Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Malaria merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan korban jutaan jiwa setiap tahun. Plasmepsin adalah enzim utama di antara enzim lain dalam siklus hidup plasmodium penyebab malaria yang mendegradasi hemoglobin selama fase eritrosit di dalam vakuola makanan. Dewasa ini, industri farmasi telah berupaya untuk mengembangkan agen terapetik yang dapat menyembuhkan penyakit malaria melalui penemuan senyawa baru penghambat plasmepsin mengingat adanya penyebaran strain yang resisten terhadap obat antimalaria. Namun, karena biaya yang tinggi dan waktu yang lama, metode konvensional untuk penemuan obat baru yang dilakukan secara in vivo dan in vitro sulit terealisasikan sehingga para ilmuwan kemudian beralih kepada metode baru yaitu penapisan in silico. Jenis penapisan in silico yang akan dilakukan dalam penelitian ini adalah penapisan berbasis struktur dengan menggunakan Basis Data Tanaman Obat Indonesia dan perangkat lunak GOLD. Berdasarkan penapisan ini, didapatkan hasil 11 kandidat senyawa inhibitor yang diharapkan dapat dikembangkan sebagai obat antimalaria. Senyawa tersebut yaitu Trimyristin; Cyanidin 3,5-di-(6- malonylglucoside); Isoscutellarein 4?-methyl ether 8-(6?-n-butylglucuronide); Cyanidin 3-(6?-malonylglucoside)-5-glucoside; Multifloroside; Delphinidin 3-(2- rhamnosyl-6-malonylglucoside); Delphinidin 3-(6-malonylglucoside)-3?,5?-di-(6- p-coumaroylglucoside); Cyanidin 3-[6-(6-sinapylglucosyl)-2-xylosylgalactoside; Kaempferol 3-glucosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-galactoside; Sanggenofuran A; dan Lycopene dengan kisaran GOLDScore dari 78,4647 sampai 98,2836. Dua kandidat di antaranya berikatan dengan seluruh residu dari sisi katalitik plasmepsin yaitu Asp34 dan Asp214.

---

ABSTRACT
Malaria is one of diseases that annually emerge millions victim. Among the other enzymes, plasmepsin is the main enzyme in plasmodium life cycle that degrades hemoglobin during erythrocytic phase in food vacuole. Recently, pharmaceutical industries have been trying to develop therapeutic agents that be able to cure malaria through discovery of new plasmepsin inhibitor compounds, regarding to the spread of drug-resistant strains for antimalarial. However, due to high cost and long term, conventional methods for discovery of new drugs that were done in vivo and in vitro were difficult to be realized so that the scientists then shift to the new method called in silico screening. The chosen in silico screening method in this experiment is structure-based screening by using GOLD software and Indonesian Medicinal Plants Database. Based on the obtained results from this screening, there are 11 inhibitor candidates which are expected to be developed as antimalarial. These compounds are Trimyristin; Cyanidin 3,5-di-(6- malonylglucoside); Isoscutellarein 4?-methyl ether 8-(6?-n-butylglucuronide); Cyanidin 3-(6?-malonylglucoside)-5-glucoside; Multifloroside; Delphinidin 3-(2- rhamnosyl-6-malonylglucoside); Delphinidin 3-(6-malonylglucoside)-3?,5?-di-(6- p-coumaroylglucoside); Cyanidin 3-[6-(6-sinapylglucosyl)-2-xylosylgalactoside; Kaempferol 3-glucosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-galactoside; Sanggenofuran A; and Lycopene with GOLDScore range from 78,4647 to 98,2836. Two of them bind with all residues in catalytic site of plasmepsin which are Asp34 and Asp214.

