Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Indonesia merupakan negara dengan jumlah kasus dengue terbanyak dan terparah di Asia Tenggara Studi filogenetik virus dengue DENV diperlukan sebagai dasar pengembangan struktur vaksin yang cocok Meskipun demikian data sekuens DENV masih terbatas Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuens dan filogenetik keseluruhan gen envelope DENV 1 dibandingkan dengan domain III saja Data didapatkan dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa whole genome DENV 1 sebanyak 30 sekuens yang diolah dengan Genetyx 5 1 Hasil analisis nukleotida gen envelope DENV 1 menunjukan strain Indonesia termasuk genotipe I dan IV Sedangkan analisis nukleotida dengan hanya domain III menunjukan adanya perbedaan cluster antar strain namun tetap dalam genotipe yang sama Dengan demikian studi filogenetik penentuan genotipe dapat dilakukan dengan hanya menggunakan domain III saja Analisis homologi asam amino domain III menunjukan epitope utama dilestarikan dan dapat menjadi landasan penting dalam pembuatan vaksin dengue berbasis domain III

---

Phylogenetic study of dengue virus DENV is required as a basis to develop a suitable structure for vaccine development Nonetheless DENV sequence data is limited This study aims to analyze and compare the sequence and phylogenetic of DENV 1 envelope gene with domain III The data is obtained from GenBank and Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia Thirty sequences of DENV 1 whole genome were processed using Genetyx 5 1 Analysis using DENV 1 envelope nucleotide showed that strain Indonesia has genotype I and IV Analysis using only the nucleotide of domain III showed the same genotype with difference of clusters between strains Thus phylogenetic studies determining the genotype can be done using domain III alone Homology analysis of amino acid of domain III showed that the main epitope is well reserved This finding can be an important cornerstone in the development of domain III based dengue vaccine."

"ABSTRAKTingginya angka infeksi virus dengue (DENV) di Indonesia merupakan masalahkesehatan yang masih belum tertangani. Pengobatan infeksi DENV hingga saat inimasih mengandalkan imunitas penderita. Berbagai jenis antiviral DENV sedangdikembangkan, salah satunya menggunakan rekayasa genetika berbasis sekuensuntranslated region (UTR). Namun data mengenai UTR DENV masih sedikit. Olehkarena itu, penulis melakukan penelitian untuk menganalisa sekuens danfilogenetik UTR DENV-1. Dalam penelitian ini, dua strain Indonesia dibandingkandengan 25 strain dari GenBank menggunakan program Genetyx 5.1. Hasilpenelitian ini menunjukan bahwa terdapat beberapa sekuens yang lestari, sehinggamemenuhi kriteria sebagai target siRNA, yaitu 3’UAR, CS1, CS2, dan RCS2.Sementara sekuens 5’ UTR tidak memenuhi syarat siRNA karena ditemukanperubahan pada beberapa strain, termasuk strain Indonesia. Filogenetikmenggunakan UTR tidak sesuai dengan filogenetik envelope dan tidak dapatdigunakan untuk menjelaskan pola penyebaran DENV-1.

---

ABSTRACTHigh prevalence of dengue virus (DENV) infection still become an unresolved issuein Indonesia. Treatment for DENV infection relies heavily on natural immunity.Various DENV antivirals are on development, one of them is untranslated region(UTR)-sequence-based. However, there is only a few number of data available onUTR DENV. Therefore, this research was done to analyze the sequence andphylogenetic of UTR DENV-1. Two Indonesia strains were compared with 25strains from GenBank using the Genetyx 5.1 program. There are four conservedsequences that fill criteria as siRNA targets, which are 3’UAR, CS1, CS2, andRCS2. 5’UTR sequence does not fill the siRNA criteria because mutations werefound within some strains, including Indonesia strains. Phylogenetic using UTRdoes not fit envelope phylogenetic and can not be used to explain the DENV-1pattern."

