Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Infertilitas merupakan penyakit yang kompleks dan dapat disebabkan oleh faktor laki-laki dan perempuan. Etiologi dari kedua faktor infertilitas tersebut perlu ditelusuri lebih lanjut. Terdapat beberapa pendekatan untuk memahami infertilitas, salah satunya adalah epigenetik. Modifikasi epigenetik terdiri dari metilasi DNA, modifikasi histon, dan pembentukan kromatin. Sel germinal laki-laki dan perempuan mengalami modifikasi epigenetik secara dinamis dan membentuk sel sperma dan oosit yang matang. Pada laki-laki, perubahan metilasi DNA pada spermatogenesis dapat menyebabkan kelainan berupa oligo/astenozoospermia. Selain itu, metilasi dan asetilasi histon serta modifikasi histon lainnya dapat menyebabkan sperma tidak mampu untuk membuahi oosit. Serupa dengan laki-laki, pada perempuan pun dapat terjadi perubahan metilasi DNA dan modifikasi histon yang dapat mempengaruhi oogenesis, menciptakan anueploidi pada oosit yang terbuahi, dan mengakibatkan kematian janin di uterus. Perubahan pada pola modifikasi epigenetik dapat mengakibatkan infertilitas, baik pada laki-laki maupun perempuan.

Abstrak :
ABSTRACT
Diabetes mellitus (DM) is one of the most abundant diseases in the 21st century and believed as result of interaction between genes and environment exposure. There is a hypotesis of epigenetic mechanisms, using molecular basis to explain about the mechanism of DM. Because of the enviromental exposure including nutrition status and hyperglycemia state, the risk of DM has started since pre-conception, last until adulthood and will be inhireted trans-generational . Mainly, there are 3 epigenetic mechanisms that have role in DM. Epigenetic mechanisms are also have role in the metabolic memory that the DM complications may still developed although the blood glucose level is already normal. The restriction of calory intake may help delaying the development and onset of degerative diseases including DM by stabilizing genome through epigenetic mechanisms.

Abstrak :
Pendahuluan: Tata laksana yang tersedia untuk kanker kolorektal masih kurang efektif dan memiliki berbagai efek samping. Protein lunasin dapat mempengaruhi kanker melalui berbagai mekanisme, salah satunya epigenetik, melalui asetilasi histon. Dengan kemampuan kemopreventif dan kemoterapeutiknya, lunasin berpotensi sebagai adjuvant untuk terapi konvensional kanker. Metode: Tiga puluh mencit Swiss Webster dibagi menjadi enam kelompok, yaitu normal, kontrol positif dan negatif, dan tiga kelompok perlakuan. Selain kelompok normal, dilakukan induksi karsinogenesis dengan injeksi AOM + DSS. Mencit perlakuan diberikan ekstrak kedelai dengan dosis 250 mg/kgBB, 300 mg/kgBB, dan 350 mg/kgBB selama 4 minggu. Ekspresi histon deasetilase (HDAC) dinilai dengan IHC optical density score. Hasil: Rata-rata ekspresi HDAC pada kelompok normal = 202,4%; kontrol negatif = 239,3%; kontrol positif = 175,25%; dosis 250 mg/kgBB = 202,03%, dosis 300 mg/kgBB = 219,53%, dosis 350 mg/kgBB = 166,68%. Ekspresi HDAC pada dosis ekstrak kedelai 250 mg/kgBB (p=0,221) dan 300 mg/kgBB (p=0,347) tidak berbeda signifikan dengan kontrol negatif. Terdapat perbedaan signifikan ekspresi HDAC pada dosis sebesar 350 mg/kgBB (p=0,014). Kesimpulan: Lunasin dalam ekstrak kedelai dengan dosis 350 mg/kgBB dapat menurunkan ekspresi HDAC pada model karsinogenesis kanker kolorektal. ......Background: The available treatments for colorectal cancer still have limited efficacy and various side effects. There are various mechanisms for lunasin protein to affect cancer, one of them is epigenetics, by histone acetylation. Lunasin has the potential to be conventional cancer therapy adjuvant with its chemopreventive and chemotherapeutic abilities. Method: Thirty Swiss Webster mice is divided into six groups: normal, positive control, negative control, and three experimental groups. Except normal group, mice undergo carcinogenesis induction with AOM + DSS injection. Experimental mice receive soy extract with 250 mg/kgBW, 300 mg/kgBW and 350 mg/kgBW dosage for 4 weeks. Histone deacetylase (HDAC) expression is measured with IHC optical density score. Result: Average HDAC expression on normal groups = 202,4%; negative control = 239,3%; positive control = 175,25%; 250 mg/kgBW dose = 166,68%; 300 mg/kgBW dose = 219,53%, 350 mg/kgBW dose = 166,68%. There is no significant difference between HDAC expression in 250 mg/kgBW (p=0,221) and 300 mg/kgBW (p=0,347) dose of soy extract with negative control. There is significant difference of HDAC expression with 350 mg/kgBW dose of soy extract (p=0,014). Conclusion: Lunasin in soy extract with 350 mg/kgBW dose can decrease HDAC expression in colorectal cancer carcinogenesis model.

