Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sitokrom P450 isoform 2C9 (CYP2C9) merupakan enzim utamapemetabolisme fenitoin. Inhibisi enzim ini dapat menyebabkan peningkatankadar plasma fenitoin. Simetidin diketahui meningkatkan kadar plasmafenitoin dalam tubuh. Saat ini, interaksi antara fenitoin dan simetidin secaramolekuler belumlah jelas. Suatu metodologi komputasional, penambatanmolekuler, berorientasi pada afinitas ikatan struktur kompleks yang terbentukantara ligan dengan makromolekul target secara tiga dimensi (3D). Berdasaralasan tersebut, peneliti dapat menggunakannya untuk menganalisis interaksiyang terdapat pada struktur kompleks yang terbentuk. Program penambatanmolekuler yang paling banyak digunakan, AutoDock, memperlihatkanefisiensi kegunaan menilai ligan yang terikat pada situs aktifnya, sehinggadapat digunakan untuk memahami interaksi antara fenitoin dan simetidinpada CYP2C9.Struktur 3D CYP2C9 yang digunakan adalah struktur kompleksdengan flurbiprofen (PDB ID 1R9O) yang memiliki konformasi terbuka danstruktur kompleks dengan S-warfarin (PDB ID 1OG5) yang memilikikonformasi tertutup. Hasil penambatan molekuler menggunakan strukturkristal 1R9O lebih efektif dibandingkan 1OG5. Substrat fenitoin distabilkanpengikatannya pada CYP2C9 dengan adanya ikatan hidrogen, interaksidengan Arg108 sebagai residu kationik, interaksi hidrofobik khususnya dengan residu Phe114. Sedangkan inhibitor simetidin distabilkan pengikatannya pada CYP2C9 dengan adanya ikatan hidrogen denganbeberapa residu asam amino termasuk Glu300 yang juga berperan sebagairesidu anionik, serta adanya interaksi hidrofobik. Simetidin menjadi inhibitorkompetitif CYP2C9 pada situs pengenalan substrat fenitoin."

"Suatu obat dapat menggeser obat obat lain dari ikatannya dengan proteinplasma, sehingga menyebabkan kenaikan respon farmakologi secara tibatibakarena adanya kenaikan konsentrasi obat bebas. Pergeseran obatsangat penting ketika senyawa tersebut berikatan kuat dengan protein,misalnya perubahan ikatan dari 98% menjadi 94% dapat meningkatkan fraksiobat bebas menjadi tiga kali lipat, dari 2% menjadi 6%. Mengetahui adanyainteraksi antara asam mefenamat dan piroksikam dalam berikatan denganprotein plasma, dalam hal ini albumin manusia, sangatlah penting, untukmemvisualisasikan interkaksi antara kedua obat tersebut dalam berikatandengan albumin dimana telah terbukti secara in vitro. Metode in silicomenggunakan teknik penambatan molekuler menggunakan programAutoDock 4.0 menghasilkan visualisasi pengikatan yang terjadi antara asammefenamat dengan albumin, dan juga piroksikam dengan albumin, dan jugamengahasilkan nilai energi pengikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi (Ki) darimasing-masing pengikatan. Hasi penambatan menunjukkan bahwa nilai (ΔG)dan Ki asam mefenamat dan piroksikam secara berturut-turut adalah -5,47kkal/mol, 98,59 μM dan -7,46 kkal/mol, 3,42 μM. Kesimpulan yang diperolehbahwa ikatan asam mefenamat dengan albumin dapat digantikan olehpiroksikam karena nilai (ΔG) dan Ki asam mefenamat labih tinggi daripiroksikam. Ini dapat diperkirakan bahwa interaksi akan meningkatkankonsentrasi asam mefenamat yang bebas pada plasma darah danmenyebabkan efek toksik."

