Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Sitokrom P450 isoform 2C9 (CYP2C9) merupakan enzim utama pemetabolisme fenitoin. Inhibisi enzim ini dapat menyebabkan peningkatan kadar plasma fenitoin. Simetidin diketahui meningkatkan kadar plasma fenitoin dalam tubuh. Saat ini, interaksi antara fenitoin dan simetidin secara molekuler belumlah jelas. Suatu metodologi komputasional, penambatan molekuler, berorientasi pada afinitas ikatan struktur kompleks yang terbentuk antara ligan dengan makromolekul target secara tiga dimensi (3D). Berdasar alasan tersebut, peneliti dapat menggunakannya untuk menganalisis interaksi yang terdapat pada struktur kompleks yang terbentuk. Program penambatan molekuler yang paling banyak digunakan, AutoDock, memperlihatkan efisiensi kegunaan menilai ligan yang terikat pada situs aktifnya, sehingga dapat digunakan untuk memahami interaksi antara fenitoin dan simetidin pada CYP2C9. Struktur 3D CYP2C9 yang digunakan adalah struktur kompleks dengan flurbiprofen (PDB ID 1R9O) yang memiliki konformasi terbuka dan struktur kompleks dengan S-warfarin (PDB ID 1OG5) yang memiliki konformasi tertutup. Hasil penambatan molekuler menggunakan struktur kristal 1R9O lebih efektif dibandingkan 1OG5. Substrat fenitoin distabilkan pengikatannya pada CYP2C9 dengan adanya ikatan hidrogen, interaksi dengan Arg108 sebagai residu kationik, interaksi hidrofobik khususnya dengan residu Phe114. Sedangkan inhibitor simetidin distabilkan pengikatannya pada CYP2C9 dengan adanya ikatan hidrogen dengan beberapa residu asam amino termasuk Glu300 yang juga berperan sebagai residu anionik, serta adanya interaksi hidrofobik. Simetidin menjadi inhibitor kompetitif CYP2C9 pada situs pengenalan substrat fenitoin.

Abstrak :
Zat-zat serupa narkotika dan psikotropika baru yang dikenal sebagai New Psychoactive Substances (NPS) telah berkembang di pasaran dalam beberapa tahun terakhir di dunia Internasional maupun di Indonesia. Telah teridentifikasi sebanyak 27 NPS diantara 74 jenis yang beredar di Indonesia pada tahun 2019 yang merupakan turunan kanabinoid dan sudah diatur dalam Peraturan Menteri Kesehatan No. 50 Tahun 2018. Prediksi terhadap NPS perlu dilakukan dan dapat dilakukan menggunakan metode in silico. Penelitian ini bertujuan memperoleh model interaksi dan afinitas penambatan molekuler dari New Psychoactive Substances (NPS) terhadap reseptor Cannabinoid-1 (CB1) dilakukan secara in silico. Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock melalui program PyRx serta dilakukan visualisasi interaksi hasil penambatan molekuler menggunakan Ligplot dan PyMOL. Parameter optimasi yang didapatkan untuk penambatan molekuler CB1 adalah menggunakan grid box 50x50x50 unit dengan energi evaluasi medium (2.500.000). Golongan NPS yang termasuk pada rentang energi ikatan -9,00 hingga -11,00 kkal/mol adalah kanabinoid (62%), fentanil (70%) dan plant-based substances (50%). Pada rentang -7,00 hingga -9,00 kkal/mol yaitu arilsikloheksilamin (70%). Sedangkan pada rentang -4,00 hingga -7,00 kkal/mol yakni katinon (58%), fenetilamin (84%), piperazin (81%) dan triptamin (64%). ......New narcotic and psychotropic substances known as New Psychoactive Substances (NPS) have evolved on the market in recent years both in Indonesia and internationally. As many as 27 NPS have been identified among 74 type in Indonesia in 2019 which are cannabinoid derivatives and have been regulated in Ministry of Health Republic of Indonesia Regulation No. 50 of 2018. Prediction of NPS needs to be done and can be done using the method in silico. This study aims to obtain a model of interaction and molecular binding affinity of the New Psychoactive Substances (NPS) on Cannabinoid-1 (CB1) receptor using in silico method. Molecular docking is done using AutoDock in PyRx program and visualize molecular docking interactions using Ligplot and PyMOL. Optimization parameter obtained for molecular docking of CB1 is using 50x50x50 unit grid box with medium energy evaluation (2.500.000). The NPS group included in the binding energy range of -9.00 to -11.00 kcal/mol are cannabinoids (62%), fentanyl (70%) and plant-based substances (50%). In the range of -7.00 to -9.00 kcal/mol, namely arylcyclohexylamine (70%). Whereas in the range of -4.00 to -7.00 kcal/mol are cathinone (58%), phenethylamine (84%), piperazine (81%) and tryptamine (64%).