Abstrak :
Avian influenza (H5N1) merupakan suatu penyakit yang disebabkan olen virus influenza tipe A yang dapat menyebabkan kematian cukup tinggi. Kasus virus influenza A yang mematikan bagi manusia antara lain H1 N1 tahun 1918, H2N2 tahun 1957-1958, H3N2 pada tahun 1987-1988, dan kasus terbaru adalah H1 N1 tahun 2009. Hal ini menjelaskan banwa mutasi yang terjadi dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza. Analisis mutasi secara in silico dapat dilakukan dengan menggunakan metode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasi yang diamati untuk Hemagglutinin (HA) dilakukan pada daerah deavage site, sedangkan untuk Non Struktural (NS) 1 dan Matrik(M) 1 dilakukan pada seluruh daerah pada sekuen. Pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkong pada cleavage site HA adalah R-X-K/R-R, sedangkan sekuen subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 tidak memiliki pola ini. Pola ini menyebabkan HA H5N1 mudan terpotong oleh furin sesuai hasil prediksi pro-P (furin). Mutasi spesifik pada sekuen NS1 untuk kontrol (A/Indonesia/5/2005 (H5N 1), A/Indonesia/CDC1 032/2007 (H5N 1), A/Hong Kong/1 56/97 (H5N 1), A/Brevig Mission/1/18 (H 1N 1), A/Mexico/InDRE4487/2009 (H 1N 1) ) ternaclap subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 terdapat di posisi 53. Pada M1 tidak ditemukan posisi mutasi spesifik untuk kontrol yang identik untuk ketiga subtipe tersebut Sekuen NS1 dan M1 kontrol maupun subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 memiliki nilai IC5O dibawan 5OnM sehingga masih dapat dikenali dengan baik oleh sistem imun host. Mutasi spesifik tidak terjadi pada daerah pengenalan epitope. Hasil mutasi spesifik yang terjadi ini baik untuk NS1 dan M1 tidak mempengaruhi perubahan struktur sekunder maupun struktur tersier protein secara signifikan dari kontrol dengan sekuen H1N1, H1N2, dan H3N2. Hal ini terlihat dari nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) setelah dilakukan superimpose terhadap struktur protein 3D nasil prediksi

Abstrak :
ABSTRAK
Proses pematangan spermatozoa terjadi karena adanya interaksi antara protein dengan membran plasma spermatozoa. Walaupun proses pematangan spermatozoa ini sangat penting, namun gen yang berperan dalam sekresi protein di epididimis ini masih banyak yang belum dikarakterisasi. Gen-gen yang berperan dalam proses pematangan spermatozoa umumnya merupakan protein sekretorik, terekspresi pada segmen spesifik, diregulasi androgen, faktor testikular dan perkembangan postnatal. Pada penelitian sebelumnya diketahui bahwa b-defensin merupakan gen yang banyak terekspresi di organ reproduksi pria dan memiliki peran dalam pertahanan tubuh dan pematangan spermatozoa. Penelitian ini dilakukan untuk mengkarakterisasi ekspresi gen Defb20 untuk mengetahui perannya dalam proses pematangan spermatozoa. Studi in silico dilakukan untuk prediksi struktur gen, signal peptide dan domain fungsional. Quantitative real-time PCR digunakan untuk mengukur ekspresi gen Defb20 pada analisis sebaran jaringan, regulasi androgen dan faktor testikular serta postnatal developmen. Hasil penelitian mendapatkan bahwa sekuen Defb20 mengandung domain penting seperti N-myristoilation dan beberapa situs phosporilasi protein kinase yang mungkin berperan dalam mekanisme interaksi protein dengan membran plasma. Sekuen asam amino Defb20 mengandung signal peptides, mengindikasikan protein yang disekresikan dan terlibat dalam proses pematangan spermatozoa. -defensins 20 (Defb20) terekspresi spesifik di epididimis dengan ekspresi tertinggi terdapat pada kaput epididimis. Defb20 diregulasi oleh androgen yang ditunjukkan dengan adanya penurunan ekspresi Defb20 paska dilakukan gonadektomi dan kondisi ini dapat diperbaiki dengan pemberian hormon pengganti. Defb20 juga diregulasi oleh faktor testikular, yang dibuktikan dari menurunnya ekspresi Defb20 setelah ligasi pada duktus eferen (efferent duct ligation (EDL)). Defb20 mulai terekspresi pada hari ke-21 setelah lahir yang mengindikasikan gen Defb20 terekspresipada suatu periode perkembangan epididimis. Berdasarkan hasil penelitian disimpulkan bahwa Defb20 memiliki karakteristik ekspresi : mengandung signal peptide yang mengarahkan sintesis protein pada jalur sekretorik, spesifik terekspresi di epididimis, diregulasi androgen dan faktor testikular serta mulai terekspresi pada masa pubertas hingga dewasa