Abstrak :
Kanker merupakan penyebab kematian utama di seluruh dunia. Salah satu faktor terjadinya kanker adalah modifikasi epigenetik yang abnormal (hipermetilasi). Hipermetilasi yang terjadi pada gen diyakini bahwa yang berperan besar dalam proses karsinogenesis adalah enzim DNA metiltransferase (DNMT). Penelitian-penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa inhibitor DNMT dari bahan alam. Salah satu metode yang mendukung untuk analisis ini adalah metode in silico. Dalam penelitian ini, diteliti beberapa senyawa pilihan dari basis data herbal Indonesia hasil penapisan virtual terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor DNMT. Hasil penambatan molekuler senyawa Cassiamin C, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallo-catechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallo-catechin-3-gallate (EGCG) (kontrol positif), dan sinefungin (kokristal) didapatkan nilai ΔG secara berturut-turut, -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, dan -9.11 kkal/mol. Senyawa cassiamin C, procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, withanolide, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin memiliki ΔG lebih rendah dari senyawa sinefungin (kokristal) dan EGCG (kontrol positif). Sehingga, tahap selanjutnya akan dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap tujuh ligan tersebut. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan aktivitas terbaik secara keseluruhan yaitu pada senyawa procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin. Residu asam amino yang penting bagi aktivitas inhibitor DNMT1 adalah Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, dan Val1580.

---

Cancer is the leading cause of death worldwide. Factors of cancer is an abnormal epigenetic modifications (hypermethylation). Hypermethylation that occur in genes believed that played a major role in process of carcinogenesis is DNA methyltransferase (DNMT) enzyme. Recent studies is conducted to find DNMT inhibitor compounds from natural materials. Method that support for this analysis is in silico studies. In this study, several selected compounds from herbal database Indonesia results of virtual screening will be studying for the activity as an inhibitor DNMT. Results molecular docking of Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4alphaent-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) (positive control), and Sinefungin (co-crystal) compounds, ΔG values obtained -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, and -9.11 kcal/mol, respectively. Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, and Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin compounds had lower ΔG than Sinefungin (co-crystal) and EGCG (positive control) compounds. Therefore, molecular dynamic simulation of seven selected compounds will be performed. The results of molecular dynamic simulation shows the best overall activity is Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, and Gallocatechin-4alpha-8-epi-catechin compounds. Amino acid residues which are important for the activity of DNMT1 inhibitor is Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, and Val1580.

Abstrak :
ABSTRAK
Kanker payudara merupakan jenis kanker dengan prevalensi yang tinggi di dunia yang umumnya terjadi pada wanita. Kanker payudara memiliki angka tertinggi yang mencapai hingga 40 per 100.000 kasus setiap tahunnya, dan sebnayak 12,9 diantaranya dapat menyebabkan kematian. Perubahan epigenetik berperan penting dalam proses pembentukan dan penyebaran sel kanker. Metilasi DNA merupakan salah satu jenis dari perubahan epigenetik yang sering terjadi yang dapat memicu terjadinya pertumbuhan sel kanker. Metilasi DNA dikatalisis oleh enzim DNA Metiltransferase 1 DNTM1 yang dapat memindahkan gugus metil dari S-adenosil metionin SAM ke sitosin pada dinukleotida CpG. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam sebagai inhibitor enzim DNMT1. Penapisan dilakukan terhadap 26.731 senyawa bahan alam yang diperoleh dari NCBI Pubchem databsase. Simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Environment MOE 2014.09 untuk mendapatkan 10 ligan terbaik berdasarkan interaksi kompleks ligan-enzim dan energi bebas Gibbs. Karakteristik farmakologi meliputi sifat fsikokimia, toksisitas, karsinogenisitas-mutagenisitas serta bioaktivitas menggunakan online software maupun offline software. Uji farmakologi dilakukan untuk mengetahui karakteristik fisikokimia, toksisitas, karsinogenisitas-mutagenisitas dan bioaktivitas menggunakan software DataWarrior 4.7.2., Toxtree, Molinspiration, admetSAR dan SWISSADME. Hasil dari penelitian ini ialah terdapat 3 ligan terbaik yang berasal dari kelompok senyawa bahan alam fenolik yang terpilih berdasarkan karakteristik farmakologi yang dapat dijadikan sebagai kandidat obat untuk terapi kanker payudara.

---

ABSTRACT
Breast cancer is the most prevalent cancer in woman worldwide. It has the highest number of new cases which amounted to 40 per 100,000 cases per year, 12,9 of which leads to death. Epigenetic alteration plays a vital role in the process of cancer cell formation and propagation. DNA methylation is one of the most common types of epigenetic alteration which generally leads to breast cancer DNA Methylation, a transfer the methyl group from S adenosyl methionin SAM to cytosine in the CpG dinucleotide, is catalyzed by DNMT1 enzyme. In the present study, we performed a virtual screening of natural product compounds as an inhibitors of DNMT1 enzyme. Virtual screening was conducted on 26,731 natural products obtained from the NCBI PubChem database. Three steps of rigid and one step of flexible molecular docking simulations were performed using MOE 2014.09. Through the simulations, 10 ligands based on the Gibbs free binding energies Gbinding and the ligand enzyme complex interactions were identified. Pharmacological test was conducted to observe the psychochemical, toxicity, carcinogenicity mutagenicity, and bioactivity properties by employing DataWarrior 4.7.2., Toxtree, Molinspiration, admetSAR and SWISSADME software. The results revealed that three best ligands from phenolic group were selected due to their exceptional pharmacological characteristics as the drug candidate for breast cancer therapy.