Abstrak :
Human Immunodeficiency Virus (HIV) adalah virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh dan sistem pertahanan infeksi seseorang sehingga menyebabkan penyakit AIDS. Berbagai upaya telah diarahkan untuk pengembangan terapi antiretroviral yang berfokus pada enzim-enzim HIV tipe 1 dengan menggunakan transkriptase balik, protease, dan integrase sebagai target yang potensial. Saat ini, penemuan obat mulai dilakukan dengan pencarian sumber-sumber alam dari ekosistem laut, yang telah dilaporkan memiliki aktivitas biologis, untuk mengeksplorasi berbagai senyawa bioaktif dari organisme laut. Namun, waktu dan biaya yang diperlukan untuk proses penemuan obat sangat besar. Hambatan ini dapat diatasi dengan mengurangi jumlah sampel melalui penggunaan penapisan in silico. Pada penelitian ini, dilakukan pembuatan pangkalan data senyawa kimia dari Echinodermata dan penapisan virtual senyawa-senyawa tersebut terhadap transkriptase balik. Pangkalan data dibuat dengan cara mengumpulkan data dari hasil pencarian literatur yang dilakukan oleh penulis. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan 13 peringkat senyawa terbaik sebagai inhibitor transkriptase balik HIV-1, yaitu Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, dan Phrygiasterol.

---

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a virus that targets the immune system and weakens people's surveillance and defence systems against infections and causing AIDS disease. Various researches have been directed to the development of antiretroviral therapy that focuses on enzymes of HIV type 1 using reverse transcriptase, protease, and integrase as a potential target. New trends in drug discovery from natural sources emphasize on investigation of the marine ecosystem which have been reported having biological activities to explore bioactive compounds from marine organisms. However, time and cost required for drug discovery process are immense and at an unacceptable level. These obstacles can be overcome by reducing the number of samples using in silico screening. In this research, database compilation of chemical compounds from Echinoderm and virtual screening of the compounds were done to HIV-1 reverse transcriptase. Database was made by collecting data from any references which were searched by author. HIV-1 reverse transkriptase inhibitors virtual screening was done using AutoDock software. Based on the screening results, top thirteen ranked compound was obtained as hits, they are Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, and Phrygiasterol.

Abstrak :
Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina. ......Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve. Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina.