---

ABSTRACT
Epididymal sperm maturation occurs via interactions between sperm and proteins secreted by the epididymal epithelium. Although this is an important process, the genes that encode secreted proteins remain largely uncharacterized. The genes that play a role in sperm maturation process has character, among others; is a secretory protein, expressed specifically in the epididymis, regulated by androgen, testicular factor, and postnatal development. Previous studies showed that family of-defensins preferentially eaxpressed in male reproductive tracts and play an important role in both innate immunity and sperm fertility. This study aimed to characterize Defb20 to understand its role in sperm maturation. This study using in silico analyses and quantitative real-time PCR (qRT-PCR). In silico analyses were performed to predict gene structure, signal peptides and functional domains. Defb20 expression in various tissues, after gonadectomy, efferent duct ligation and postnatal development were measured using quantitative real-time RT-PCR. Defb20 sequence contains important domains such as N-myristoilation and kinase binding sites which are putatively involved in the protein activation and protein-plasma membrane interaction. The amino acid sequence of Defb20 contains signal peptides, indicating characteristic of secretory proteins involved in the sperm maturation. β-defensins 20 (Defb20) was expressed exclusively in the epididymis with the highest expression in the caput region. Defb20 was regulated by androgen showing down-regulation after gonadectomy and the expression was recovered after testosterone replacement. However, Defb20 was also regulated by testicular factors in which the expression was down-regulated after efferent duct ligation (EDL). The dependency on the androgen was further confirmed by postnatal expression analysis in which Defb20 begin to express at day21 postnatal indicating specific stage of expression after initial development of the epididymis. In conclusion, Defb20 have a potential to be involved in the epididymal sperm maturation process. Defb20 has characteristic expression; has a signal peptide sequence that directs synthesis in the secretory pathway, specifically expressed in the epididymis, androgen and testicular factors regulated, and expressed in puberty to adulthood

Abstrak :
Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native.

Abstrak :
Agen pencerah kulit sintetik dinilai kurang aman untuk digunakan karena dapat menimbulkan efek samping pada penggunaan jangka panjang. Oleh karena itu, dilakukan pencarian bahan-bahan pencerah kulit berbasis tanaman yang lebih aman. Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh tanaman Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor tirosinase menggunakan penapisan in silico dengan piranti lunak penambatan molekul AutoDock Vina. Pengujian secara in vitro terhadap penghambatan tirosinase dilakukan terhadap ekstrak dan fraksi daun trengguli (Cassia fistula L.) yang mengandung senyawa ent-epikatekin-(4α→8)-ent-epikatekin dan clitorin yang menempati peringkat 10 besar dari hasil penapisan virtual. Pengujian aktivitas penghambatan tirosinase dilakukan dengan mengukur penurunan intensitas warna yang menunjukkan penghambatan pembentukan dopakrom dalam reaksi L-DOPA-tirosinase. Parameter adanya aktivitas ditunjukkan oleh nilai IC50 dan persentase inhibisi. Hasil uji aktivitas penghambatan tirosinase menunjukkan fraksi air daun trengguli (Cassia fistula L.) memiliki nilai IC50 tertinggi (152,031 µg/mL). Uji kinetika enzim menunjukkan fraksi air daun trengguli menginhibisi tirosinase secara kompetitif campuran. Hasil identifikasi golongan senyawa menunjukkan bahwa fraksi air daun trengguli mengandung alkaloid, flavonoid, glikosida, fenol, dan tanin.

