Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKDiabetes merupakan penyakit yang dikarakterisasi dengan meningkatnya kadar gula darah yang yang diakibatkan defisiensi insulin, resistensi insulin atau keduanya. Pengobatan diabetes berfokus pada insulin, dimana efikasinya dapat berkurang seiring penyakit berprogresi. Golongan penghambat Sodium-Glucose Linked Transporter 2 (SGLT2) merupakan golongan obat diabetes baru dengan mekanisme pengaturan kadar glukosa darah independent dari insulin, ditambah khasiat menurunkan resiko kardiovaskular dan berat badan. Fakultas Farmasi Universitas Indonesia berkontribusi dalam pengembangan golongan obat ini dengan metode in silico melalui penapisan virtual berbasis ligan berdasarkan gugus farmakofor dari pangkalan data tanaman herbal Indonesia, dan penapisan virtual berbasis struktur dengan model homologi hSGLT2 dari pangkalan data ZINC15. Hasil penapisan virtual tersebut dilakukan identifikasi lebih lanjut dengan simulasi dinamika molekuler selama 20 nanodetik untuk memperoleh perkiraan yang paling mendekati kondisi eksperimental. Sebelum simulasi, dilakukan pemerolehan model interaksi pada hasil penapisan virtual berbasis ligan dilakukan dengan penambatan molekuler dengan AutoDock terhadap makromolekul hasil pemodelan homologi dari SWISSMODEL. Interaksi ligan-reseptor dilihat dari interaksi hidrogen dan energi bebas ikatan ligan dibandingkan kontrol positif dengan MM/PB(GB)SA. Hasil studi dinamika molekuler menunjukkan empat senyawa dengan ∆G MM/PB(GB)SA lebih kecil dibanding kontrol positif, diantaranya zinc000146809581, cucumerin A, zinc000038175116, dan zinc000095913941 dengan jumlah ikatan hidrogen yang lebih banyak atau dapat bersaing dengan kontrol positif.

---

ABSTRACT

Diabetes is a non-communicable disease that is characterized by the rising of blood glucose due to deficiency of insulin, insulin resistance, or both. Pharmacological treatment of diabetes mainly focuses on insulin, which decreases in efficacy once the disease progresses. SGLT2 inhibitors are diabetic treatments available in recent years with blood glucose control mechanism independent from insulin. Two in silico research were done in Faculty of Pharmacy from Universitas Indonesia to find more compounds of potential SGLT2 inhibition action by virtual screening of ligand based on Indonesian Herbal Database, dan of structure-based on the ZINC herbal database. In this study, the docked interaction models of the compounds acquired from those two virtual screening methods are analyzed for their ligand-receptor interactions by 20 nanoseconds of molecular dynamic simulations, with the ligand-based virtual screening results were first docked with macromolecule from homology modelling. The ligand-receptor interactions are observed by its calculated binding free energy and their hydrogen interactions with the protein, compared with known drugs of SGLT2 inhibitors as positive controls. The result of this study has shown four compounds with lower ∆G MM/PB(GB)SA than the positive controls, cucumerin A, zinc000146809581, zinc000038175116, and zinc000095913941 with more or comparable hydrogen interactions with positive controls.

"

"ABSTRAK

Kanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh para

wanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia.

Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalam

kemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi dua

tipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-risk

di dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe

16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yang

terjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatu

vaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimeric

Virus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan cara

mensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 ke

dalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicu

respon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksi

epitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metode

algoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational Epitope

Prediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingan

similaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91%

identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homology

modeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darl

hasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapat

struktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database

11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yang

dirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagai

vaksin"