"Demam Berdarah Dengue (DBD adalah salah satu masalah kesehatan di dunia. Penggunaan Non Structural-1 (NS-1) antigen dari virus dengue untuk deteksi awal telah terbukti sebagai salah satu solusi dari penentu infeksi dengue. Salah satu alat diagnosik yang tersedia di Indonesia adalah Bio-Rad NS1 Ag strip. Penelitian ini berjalan selama18 bulan di mulai dari tanggal November 2010 sampai dengan Mei 2012. Seratus dua pasien dengan demam kurang dari 2 hari terlibat dalam studi ini. Peneliti menggunakan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), Virus isolation di sel C6/36, atau IgG and IgM titer ELISA sebagai standard emas dalam mendeteksi infeksi dengue. Dalam riset ini, kami menggunakan Bio-Rad NS1 antigen untuk mendeteksi keberadaan antigen NS1 dalam serum darah pasien yang terduga terkena demam berdarah. SPSS 16.0 digunakan untuk menganalisa data. Hasil yang diperoleh adalah dari 102 pasien yang terduga terkena demam berdarah, terdapat 68(68.3%) positf terkena demam berdarah dan 34(31.7%) negatif. Serotype virus juga dipeoleh mellaui RT PCR. Dari 68 pasien yang positif demam berdarah, ada 17 terkena DENV-1, 21 terinfeksi DENV-2, 16 terinfeksiDENV-3, 4 terinfeksi DENV-4, 8 terinfeksi campuran, dan 2 tidak diketahui serotypenya. Nilai sensitivitas dan specifisitas Bio-Rad NS1 Ag Strip dalam mendeteksi infeksi demam berdarah dengan nilai 86.2% dan 96.3%. Dalam mendeteksi infeksi DENV-1, sensitivitas and spesifisitas Bio-Rad NS1 Ag strip adalah 94.12dan 94.44% (95% CI, 80.5% to 97.7%). Sedangkan untuk mendeteksi DENV-3, alat ini mempunyai sensitivitas 75% dan spesifisitas 94.44% (95% CI, 69.3% to 93.5%). Bedasarkan hasil ini, Bio-Rad NS1 Ag Strip dapat dipergunakan sebagai alat untuk menegakan diagnosis dari infeksi demam berdarah DENV-1 dan DENV-3 pada awal demam.

---

Dengue infection has been one of the health issues in worldwide. The utilization of Non Structural-1 (NS1) antigen in order to detect early dengue infection has been proven to be one of the solutions. Diagnostic kit named Bio-Rad NS1Ag Strip is one of the kit that uses antigen which is available in Indonesia. The purpose of this study is to evaluate the sensitivity, specificity, PPV, and NPV value of the kit. This study was held in 18 months duration from November 2010 until Mei 2012. One hundred and two subjects with fever less than 48 hours were included in the study. RT-PCR or virus isolation C6/36 or ELISA antibody titer were used as the gold standard of this research. Bio-Rad NS1 Ag Strip was used to determine the presence of NS1 antigen in the patient. Data analysis and statistics uses SPSS 16.0.In the result, there were 68 (68.3%) positive and 34 (31.7%) negative. RT PCR also determined the virus’s stereotypes. There were 17 of DENV-1, 21 of DENV-2, 16 of DENV-3, 4 of DENV-4, 8 of mixed infection and 2 unknown serotypes. Bio-Rad NS1 Ag has 86.2% of sensitivity and 96.35 of specificity to detect all stereotypes. In for detecting DENV-1, the kit has 94.12% sensitivity and 94.44% (95% CI, 80.5% to 97.7%). Meanwhile, in detecting DENV-3, the kit has 75%sensitivity and 94.44% specificity (95% CI, 69.3% to 93.5%). According to these findings, Bio-Rad NS1 Ag strip is suitable as a diagnostic kit to make early diagnosis of dengue fever DENV-1 and DENV-3."