---

Synthetic skin lightening agents are considered less safe to use because it can cause side effects in long term use. Because of that, recent researches are aimed to search plant-based skin lightening agents which is considered safer. This research was conducted to obtain Indonesian plants that have potential as tyrosinase inhibitors using in silico screening with AutoDock Vina. In vitro assay on the inhibition of tyrosinase was performed on extract and fractions of trengguli leaves (Cassia fistula L.) containing ent-epicatechin-(4α→8)-ent-epicatechin and clitorin which ranks the top 10 results of virtual screening. Tyrosinase inhibitory activity assay performed by measuring the decrease in the intensity of color that suggests inhibition of dopachrome formation resulted from L-DOPA-tyrosinase reaction. The parameters of the activity shown by the IC50 values ​​and the percentage of inhibition. The test results showed tyrosinase inhibitory activity of water fraction of trengguli leaves extract (Cassia fistula L.) had the highest IC50 values ​​(152.031 µg/mL). Enzyme kinetics assay showed that water fraction of trengguli leaves extract inhibits tyrosinase with mixed inhibition type. Phytochemical screening showed that water fraction of trengguli leaves extract contain alkaloids, flavonoids, glycosides, phenols, and tannins.

Abstrak :
ABSTRAK
Latar belakang. Potensi terjadinya kekambuhan paska pengobatan endometriosis dengan terapi hormonal dan pembedahan konservatif masih terjadi sekitar 11-32 dalam waktu 1-5 tahun. Salah satu faktor pemicunya adalah proses inflamasi kronik yang merangsang peningkatan sitokin proinflamasi dalam rongga peritoneum, sehingga perlu pengembangan terapi baru. Heptil galat dan oktil galat merupakan senyawa turunan asam galat yang berpotensi menekan proliferasi beberapa jenis sel kanker. Penelitian kami sebelumnya membuktikan oktil galat dapat menekan ekspresi mRNA NFkB yang merupakan faktor transkripsi aktivasi jalur proinflamasi, serta dapat menekan proliferasi sel endometriosis in vitro. Saat ini kami ingin menganalisis aktivitas heptil galat dan oktil galat terhadap protein target NFkB melalui teknik insilico docking dan efeknya terhadap regulasi sitokin proinflamasi IL-1, COX-2, TGF- 1 dan IL-10 pada kultur primer sel endometriosis. Metode. In silico docking heptil galat dan oktil galat terhadap protein target NFkB melalui teknik bioinformatika. Sel endometriosis dari jaringan primer pasien diisolasi secara enzimatis dan dikultur, kemudian diberi perlakuan heptil dan oktil galat dengan 2 macam dosis (51,2 μg/mL dan 102,4 μg/mL) selama 48 jam, dilanjutkan induksi LPS 10 ng/mL selama 24 jam. Kelompok kontrol positif hanya diinduksi LPS tanpa perlakuan, dan kontrol negatif tanpa perlakuan dan LPS. Regulasi inflamasi dinilai dari tingkat kadar sitokin IL-1, COX-2, TGF-1 dan IL-10 dengan teknik ELISA. Hasil. Analisis in-silico docking protein NFkB menunjukan nilai ikatan energi oktil galat lebih tinggi (-7,98 kkal/mol) dibandingkan heptil galat (-7,68 kkal/mol) dan asam galat (-7,66 kkal/mol). Terjadi penurunan kadar sitokin COX-2 secara signifikan (p<0,03) pada kelompok perlakuan dibandingkan dengan kontrol positif, begitu juga dengan sitokin IL-1 dan IL-10 cenderung menurun (p>0,05). Sedangkan kadar sitokin TGF-1 mengalami kenaikan pada kelompok perlakuan dibandingkan kontrol positif meskipun kurang bermakna secara statistik (p>0,05). Kesimpulan. Melalui jalur NF-kB sebagai regulator inflamasi, baik oktil galat dan heptil galat terbukti dapat menekan produksi sitokin proinflamasi COX2 dan IL-1 serta meningkatkan sitokin TGF-1 dan menurunkan sitokin IL-10 sehingga berpotensi sebagai bahan terapi tambahan pada endometriosis.