Abstrak :
Transkriptase balik HIV-1 merupakan salah satu enzim virus HIV yang sangat vital untuk reproduksi virus. Pertumbuhan virus HIV dapat berkurang secara signifikan apabila fungsi enzim tersebut terhambat. Saat ini, pengobatan HIV telah banyak diterapkan, tetapi pengobatan yang lebih efektif selalu dibutuhkan karena kemungkinan resisten yang terjadi dan efek samping dari penggunaan regimen obat dalam jangka panjang. Pencarian dilakukan dari sumber-sumber alam yang memiliki potensi sebagai obat. Berdasarkan penelitian sebelumnya, terdapat beberapa senyawa alam yang memiliki afinitas tinggi terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dan beberapa dari senyawa tersebut merupakan glikosida flavonoid. Oleh karena itu, untuk mempelajari lebih lanjut tentang glikosida flavonoid, khususnya pengaruh gugus glikon dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1, dilakukan analisis in silico senyawa glikosida flavonoid terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dengan metode penambatan menggunakan parameter AutoDock. Dari hasil penambatan, senyawa glikosida flavonoid terbaik yang direkomendasikan ialah yang memiliki energi ikatan bebas dengan nilai rendah, yaitu kaempferol-3-O-rhamnosida, mirisetin-3-O-rhamnosida, dan kuersetin 3-O-rhamnosida. Ketiga senyawa ini memiliki nilai energi ikatan bebas yang baik karena berinteraksi dengan asam amino kunci Tyr181 serta memiliki interaksi atau ikatan dengan asam amino lain yang tersebar pada tiga cincin flavonoid dan juga pada gugus gula. Gugus glikon pada glikosida flavonoid terlihat memberikan pengaruh dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1. ...... HIV 1 reverse transcriptase is one of HIV rsquo s vital enzymes for virus reproduction. The multiplication of the virus can be significantly decreased if this enzyme is inhibited. There are currently a lot of treatments for HIV, but a more effective treatment is always needed because of the possibility of drug resistance and its side effects for a long term use. The search is done from natural sources that have potential as a medicine. Based on previous study, there are some natural compounds with high affinity to the HIV 1 reverse transcriptase enzyme and some of these compounds are flavonoid glycosides. Therefore, to learn more about flavonoid glycosides, especially the effect of the glycone group in its interaction with the HIV 1 reverse transcriptase, an in silico analysis is done by using docking method with AutoDock parameters. The results showed that the most recommended flavonoid glycosides are those with the lowest binding energy, which were kaempferol 3 O rhamnoside, myricetin 3 O rhamnoside, and quercetin 3 O rhamnoside. This is suggested because of their interaction with the key amino acid Tyr181 and also the interaction with other amino acids that spread on all three flavonoid rings and also on sugar group. The glycone groups of flavonoid glycosides appear to have an effect in the interaction with HIV 1 reverse transcriptase enzyme.

Abstrak :
Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi Mycobacterium tuberculosis (MTB). TB menular melalui udara dengan paru-paru sebagai target organ utama. Enzim beta-ketoacyl-Acyl Carrier Protein (ACP) synthase (KasA) berperan dalam biosintesis mycolic acid yang merupakan komponen pertahanan MTB. Thiolactomycin dipilih sebagai ligan inhibitor MTB. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan struktur ligan hasil Fragment Based-Design yang memiliki potensi sebagai inhibitor enzim KasA pada MTB, memaparkan interaksi antara enzim KasA dengan ligan hasil modifikasi, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan hasil modifikasi. Enzim didapatkan dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCSB PDB) dan ligan thiolactomycin dari situs PubChem. Penapisan sifat druglikeness terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 digunakan untuk penapisan senyawa, penambatan molekul, dan modifikasi scaffold replacement terhadap thiolactomycin. Penambatan molekul dilakukan dengan metode penapisan virtual, rigid docking, dan induced-fit docking. Analisis terhada sifat ADMET dilakukan pada perangkat lunak OSIRIS DataWarrior dan Toxtree maupun situs pkCSM. Penelitian ini membuktikan bahwa senyawa hasil fragment-based design mampu menginhibisi enzim KasA didasarkan pada lima ligan terbaik dengan nilai RMSD, perubahan energi bebas Gibbs, dan pKi. Interaksi antara enzim KasA dengan ligan hasil fragment-based design terjadi pada asam amino Met213 dan Arg214. Selain itu, didapatkan senyawa 3063 dan 953 dengan sifat farmakologi terbaik. ......Tuberculosis (TB) is a disease caused by infection of Mycobacterium tuberculosis (MTB). TB spreads via air transmission with lung as its primary target. beta-ketoacyl-Acyl Carrier Protein (ACP) synthase (KasA) enzyme acts in mycolic acid biosynthesis, which has a significant role in MTB virulence. Thiolactomycin was chosen as MTB ligand inhibitor. This research aims to define fragment-based design ligand structure that has a potential as KasA enzyme in MTB, define the interaction between KasA enzyme and modified enzyme, and describe pharmacokinetics process including Adsorption, Distribution, Metabolism, and Excretion as well as toxicity of the modified ligand. KasA enzyme was obtained from Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCSB PDB) and thiolactomycin ligand was downloaded from PubChem. Screening of ligand druglikeness was done using OSIRIS DataWarrior. Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software was operated to screen, dock, and run scaffold replacement towards thiolactomycin. Molecular docking methods used were virtual screening, rigid docking, and induced-fit docking. ADMET analysis was done using OSIRIS DataWarrior and Toxtree software as well as pkCSM site. This research has proven that fragment-based design compounds were able to inhibit KasA enzyme based on the RMSD value, change of Gibbs free energy binding, and pKi of five best ligands. Interaction between KasA enzyme and fragment-based design ligand occurred in Met213 and Arg214 amino acids. Meanwhile, compound 3063 and 953 were considered as best pharmacological compounds.

