dan UniProtKB. Hasil analisis menunjukkan karakteristik dari gen Abc1p yang ditemukan memiliki common ancestor dengan gen serupa pada Candida lain. Hasil analisis juga memprediksi lokasi-lokasi pada sekuens yang diduga memiliki efek perubahan fungsi yang besar jika terjadi mutasi pada titik tersebut. Pemodelan 3D menemukan protein Pdr5 dari S. cerevisiae sebagai protein dengan struktur yang paling mirip dengan Abc1p. ......Of all the Candida species, Candida krusei has a natural resistance to fluconazole, the first line therapy for fungal infections. One of the factors that contributes to C. krusei’s resistance is the Abc1p protein that is coded by the ABC1 gene. This experimental observational study analyzed 16 whole-genome sequences (WGS) of C. krusei and compared them with the ABC1 genes of other C. krusei and its homologues in other Candida species gathered from the NCBI and UniProtKB databases. Results showed the characteristics of the Abc1p gene. A common ancestor among the ABC1p protein and other similar proteins in other Candida species was found. A prediction was also made on the effects an amino acid mutation would have and the location of the mutation. Three-dimensional modeling of the Abc1p protein showed that the protein with the most similar structure is the Pdr5 protein from S. cerevisiase.

Abstrak :
Candida sp. merupakan jamur komensal penyebab infeksi invasif kandidiasis. Candida albicans memiliki sifat dominan sehingga Candida lain sulit untuk dideteksi dan dapat mengarah pada kesalahan terapi. Candida non-albicans seperti Candida krusei juga memiliki resistensi terhadap obat antijamur. Metode deteksi menggunakan qPCR dapat mempersingkat waktu untuk diagnosis dan memiliki spesifisitas deteksi yang baik untuk deteksi kandidiasis invasif. Namun penggunaan metode ini memerlukan primer spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas novel primer Ca2 yang mendeteksi Candida albicans dan Cc3 yang mendeteksi Candida krusei serta membedakan keduanya dari spesies Candida dan jamur lainnya. Pengujian spesifisitas dilakukan menggunakan metode qPCR berbasis intercalating dye SYBR Green dengan suhu annealing 60℃ untuk primer Ca2 dan 58℃ untuk primer Cc3, masing-masing sebanyak 40 siklus. Pengujian dilakukan terhadap sebelas spesies jamur Candida termasuk C. albicans dan C. krusei; satu spesies teleomorf jamur Candida, Clavispora lusitaniae; dan dua spesies jamur dari genus lain, yaitu Malassezia dan Aspergillus. Hasil uji primer Ca2 menunjukkan nilai Ct 25,23 dan Tm 83,58 untuk Candida albicans, sedangkan primer Cc3 menunjukkan nilai Ct 35,00 dan Tm 88,24 untuk Candida krusei serta Ct 23,41 dan Tm 88,80 untuk Clavispora lusitaniae. Primer Ca2 spesifik mendeteksi C. albicans. Sementara itu primer Cc3 tidak spesifik mendeteksi Candida krusei, namun dapat mendeteksi Clavispora lusitaniae. Walaupun demikian, primer Cc3 masih dapat digunakan untuk penggunaan klinis karena rendahnya infeksi Clavispora lusitaniae di Indonesia. ......Candida sp. are commensal yeasts that can result in invasive infection such as Candidiasis. Candida albicans-dominant characteristic caused medication error due to difficulty of other Candida detection. Candida non-albicans such as Candida krusei has high resistance against antifungi drugs. Detection method using qPCR offers shorter amount of time for diagnosis and has high specificity for detecting invasive candidiasis. However, this method requires specific primers. In this study, we evaluate specificity of novel primer Ca2 for detecting Candida albicans and Cc3 for detecting Candida krusei and differentiate both species from other Candida and yeast species. The specificity test was done in qPCR with intercalating dye SYBR Green applying 40 cycles and annealing temperature at 60 ℃ for Ca2 and 58℃ for Cc3. Samples are eleven Candida species including C. albicans and C. krusei; one species of Candida in a teleomorph form, Clavispora lusitaniae; and two species of another genus, Malassezia and Aspergillus. Primer Ca2 identified Candida albicans with Ct value 25,23 and Tm 83,58. Primer Cc3 identified Candida krusei with Ct value 35,00 and Tm 88,24 as well as Clavispora lusitaniae with Ct value 23,41 and Tm 88,80. Primer Ca2 specific for detecting C. albicans and primer Cc3 not specific for detecting Candida krusei, but also able to detecting Clavispora lusitaniae.However, the primer still acceptable for clinical use due to low prevalence of Clavispora lusitaniae infection in Indonesia.

Abstrak :
Candida krusei merupakan organisme komensal pada manusia sehat, namun pada pasien dengan gangguan sistem kekebalan tubuh dapat menjadi patogen oportunistik. Candida krusei memiliki prevalensi yang rendah, namun tingkat mortalitas yang cukup tinggi sehingga diperlukan metode deteksi yang cepat dengan sensitivitas serta spesifisitas yang tinggi. Quantitative PCR berbasis intercalating dye merupakan teknik amplifikasi DNA yang mendeteksi secara real-time, namun dapat berikatan secara non-spesifik pada DNA untai ganda yang rentan terhadap kesalahan sehingga diperlukan primer yang baik dan spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi Candida krusei menggunakan qPCR berbasis intecalating dye dengan merancang primer secara in silico dengan target gen ITS yang memiliki karakteristik baik dan spesifik terhadap Candida krusei serta dilakukan uji spesifisitas primer pada beberapa spesies jamur dan uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) manusia. Hasil perancangan primer yang diperoleh adalah primer Cc3 yang memiliki panjang masing-masing adalah 20 dan 18 oligonukleotida dengan karakterisasi yang baik. Hasil uji spesifisitas dengan qPCR berbasis intercalating dye pada tiga Candida sp. dan satu spesies Malassezia menunjukkan hasil yang spesifik dimana hanya dapat mendeteksi Candida krusei. Hasil uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) menunjukkan bahwa qPCR berbasis intercalating dye menggunakan primer Cc3 mampu mendeteksi hingga batas 1000 sel/mL. ......Candida krusei is a commensal organism in healthy humans, but in patients with immunocompromised it can become an opportunistic pathogen. Candida krusei has a low prevalence with a fairly mortality rate. Intercalating dye-based quantitative PCR is a DNA amplification technique that allows real-time detection, however it can binds to any double-stranded DNA unspecifically which is error-prone, primer with a good characteristics and specific is needed. This study aims to develop a Candida krusei detection method using intercalating dye-based quantitative PCR was carried out by primers designing in silico with the target gene for ITS which has good characteristics for Candida krusei, and specificity tests in several fungal species and sensitivity tests in human biological sample (whole blood). The primer design results obtained are primer Cc3 which has lengths of 20 and 18 oligonucleotides with good characterization. The results of the specificity tests with intercalating dye-based qPCR in three Candida sp. and one Malassezia sp. showed specific results which were only able to detect Candida krusei. The results of the sensitivity tests in whole blood sample showed that intercalating dye-based qPCR using a primer that had been designed was able to detect up to 1000 cells/mL.