"Infeksi virus dengue (DENV) hingga saat ini masih menjadi masalah kesehatan di dunia termasuk Indonesia. DENV merupakan virus RNA single stranded positif yang terdiri dari 4 serotipe (DENV 1 - 4). Sejumlah besar percobaan secara in vivo dan in vitro telah menunjukkan antibodi netralisasi dapat secara efektif bersifat protektif dalam mencegah infeksi DENV, serta dapat menurunkan risiko infeksi yang bersifat simtomatik. Kemampuan antibodi netralisasi pada infeksi DENV bervariasi dan memiliki hubungan terhadap derajat keparahan penyakit. Pada penelitian digunakan metode Focus Reduction Neutralization Test (FRNT 50 dan FRNT 90) untuk mengetahui perbandingan titer antibodi netralisasi anti DENV-1 pada pasien dengan berbagai derajat keparahan penyakit. Hasil pengujian menunjukkan tidak adanya perbedaan bermakna antara antibodi netralisasi dengan derajat keparahan penyakit, namun antibodi netralisasi menunjukkan perbedaan yang bermakna dengan jenis infeksi/ respon imun. Tidak ditemukannya perbedaan yang bermakna diduga dikarenakan faktor lain yang berperan dalam patogenesis infeksi dengue meliputi faktor virus, dan faktor lingkungan yang memengaruhi derjat keparahan penyakit.

---

Dengue virus (DENV) infection is still a health problem in the world, including Indonesia. DENV is a positive single-stranded RNA virus consisting of 4 serotypes (DENV 1–4). A large number of in vivo and in vitro experiments have shown that neutralizing antibodies can be effectively protective in preventing DENV infection and can reduce the risk of symptomatic infection. The ability of neutralizing antibodies in DENV infection varies and is related to the severity of the disease. In this study, the Focus Reduction Neutralization Test method (FRNT 50 and FRNT 90) was used to determine the comparison of anti-DENV-1 neutralization antibody titers in patients with various degrees of disease severity. The test results showed that there was no significant difference between neutralizing antibodies and the severity of the disease; however, neutralizing antibodies showed a significant relationship with the type of infection or immune response. The absence of significant differences is thought to be due to other factors that play a role in the pathogenesis of dengue infection, including viral factors and environmental factors that influence the severity of the disease."

"Latar belakang: Infeksi virus dengue masih menjadi masalah di negara tropis seperti Indonesia. Infeksi virus dengue menyebabkan mortalitas dan morbiditas yang tinggi. Belum ada obat ataupun vaksin yang telah disetujui penggunaannya dan tersedia di dunia untuk penyakit infeksi dengue. Pencegahan infeksi dengue masih terbatas pada pengendalian vektor nyamuk Aedes aegypti. Keempat serotipe virus dengue beredar di Indonesia. Dua genotipe dari virus dengue tipe 1 (DENV-1) yaitu genotipe I dan IV lebih dominan bersirkulasi di Indonesia. Pada tahun 2012, kami mengembangkan kandidat vaksin DNA DENV-1 pUMVC RDS 59/09. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kadar antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 yang dihasilkan mencit ddY setelah imunisasi sebanyak tiga kali dengan pUMVC RDS 59/09 dan untuk mengetahui kemampuan antibodi tersebut dalam menetralkan beberapa genotipe DENV-1 yang diisolasi di Indonesia. Metode: Penelitian eksperimental ini dimulai dari perbanyakan pUMVC RDS 59/09 di sel E.coli untuk mendapatkan konsentrasi yang tinggi. Imunisasi dilakukan pada 12 mencit strain ddY dengan pUMVC RDS 59/09 25 μg/100 μl menggunakan needle-free injector, sebanyak tiga kali dengan interval waktu 3 minggu. Sebanyak 12 mencit disediakan sebagai kontrol yang tidak diimunisasi. Antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 pada masing-masing serum mencit diperiksa dengan ELISA dan dibaca pada panjang gelombang 450 nm. Berikutnya, pooled serum mencit pasca imunisasi ke 3, digunakan untuk netralisasi 13 isolat DENV-1 dengan metode focus reduction neutralization test (FRNT). Fokus yang didapatkan dari FRNT diwarnai dengan tehnik imunoperoksidase dan dihitung secara manual. Hasil: Rerata nilai OD ELISA antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari serum mencit kelompok imunisasi yang diambil sebelum imunisasi, pasca imunisasi 1, pasca imunisasi 2 dan pasca imunisasi 3 adalah 0,329;0,843;1,524 dan 1,598, secara berurutan. Terdapat peningkatan nilai OD ELISA antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari pooled serum mencit kelompok imunisasi pasca imunisasi pertama, kedua dan ketiga dibandingkan dengan baseline. Titer FRNT antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari pooled serum mencit pasca imunisasi 3 dan pooled serum mencit kontrol terhadap strain DV-1 RDS 59/09 adalah 1/320 dan < 1/10. Titer FRNT 13 isolat DENV-1 oleh antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dari pooled serum mencit pasca imunisasi 3 berkisar dari 1/320 sampai lebih dari 1/1280. Kesimpulan: Variasi genotipe DENV-1 tidak menyebabkan perbedaan titer antibodi netralisasi yang bermakna (p = 0,222), sehingga dapat diuraikan bahwa antibodi anti-membran dan envelop DENV-1 dapat menetralkan 13 isolat DENV-1 Indonesia yang diuji.