Abstrak :
Suatu obat dapat menggeser obat obat lain dari ikatannya dengan protein plasma, sehingga menyebabkan kenaikan respon farmakologi secara tibatiba karena adanya kenaikan konsentrasi obat bebas. Pergeseran obat sangat penting ketika senyawa tersebut berikatan kuat dengan protein, misalnya perubahan ikatan dari 98% menjadi 94% dapat meningkatkan fraksi obat bebas menjadi tiga kali lipat, dari 2% menjadi 6%. Mengetahui adanya interaksi antara asam mefenamat dan piroksikam dalam berikatan dengan protein plasma, dalam hal ini albumin manusia, sangatlah penting, untuk memvisualisasikan interkaksi antara kedua obat tersebut dalam berikatan dengan albumin dimana telah terbukti secara in vitro. Metode in silico menggunakan teknik penambatan molekuler menggunakan program AutoDock 4.0 menghasilkan visualisasi pengikatan yang terjadi antara asam mefenamat dengan albumin, dan juga piroksikam dengan albumin, dan juga mengahasilkan nilai energi pengikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi (Ki) dari masing-masing pengikatan. Hasi penambatan menunjukkan bahwa nilai (ΔG) dan Ki asam mefenamat dan piroksikam secara berturut-turut adalah -5,47 kkal/mol, 98,59 μM dan -7,46 kkal/mol, 3,42 μM. Kesimpulan yang diperoleh bahwa ikatan asam mefenamat dengan albumin dapat digantikan oleh piroksikam karena nilai (ΔG) dan Ki asam mefenamat labih tinggi dari piroksikam. Ini dapat diperkirakan bahwa interaksi akan meningkatkan konsentrasi asam mefenamat yang bebas pada plasma darah dan menyebabkan efek toksik.