"Zat-zat serupa narkotika dan psikotropika baru yang dikenal sebagai New Psychoactive Substances (NPS) telah berkembang di pasaran dalam beberapa tahun terakhir di dunia Internasional maupun di Indonesia. Telah teridentifikasi sebanyak 27 NPS diantara 74 jenis yang beredar di Indonesia pada tahun 2019 yang merupakan turunan kanabinoid dan sudah diatur dalam Peraturan Menteri Kesehatan No. 50 Tahun 2018. Prediksi terhadap NPS perlu dilakukan dan dapat dilakukan menggunakan metode in silico. Penelitian ini bertujuan memperoleh model interaksi dan afinitas penambatan molekuler dari New Psychoactive Substances (NPS) terhadap reseptor Cannabinoid-1 (CB1) dilakukan secara in silico. Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock melalui program PyRx serta dilakukan visualisasi interaksi hasil penambatan molekuler menggunakan Ligplot dan PyMOL. Parameter optimasi yang didapatkan untuk penambatan molekuler CB1 adalah menggunakan grid box 50x50x50 unit dengan energi evaluasi medium (2.500.000). Golongan NPS yang termasuk pada rentang energi ikatan -9,00 hingga -11,00 kkal/mol adalah kanabinoid (62%), fentanil (70%) dan plant-based substances (50%). Pada rentang -7,00 hingga -9,00 kkal/mol yaitu arilsikloheksilamin (70%). Sedangkan pada rentang -4,00 hingga -7,00 kkal/mol yakni katinon (58%), fenetilamin (84%), piperazin (81%) dan triptamin (64%).

---

New narcotic and psychotropic substances known as New Psychoactive Substances (NPS) have evolved on the market in recent years both in Indonesia and internationally. As many as 27 NPS have been identified among 74 type in Indonesia in 2019 which are cannabinoid derivatives and have been regulated in Ministry of Health Republic of Indonesia Regulation No. 50 of 2018. Prediction of NPS needs to be done and can be done using the method in silico. This study aims to obtain a model of interaction and molecular binding affinity of the New Psychoactive Substances (NPS) on Cannabinoid-1 (CB1) receptor using in silico method. Molecular docking is done using AutoDock in PyRx program and visualize molecular docking interactions using Ligplot and PyMOL. Optimization parameter obtained for molecular docking of CB1 is using 50x50x50 unit grid box with medium energy evaluation (2.500.000). The NPS group included in the binding energy range of -9.00 to -11.00 kcal/mol are cannabinoids (62%), fentanyl (70%) and plant-based substances (50%). In the range of -7.00 to -9.00 kcal/mol, namely arylcyclohexylamine (70%). Whereas in the range of -4.00 to -7.00 kcal/mol are cathinone (58%), phenethylamine (84%), piperazine (81%) and tryptamine (64%)."

"Human Immunodeficiency Virus (HIV) adalah virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh dan sistem pertahanan infeksi seseorang sehingga menyebabkan penyakit AIDS. Berbagai upaya telah diarahkan untuk pengembangan terapi antiretroviral yang berfokus pada enzim-enzim HIV tipe 1 dengan menggunakan transkriptase balik, protease, dan integrase sebagai target yang potensial. Saat ini, penemuan obat mulai dilakukan dengan pencarian sumber-sumber alam dari ekosistem laut, yang telah dilaporkan memiliki aktivitas biologis, untuk mengeksplorasi berbagai senyawa bioaktif dari organisme laut. Namun, waktu dan biaya yang diperlukan untuk proses penemuan obat sangat besar. Hambatan ini dapat diatasi dengan mengurangi jumlah sampel melalui penggunaan penapisan in silico. Pada penelitian ini, dilakukan pembuatan pangkalan data senyawa kimia dari Echinodermata dan penapisan virtual senyawa-senyawa tersebut terhadap transkriptase balik. Pangkalan data dibuat dengan cara mengumpulkan data dari hasil pencarian literatur yang dilakukan oleh penulis. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan 13 peringkat senyawa terbaik sebagai inhibitor transkriptase balik HIV-1, yaitu Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, dan Phrygiasterol.

---

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a virus that targets the immune system and weakens people's surveillance and defence systems against infections and causing AIDS disease. Various researches have been directed to the development of antiretroviral therapy that focuses on enzymes of HIV type 1 using reverse transcriptase, protease, and integrase as a potential target. New trends in drug discovery from natural sources emphasize on investigation of the marine ecosystem which have been reported having biological activities to explore bioactive compounds from marine organisms. However, time and cost required for drug discovery process are immense and at an unacceptable level. These obstacles can be overcome by reducing the number of samples using in silico screening. In this research, database compilation of chemical compounds from Echinoderm and virtual screening of the compounds were done to HIV-1 reverse transcriptase. Database was made by collecting data from any references which were searched by author. HIV-1 reverse transkriptase inhibitors virtual screening was done using AutoDock software. Based on the screening results, top thirteen ranked compound was obtained as hits, they are Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, and Phrygiasterol."

