Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara merancang plasmid dan host berbasis protein kapsid L1 melalui prediksi epitope model algoritma Hidden Markov Model (HMM). Studi in-silico dilakukan untuk menentukan sekuens DNA cVLP HMM1 dan HMM2, kemudian dibuat suatu rancangan DNA rekombinan dengan menggunakan plasmid pUC19 dengan menyisipkan sekuens DNA HMM1 dan HMM2 menggunakan enzim restriksi BamH1, EcoR1 dan HindIII, yang dapat mengekspresikan vaksin cVLP tersebut ke dalam host. Prediksi analisis modifikasi pasca translasi dilakukan agar dapat menentukan host yang sesuai untuk ekspresi cVLP HMM1 dan HMM2. Hasil penelitian secara insilico menunjukkan bahwa hasil modifikasi pasca translasi yang terjadi hanya N-glikosilasi. Persentase host yang diprediksikan sesuai untuk ekspresi HMM1 dan HMM2 yang direkomendasikan SuggestES adalah sel mamalia sebesar 64,66% dan 66,67%, dan sel E.coli sebesar 35,34%, dan 33,33%. "

"Kanker serviks adalah penyakit atau ketidaknormalan epigenetik yang disebabkan oleh Human papillomavirus (HPV). Ketidaknormalan epigenetik yang dimaksudkan dan berkaitan dengan penyakit ini adalah ketidaknormalan histon deasetilase (HDAC). Kemoterapi merupakan tindakan pengobatan yang bertujuan untuk memperpanjang umur dan memperbaiki kualitas hidup. Inhibitor HDAC merupakan agen terapi yang paling menjanjikan. Oleh karena itu, pengembangan HDAC menjadi area penelitian yang menarik. Pada penelitian ini, SAHA dimodifikasi dengan menggunakan senyawa berbasis organotitanium. Pada penelitian ini, sebanyak ± 1900 senyawa (ligan) telah dirancang dan ditapis melalui simulasi molecular docking. Ligan yang memiliki nilai ΔGbinding terendah dari molecular docking, dianalisis karakter farmakologinya dengan menggunakan beberapa perangkat lunak (software). Beberapa proses tapisan tersebut menghasilkan satu ligan terbaik, yaitu Ti2vm5-4s1r5. Ligan terbaik tersebut kemudian dianalisis melalui simulasi dinamika molekul untuk melihat kestabilannya membentuk kompleks dengan enzim. Kurva RMSD dari simulasi dinamika molekul, menunjukkan bahwa Ti2vm5-4s1r5 stabil dalam kompleks enzim. Berdasarkan hasil tersebut, maka Ti2vm5-4s1r5 dapat menjadi inhibitor HDAC kelas II Homo sapiens yang potensial.

---

Cervical cancer is an epigenetic disease or abnormality caused by Human papillomavirus (HPV). Abnormal expression of histone deacetylases (HDACs) has been linked with it. To date, chemotherapy is a palliative treatment aimed at prolonging survival and improving quality of life. HDAC inhibitor is the most promising chemotherapy agent. Therefore, the development of HDAC inhibitors has become an interesting research area. In this research, SAHA was modified by utilizing organotitanium-based compounds. Approximately 1900 compounds has been designed and all of them were screened according to ΔGbinding result from molecular docking simulation. The pharmacological characters of potential ligands with the lowest ΔGbinding were then analyzed using several softwares. This multistep screening process generated one best ligand, Ti2vm5-4s1r5, which was further studied by means of molecular dynamics simulation. The analyses of molecular dynamics simulation revealed that Ti2vm5-4s1r5 stable in complex with each enzyme. So, Ti2vm5-4s1r5 can be potent inhibitor of histone deacetylase class II Homo sapiens."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"

Latar Belakang: Menurut data Riset Kesehatan Dasar (Riskesdas) 2018, prevalensi penyakit periodontitis menduduki peringkat kedua terbanyak setelah karies gigi, yaitu sebesar 74,1% di Indonesia. Periodontitis merupakan penyakit inflamasi yang dihubungkan dengan kerusakan jaringan periodontal. Dalam perjalanan periodontitis, TLR-4 berperan penting dalam respon imun dan patogenesis inflamasi periodontitis karena dapat mengenali bakteri gram negatif lipopolisakarida (LPS). Propolis merupakan salah satu zat alami berupa produk resin yang memiliki banyak aktivitas biologis, salah satunya antiinflamasi. Tujuan: Mengetahui interaksi molekuler senyawa propolis yang berpotensi sebagai antiinflamasi terhadap TLR-4 pada terapi periodontitis melalui studi penambatan molekuler. Metode: Studi eksperimental komputasional secara in silico menggunakan perangkat Autodock Tools 1.5.6 dan BIOVIA Discovery Studio Visualizer 2021 untuk menguji interaksi dan afinitas ikatan dari ligan propolis terhadap reseptor target TLR-4. Hasil interaksi akan dianalisis untuk menilai konformasi terbaik dari suatu molekul dan afinitas pengikatannya. Penambatan molekuler dilakukan dengan menambatkan 7 senyawa propolis yang berpotensi sebagai antiinflamasi terhadap TLR-4 sebagai reseptor yang berperan dalam proses inflamasi. Hasil: Terdapat interaksi molekuler ikatan antara ligan propolis dengan reseptor TLR-4. Dari ketujuh ligan propolis yang diuji, senyawa Adhyperforin memiliki afinitas terbaik dibandingkan ligan propolis lainnya. Kesimpulan: Senyawa bioaktif pada propolis dapat berinteraksi terhadap reseptor TLR-4 melalui uji penambatan molekuler dan dapat berpotensi menjadi agen antiinflamasi terhadap TLR-4 yang dapat digunakan sebagai kandidat obat untuk terapi periodontitis. Namun, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk membuktikan sifat senyawa bioaktif pada propolis yang dapat bertindak sebagai agen antiinflamasi yang baik untuk terapi periodontitis.

---

Background: According to 2018 Basic Health Survey (Riskesdas) data, periodontitis is the second most frequent condition after dental caries, which reached a prevalence of 74.1% in Indonesia. Periodontitis is an inflammatory condition associated with the destruction of periodontal tissue. TLR-4, which recognizes gram-negative bacterial lipopolysaccharides (LPS), plays a crucial role in the immune response and inflammatory pathogenesis of periodontitis. Propolis is a natural product in the form of resin that has many biological activities, one of which is anti-inflammatory. Purpose: To investigate the molecular interactions of propolis compounds that have anti-inflammatory potential against TLR-4 in periodontitis therapy through molecular docking studies. Methods: In silico computational experimental study using Autodock Tools 1.5.6 and BIOVIA Discovery Studio Visualizer 2021 to test the interaction and binding affinity of propolis ligands towards the TLR-4 target receptor. The interaction results will be analyzed to assess the best conformation of a molecule and its binding affinity. Molecular docking was performed by targeting 7 propolis compounds that have anti-inflammatory potential against TLR-4 as a receptor that plays a role in the inflammatory process. Results: There is a binding interaction between propolis ligands and TLR-4 receptor. Of the seven propolis ligands tested, the compound Adhyperforin had the best affinity compared to other propolis ligand. Conclusions: Bioactive compounds in propolis can interact with TLR-4 receptors through molecular docking tests and can potentially become anti-inflammatory agents against TLR-4 that can be used as drug candidates for periodontitis therapy. However, further research is needed to prove the nature of bioactive compounds in propolis that can act as good anti-inflammatory agents for periodontitis therapy.

"