---

ABSTRACT
Background: The potential for relapse post endometriosis treatment with hormonal therapy and conservative surgery still occurs around 11-32 within 1-5 years. One of the trigger factors is a chronic inflammatory process that stimulates an increase proinflammatory cytokines in the peritoneal cavity, so needed the development of new therapies. Heptyl galate and octyl galate are gallic acid derivatives which have the potential to suppress the proliferation of several types cancer cells. Our previous research proved that octyl galate can suppress the expression of NFkB mRNA which is a proinflammatory activation transcription factor, and can suppress endometriosis cell proliferation in vitro. We currently want to analyze the activity of heptyl galates and octyl galates against the NFκB target protein through in-silico docking techniques and their effects on the regulation of proinflammatory cytokines IL-1, COX-2, TGF-1 and IL-10 in primary cultures of endometriosis cells. Method: In silico docking heptyl and octyl galates against the NFkB target proteins through bioinformatics techniques. Endometriosis cells from primary tissue were enzymatically isolated and cultured, then given heptyl and octyl gallate treatment with 2 doses (51.2 μg/mL and 102,4 μg/mL) for 48 hours, continued induction of 10 ng / mL LPS for 24 hours. The positive control group only induced LPS without treatment, and negative treatment without treatment and LPS. Inflammatory regulation was assessed from levels of cytokines IL-1, COX-2, TGF-1 dan IL-10 with ELISA techniques. Results: In-silico docking analysis of the NFkB gene showed higher energy bonding values in octyl galate (-7,98 kcal / mol) than heptyl galate (-7,68 kcal / mol) and gallic acid (-7,66 kcal / mol). Significantly decreased levels of COX-2 cytokine (p <0,03) in the treatment group compared with positive controls, so also the cytokines of IL-1 and IL-10 tended to decrease (p> 0,05). Whereas the levels of cytokine TGF-1 experienced an increase in the treatment group compared to the positive control although it was less statistically significant (p> 0,05). Conclusion: Through the NFkB pathway as an inflammatory regulator, both octyl galates and heptyl galates have been shown to suppress the production of proinflammatory cytokines COX2 and IL-1, as well as increase TGF-1 cytokines and reduce IL-10 cytokines so that they have the potential to be additional therapeutic agents in endometriosis.

Abstrak :
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengamati interaksi molekular antara alfa glukosidase dari Saccharomyces cerevisiae dengan senyawa turunan sinamamid yang disintesis dari asam sinamat. Dalam penelitian ini, senyawa turunan sinamamid disintesis dan dievaluasi untuk penghambatan alfa glukosidase. Struktur senyawa yang disintesis diidentifkasi dengan IR, H-NMR, C-NMR dan Mass Spektral. Semua senyawa turunan sinamamid menunjukkan penghambatan potensial yang lebih unggul dari bahan awal. Tiga belas senyawa turunan sinamamid menunjukkan aktivitas alfa glukosidase dengan nilai IC50 0,71-4,0 mM dengan standar 1-deoksinojirimisin dan akarbosa IC50 =0,97 mM dan IC50=1,78 mM . Studi molecular docking dilakukan untuk mengeksplorasi interaksi pengikatan kandidat turunan sinamamid dengan enzim alfa glukosidase.