---

Introduction: Dengue virus infection is still a burden in tropical country such as Indonesia. Dengue virus infection causes high mortality and morbidity. No drugs or vaccines are approved and available in the world for this disease. Dengue prevention is still limited to vector control. Four dengue serotypes are circulated in Indonesia. Two genotypes of Dengue virus type 1 (DENV-1), namely genotypes I and IV are found predominantly in Indonesia. Previously in 2012, we constructed pUMVC RDS 59/09, the DENV-1 DNA vaccine candidate. The objective of this study is to assess antibody level produced in ddY strain mice after three times immunization with pUMVC RDS 59/09 and to assess the antibody ability to neutralize genotypes of DENV-1 isolated in Indonesia.

Methods: This experimental study was started with propagation of pUMVC RDS 59/09 in E. coli cells to produce high concentration of the DNA. Immunization was carried out with 25 μg/ 100 μl pUMVC RDS 59/09 by needle-free injector, three times in 3 weeks interval. Twelve mice were provided for control without immunization. Anti-DENV-1 membrane and envelope antibody of individual sera were examined by ELISA and absorbance value was measured by ELISA reader in 450 nm wave length. Further, pooled sera of 3rd immunization were used to neutralize 13 DENV-1 isolates by focus reduction neutralization test (FRNT) method. The focus obtained in FRNT was stained by immune-peroxides technique and counted manually.

Results: ELISA OD value mean of anti-DENV-1 membrane and envelope antibody in individual ddY mice sera of immunized group before immunization, post first immunization, after second immunization and post third immunization were 0.329; 0.843; 1.524 and 1.598, respectively. An increase in ELISA OD value of anti-DENV-1 membrane and envelope antibody in ddY mice pooled sera of immunized group after first, second and third immunization compared to baseline was observed. FRNT titre of anti-DENV-1 membrane and envelope antibody from third immunization pooled sera compared to control mice pooled sera in RDS 59/09 isolate neutralization was 1/320 compared to < 1/10. Neutralization titre of 13 DENV-1 isolates by anti-DENV-1 membrane and envelope antibody from third immunization pooled sera ranged from 1/320 to more than 1/1280.

Conclussions: DENV-1 genotype variation did not lead to significant neutralization antibody titre difference (p = 0,222), so it can be explained that anti-DENV-1 membrane and envelope antibody was able to neutralize 13 strains of Indonesia DENV-1 isolates examined."