"Transkriptase balik HIV-1 merupakan salah satu enzim virus HIV yang sangat vital untuk reproduksi virus. Pertumbuhan virus HIV dapat berkurang secara signifikan apabila fungsi enzim tersebut terhambat. Saat ini, pengobatan HIV telah banyak diterapkan, tetapi pengobatan yang lebih efektif selalu dibutuhkan karena kemungkinan resisten yang terjadi dan efek samping dari penggunaan regimen obat dalam jangka panjang. Pencarian dilakukan dari sumber-sumber alam yang memiliki potensi sebagai obat. Berdasarkan penelitian sebelumnya, terdapat beberapa senyawa alam yang memiliki afinitas tinggi terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dan beberapa dari senyawa tersebut merupakan glikosida flavonoid. Oleh karena itu, untuk mempelajari lebih lanjut tentang glikosida flavonoid, khususnya pengaruh gugus glikon dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1, dilakukan analisis in silico senyawa glikosida flavonoid terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dengan metode penambatan menggunakan parameter AutoDock. Dari hasil penambatan, senyawa glikosida flavonoid terbaik yang direkomendasikan ialah yang memiliki energi ikatan bebas dengan nilai rendah, yaitu kaempferol-3-O-rhamnosida, mirisetin-3-O-rhamnosida, dan kuersetin 3-O-rhamnosida. Ketiga senyawa ini memiliki nilai energi ikatan bebas yang baik karena berinteraksi dengan asam amino kunci Tyr181 serta memiliki interaksi atau ikatan dengan asam amino lain yang tersebar pada tiga cincin flavonoid dan juga pada gugus gula. Gugus glikon pada glikosida flavonoid terlihat memberikan pengaruh dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1.

---

HIV 1 reverse transcriptase is one of HIV rsquo s vital enzymes for virus reproduction. The multiplication of the virus can be significantly decreased if this enzyme is inhibited. There are currently a lot of treatments for HIV, but a more effective treatment is always needed because of the possibility of drug resistance and its side effects for a long term use. The search is done from natural sources that have potential as a medicine. Based on previous study, there are some natural compounds with high affinity to the HIV 1 reverse transcriptase enzyme and some of these compounds are flavonoid glycosides. Therefore, to learn more about flavonoid glycosides, especially the effect of the glycone group in its interaction with the HIV 1 reverse transcriptase, an in silico analysis is done by using docking method with AutoDock parameters. The results showed that the most recommended flavonoid glycosides are those with the lowest binding energy, which were kaempferol 3 O rhamnoside, myricetin 3 O rhamnoside, and quercetin 3 O rhamnoside. This is suggested because of their interaction with the key amino acid Tyr181 and also the interaction with other amino acids that spread on all three flavonoid rings and also on sugar group. The glycone groups of flavonoid glycosides appear to have an effect in the interaction with HIV 1 reverse transcriptase enzyme. "

"Indonesia memiliki keberagaman keong darat yang tinggi, namun pemanfaatannya masih sangat terbatas. Lendir keong darat saat ini sudah digunakan sebagai sediaan kosmesetikal karena adanya dukungan ilmiah yang melaporkan bahwa lendir beberapa spesies keong darat memiliki bioaktivitas yang bermanfaat untuk kesehatan dan kecantikan kulit. Amphidromus palaceus adalah salah satu spesies keong darat native Indonesia yang memiliki tubuh relatif besar sehingga mudah untuk di koleksi lendirnya. Penelitian bioprospeksi lendir A. palaceus sebagai sediaan kosmesetikal belum banyak dilakukan sampai saat ini. Beberapa klaim kosmesetikal yang menarik untuk ditelusuri adalah pencarian agen pemutih dan anti kerut. Inhibisi tirosinase via jalur biosintesis melanin dapat digunakan sebagai klaim agen pemutih, sedangkan inhibisi elastase via jalur degradasi elastin dapat digunakan sebagai klaim anti kerut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa metabolit lendir A. palaceus, serta mengungkap potensinya sebagai inhibitor tirosinase dan elastase melalui penambatan molekuler. Identifikasi senyawa metabolit menggunakan instrumen UPLC-MS/MS, sedangkan penambatan molekuler menggunakan perangkat lunak AutoDock Tools 1.5.7 dan AutoDock 4.2. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 17 senyawa metabolit lendir A. palaceus dengan 10 senyawa dengan status terduga dan 7 senyawa dengan status terkonfirmasi. Analisis penambatan molekuler menunjukkan 6 senyawa kandidat inhibitor tirosinase dan 7 senyawa kandidat inhibitor elastase. Senyawa 4-(1-phenylethyl)-N-[4-(1-phenylethyl) phenyl]aniline merupakan senyawa kunci (lead compound) paling berpotensi menginhibisi tirosinase dan elastase.