---

The aim of this study was to observe molecular interactions between alpha glucosidase from Saccharomyces cerevisiae with cinamamide derivatives which were synthesized by amidation of cinnamic acid. In this study, a series cinamamide derivatives was synthesized and evaluated for alpha glucosidase inhibitory. The structure of synthesized compounds were characterized by IR, H NMR, C NMR and Mass Spectral analysis. All compound cinamamide derivatives showed a potent inhibition superior to the starting material. Thirteen compounds showed alpha glucosidase activity with IC50 value of 0.71 4.02 mM with the standard 1 deoxynojirimycin and acarbose IC50 0,97 mM and IC50 1.78 mM, respectively . Molecular docking studies were carried out to explore the binding interactions of cinnamamide derivative candidates with enzyme alpha glucosidase.

Abstrak :
Hiperurisemia merupakan salah satu penyakit metabolisme dimana kadar asam urat di dalam darah melebihi 7 mg/dL. Pada tahun 2017, diperkirakan terdapat 7.44 juta kasus hiperurisemia dan gout di seluruh dunia. Melinjo merupakan tanaman yang kaya akan komponen bioaktif yang memiliki fungsi antihiperurisemia yaitu flavonoid. Penelitian ini memiliki tumuan untuk menginvestigasi ekstraksi optimum berdasarkan metode ekstraksi, jenis pelarut, dan waktu ekstraksi. Metode ekstraksi yang dibandingkan adalah dekoksi dan refluks dengan jenis pelarut yang berbeda. Jumlah flavonoid terbanyak didapatkan menggunakan ekstraksi refluks selama 90 menit menggunakan pelarut ethanol 80% dengan jumlah flavonoid sebanyak 0.696 mg QE/mL. Didapatkan juga nilai perpindahan massa tertinggi menggunakan pelarut ethanol 80% menggunakan metode refluks dengan koefisien perpindahan massa sebanyak 0.822 cm/s. Analisis LC-MS juga dilakukan untuk mengetahui keberadaan flavonoid golongan kaempferol-3-rhamnoside, quercitrin, dan quercetin 3, 7 dirhamnoside. Kemampuan ekstrak sebagai agen antihiperurisemia juga dipelajari melalui uji in-silico dengan metode molecular docking menggunakan program Molecular Operating Agent (MOE) untuk mempelajari interaksi antara protein penyebab hiperurisemia dan komponen bioaktif melinjo dengan Allopurinol yang merupakan sebuah obat sediaan farmasi. Penambatan molecular menunjukkan interaksi antara protein penyebab hiperurisemia dan komponen bioaktif pada melinjo dalam bentuk pengikatan energi bebas dan konstanta inhibisi. Bentuk permodelan ini juga menunjukkan efektivitas antara tiap dosis dari ekstrak melinjo. ......Hyperuricemia is a form of metabolic disorder where the uric acid level in blood is increased above 7 mg/dL. In 2017, there were estimated around 7.44 million cases of hyperuricemia and gout worldwide. Melinjo is rich in a bioactive component that has an antihyperuricemic function which is flavonoid. This research aims to investigate the optimum extraction based on extraction method, type of solvent, and extraction time. The extraction methods being compared are decoction and reflux method with a variety of solvent. The highest flavonoid content was detected through reflux extraction for 90 minutes using 80% ethanol as its solvent, having the value of 0.595 mg QE/mL. Mass transfer coefficient is also investigated here in which it unveils that reflux using 80% ethanol has the highest mass transfer coefficient with 0.822 cm/s. LC-MS analysis was then conducted which unveiled the presence of kaempferol-3-rhamnoside, quercitrin, and quercetin 3, 7 dirhamnoside flavonoids. The extract’s ability as anti hyperuricemia agent is then investigated through in-silico testing by using molecular docking with Molecular Operating Agent (MOE) program to study the interaction between hyperuricemic causing proteins with active substance of Melinjo interact in comparison with Allopurinol, a pharmaceutical drugs. Molecular docking unveils that melinjo’s active substance interacts with protein that causes hyperuricemia in the form of free binding energy and inhibition constant. This modeling also unveils the effectiveness of every dose of melinjo extract.