Abstrak :
Indonesia memiliki keberagaman keong darat yang tinggi, namun pemanfaatannya masih sangat terbatas. Lendir keong darat saat ini sudah digunakan sebagai sediaan kosmesetikal karena adanya dukungan ilmiah yang melaporkan bahwa lendir beberapa spesies keong darat memiliki bioaktivitas yang bermanfaat untuk kesehatan dan kecantikan kulit. Amphidromus palaceus adalah salah satu spesies keong darat native Indonesia yang memiliki tubuh relatif besar sehingga mudah untuk di koleksi lendirnya. Penelitian bioprospeksi lendir A. palaceus sebagai sediaan kosmesetikal belum banyak dilakukan sampai saat ini. Beberapa klaim kosmesetikal yang menarik untuk ditelusuri adalah pencarian agen pemutih dan anti kerut. Inhibisi tirosinase via jalur biosintesis melanin dapat digunakan sebagai klaim agen pemutih, sedangkan inhibisi elastase via jalur degradasi elastin dapat digunakan sebagai klaim anti kerut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa metabolit lendir A. palaceus, serta mengungkap potensinya sebagai inhibitor tirosinase dan elastase melalui penambatan molekuler. Identifikasi senyawa metabolit menggunakan instrumen UPLC-MS/MS, sedangkan penambatan molekuler menggunakan perangkat lunak AutoDock Tools 1.5.7 dan AutoDock 4.2. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 17 senyawa metabolit lendir A. palaceus dengan 10 senyawa dengan status terduga dan 7 senyawa dengan status terkonfirmasi. Analisis penambatan molekuler menunjukkan 6 senyawa kandidat inhibitor tirosinase dan 7 senyawa kandidat inhibitor elastase. Senyawa 4-(1-phenylethyl)-N-[4-(1-phenylethyl) phenyl]aniline merupakan senyawa kunci (lead compound) paling berpotensi menginhibisi tirosinase dan elastase. ......Indonesia has a high diversity of land snails, but their use is still very limited. Land snail mucus is now used as a cosmeceutical preparation because of scientific support which reports that the mucus of several land snail species has bioactivity that is beneficial for skin health and beauty. Amphidromus palaceus is a species of land snail native to Indonesia which has a relatively large body so it is easy to collect its mucus. Research on bioprospecting of A. palaceus mucus as a cosmeceutical preparation has not been carried out to date. Some interesting cosmeceutical claims to explore include the search for whitening and anti-wrinkle agents. Tyrosinase inhibition via the melanin biosynthesis pathway can be used as a whitening agent claim, while elastase inhibition via the elastin degradation pathway can be used as an anti-wrinkle claim. This research aims to identify bioactive compounds in A. palaceus mucus, and reveal their potential as inhibitors of tyrosinase and elastase through molecular docking. Identification of bioactive compounds using UPLC-MS/MS instruments, while molecular docking using AutoDock Tools 1.5.7 and AutoDock 4.2 software. This research succeeded in identifying 17 bioactive compounds in A. palaceus mucus with 10 compounds with suspected status and 7 compounds with confirmed status. Molecular docking analysis showed 6 tyrosinase inhibitor candidate compounds and 7 elastase inhibitor candidate compounds. The compound 4-(1-phenylethyl)-N-[4-(1-phenylethyl) phenyl]aniline is the key compound (lead compound) with the most potential to inhibit tyrosinase and elastase.

Abstrak :
ABSTRAK
Malaria menjadi masalah kesehatan global utama dengan angka kejadian kemoresistensi yang tinggi, sedangkan ketersediaan obat yang efektif terbatas. Hal tersebut mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria baru. Pendekatan berbasis struktur digunakan untuk merancang analog triklosan dengan target enzim Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). Gugus fenol disubstitusi dengan gugus metoksi, serta gugus Cl di posisi 2? cincin B dimodifikasi menjadi gugus 2,3-dihidroksi-propionamida. Penambahan dua gugus hidroksi pada cincin B menggunakan metode dihidroksilasi asimetrik Sharpless dengan ligan kiral (DHQ)2PHAL dan (DHQD)2PHAL menghasilkan dua produk analog triklosan sebagai campuran enansiomer. Interaksi molekuler analog triklosan terhadap PfENR ditentukan dengan AutoDock. Campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQ)2PHAL memiliki rotasi spesifik (+) 0,0833, sedangkan campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQD)2PHAL memiliki rotasi spesifik (-) 0,0678. Nilai IC50 kedua analog triklosan ditentukan terhadap galur sensitif klorokuin, 3D7. Jumlah parasit dihitung secara mikrokopis melalui apusan darah tipis yang diwarnai Giemsa. Nilai IC50 ditentukan dengan membandingkan parasitemia senyawa uji dengan kontrol yang dianggap memiliki pertumbuhan 100%. Aktivitas antimalaria campuran enansiomer yang dihasilkan dengan (DHQ)2PHAL dan dengan (DHQD)2PHAL memperlihatkan aktivitas yang lebih poten dibandingkan triklosan (IC50 2,72 x 10-2 M), dengan IC50 berturut-turut 3,38 x 10-5 M dan 2,82 x 10-5 M.

---

ABSTRACT
Malaria is a major global public health problem that alarming spread of drug resistance and limited number of effective drugs. That reason underline how important it is to discover new antimalarial drug. A structure-based approach has been taken to develop substituted analogs of triclosan that target the key malarial enzyme Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). The phenol moiety was chemically substituted with methoxy group, and Cl group at posistion 2? in ring B also modified with 2,3-dihydroxy-propionamide group. Sharpless asymmetric dihydroxylation with chiral ligand (DHQ)2PHAL and (DHQD)2PHAL is used to introduce two hydroxyl groups into the ring B to give two analogs of triclosan as enantiomer mixture. The binding energies of two analogs for PfENR were determined using Autodock. The enantiomer mixture generated by chiral ligand (DHQ)2PHAL showed specific rotation of (+) 0,0833, while enantiomer mixture resulted from chiral ligand (DHQD)2PHAL have (-) 0,0678 of specific rotation. The IC50 of two analogs of triclosan were determined against Plasmodium falciparum chloroquin-sensitive strain, 3D7. The number of parasites on thin Giemsa stained smears was calculated microscopically. IC50 determined by comparing paracitemia parasite growth in the presence of compound with that of control without compound. The analog compounds, enantiomer mixture resulted by either (DHQ)2PHAL or (DHQD)2PHAL showed a higher antimalarial activity than triclosan (IC50 2,72 x 10-2 M), with IC50 3,38 x 10-5 M and 2,82 x 10-5 M, respectively.

Abstrak :
SIRT1 merupakan salah satu dari tujuh sirtuin manusia SIRT1-7 yang termasuk dalam HDAC kelas III. Sejumlah penelitian tentang SIRT1 telah banyak dibuktikan berperan dalam regulasi metabolisme seluler serta sering dihubungkan dengan pathogenesis penyakit seperti kanker dan penyakit nuerodegeneratif. Untuk menemukan kandidat obat yang baik beberapa menggunakan metode in silico sebagai tool yang cepat dalam menganalisis aktifitas biologis obat secara virtual. Metode in silico dalam penelitian ini dimulai dari penapisan virtual, penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler yang menggunakan database herbal Indonesia untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi sebagai inhibitor SIRT1. Hasilnya diperoleh ada enam senyawa kandidat dari database Herbal Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor SIRT1 yaitu 5-oxocoronaridine, 3-oxocoronaridine, 5-hydroxy-6-oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine dan tabernaemontanine. Hasil penambatan molekul senyawa kandidat terhadap dua makromolekul SIRT1 PDB ID: 4I5I dan 4ZZI menunjukkan nilai pengikatan energi bebas senyawa kandidat mendekati dan lebih tinggi dari senyawa ligand co-kristal. Dari analisis simulasi dinamika molekuler diperoleh energi bebas MMPBSA di atas -21 kkal/ mol sedangkan occupancy ikatan hidrogen residu Ile347 dan Asp348 diatas 80 .

---

SIRT1 is one of seven human sirtuins SIRT1 7 are included in class III of HDAC. A number studies of SIRT1 has been widely demonstrated a role in the regulation of cellular metabolism and linked to pathogenesis of diseases such as cancer and neurodegeneratif diseases. To find a good drug candidates could using in silico methods as a quick tool in analyzing the biological activity of drugs virtually. In silico methods in this research started from a virtual screening, docking and molecular dynamics simulations that use Indonesian herbal database to find potential candidate compounds as SIRT1 inhibitor. The result was obtained there are six candidates compound of Indonesian Herbal database that has potential as SIRT1 inhibitor that is 5 oxocoronaridine, 3 oxocoronaridine, 5 hydroxy 6 oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine and tabernaemontanine. Docking results shown that molecule candidate compounds against two of macromolecules SIRT1 PDB ID 4I5I and 4ZZI have value of the candidate compound binding free energy approach and higher than the co crystal ligands. From the analysis of molecular dynamics simulations obtained free energy MMPBSA about 21 kcal mol while occupancy hydrogen bonding of residues Ile347 and Asp348 about 80 .