Abstrak :
Resistensi antimikroba adalah salah satu masalah utama yang dihadapi oleh berbagai sektor, dimana masalah ini mengancam efektivitas dari upaya pencegahan dan pengobatan dari penyakit yang disebabkan oleh infeksi mikroba sehingga diperlukan adanya strategi baru untuk mengatasi masalah ini. Salah satu molekul yang secara aktif dipelajari dan dipertimbangkan sebagai strategi alternatif adalah peptida antimikroba yang diproduksi secara alami oleh bakteri yang disebut bakteriosin, terutama yang dihasilkan oleh kelompok Bakteri Asam Laktat (BAL). Penelitian ini bertujuan untuk mengonfirmasi dan mengkarakterisasi bakteriosin dua peptida unik dalam kelas IIb yang diproduksi oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2 dengan pendekatan in silico dan konfirmasi sekuens DNA penyandi nonlantibiotiknya. DNA genomik bakteri diesktraksi dari hasil kultur dan gen penyandi nonlantibiotik disekuens dengan metode Sanger. Hasil sekuens dibandingkan dengan sekuens gen penyandi nonlantibiotik hasil Whole Genome Sequencing (WGS) untuk mendeteksi keberadaan mutasi pada sekuens DNA dan asam amino yang dihasilkan. Sekuens asam amino dari kedua peptida kemudian dilakukan pemodelan menggunakan metode de novo, saling ditambatkan, dan divisualisasikan untuk melihat ikatan dan interaksi yang terbentuk. Hasil penambatan Sm1 dengan Sm2 menunjukkan terbentuknya interaksi pada motif A25xxxA29 dan A29xxxG33 dari Sm1, serta S11xxxA15 dan A38xxxA42­ dari Sm2. Penambatan kedua peptida dengan sesamanya menunjukkan terbentuknya interaksi di residu Ala-19, motif G8xxxG12, dan motif A25xxxA29 pada Sm1, serta residu Ala-42, Gly-16, dan motif S11xxxA15 pada Sm2 sehingga diprediksi peptida tunggal sudah memiliki aktivitas inhibisi. Prediksi ini perlu ditelusuri lebih lanjut dengan uji in vitro. ......Antimicrobial resistance is one of the urgent and growing problems that many sectors are facing which threatens the effectivity of preventive and curative effort on treating diseases caused by microbial infection, thus posing the need to discover a novel strategy in order to tackle the problem. One potential molecule currently being actively studied and considered to be an alternative strategy is an antimicrobial peptide naturally produced by bacteria called bacteriocin, especially those produced by the Lactic Acid Bacteria (LAB) group. This study aims to identify and characterize a unique two-peptide bacteriocin within the class IIb bacteriocin produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 through in silico approach and confirmation of its coding DNA. The bacteria’s genomic DNA was extracted from culture and its bacteriocin-coding DNA was sequenced with Sanger Sequencing method. The sequence result was then compared with the initial Whole Genome Sequencing result to detect any mutation in the DNA and its translated amino acid sequence. The amino acid sequence of the two peptides were then modeled with de novo method, docked with each other, and visualized to see the bonds and interactions formed. The docking result showed interactions within the A25xxxA29 and A­29xxxG33 motifs of Sm1 and the S11xxxA15 and A38xxxA42 motifs of Sm2. Docking of each peptide with its own showed interactions in Ala-19, the G8xxxG12 and A25xxxA29 motifs of Sm1 and Ala-42, Gly-16, and the S11xxxA15 motif of Sm2. These interactions pose the possibility that a single peptide might have an inhibition activity of some degree when working on its own. This possibility should be investigated further through an in vitro test.