---

Indonesia has a high diversity of land snails, but their use is still very limited. Land snail mucus is now used as a cosmeceutical preparation because of scientific support which reports that the mucus of several land snail species has bioactivity that is beneficial for skin health and beauty. Amphidromus palaceus is a species of land snail native to Indonesia which has a relatively large body so it is easy to collect its mucus. Research on bioprospecting of A. palaceus mucus as a cosmeceutical preparation has not been carried out to date. Some interesting cosmeceutical claims to explore include the search for whitening and anti-wrinkle agents. Tyrosinase inhibition via the melanin biosynthesis pathway can be used as a whitening agent claim, while elastase inhibition via the elastin degradation pathway can be used as an anti-wrinkle claim. This research aims to identify bioactive compounds in A. palaceus mucus, and reveal their potential as inhibitors of tyrosinase and elastase through molecular docking. Identification of bioactive compounds using UPLC-MS/MS instruments, while molecular docking using AutoDock Tools 1.5.7 and AutoDock 4.2 software. This research succeeded in identifying 17 bioactive compounds in A. palaceus mucus with 10 compounds with suspected status and 7 compounds with confirmed status. Molecular docking analysis showed 6 tyrosinase inhibitor candidate compounds and 7 elastase inhibitor candidate compounds. The compound 4-(1-phenylethyl)-N-[4-(1-phenylethyl) phenyl]aniline is the key compound (lead compound) with the most potential to inhibit tyrosinase and elastase."

"New Psychoactive Substance (NPS) merupakan senyawa psikoaktif baru yang memiliki kemungkinan untuk disalahgunakan. Senyawa tersebut belum masuk ke dalam perundang-undangan. NPS dapat berinteraksi dengan berbagai reseptor yang berada di sistem saraf pusat, salah satu reseptornya adalah reseptor alfa 2A adrenergik. NPS yang berinteraksi dengan reseptor alfa 2A adrenergik yang berada di sistem saraf pusat dapat menghasilkan efek psikoaktif seperti euphoria. Efek samping yang dapat muncul dari reseptor alfa 2A adrenergik adalah ansietas, depresi, mudah tersinggung, dan paranoia. Penelitian ini melihat interaksi antara NPS dengan reseptor alfa 2A adrenergik yang dapat memberikan informasi untuk digunakan sebagai data pendukung dalam penyusunan peraturan terkait pelarangan NPS. Metode penelitian yang digunakan untuk melihat interaksi yang terjadi antara NPS dengan reseptor alfa 2A adrenergik adalah penambatan molekuler. Penambatan molekuler dilakukan dengan menggunakan program AutoDock dan AutoDock vina yang dibantu dengan PyRx. Parameter optimal yang digunakan untuk penambatan molekuler NPS dengan reseptor alfa 2A adrenergik, yaitu grid box dengan ukuran 78x78x78 pts (spasi 0,375 Å) dan waktu komputasi short. Hasil penambatan molekul didapatkan golongan yang memiliki frekuensi terbanyak senyawa dengan energi ikatan -5,00 sampai -7,49 kkal/mol adalah aminoindanes, fenetilamin, fensiklidin dan ketamin, katinon sintetik, piperazin, triptamin, dan barbiturat, sedangkan golongan yang memiliki frekuensi terbanyak senyawa dengan energi ikatan -7,5 sampai -10,00 kkal/mol adalah kanabinoid sintetik, other substance, plant based, benzodiazepin, fentanil, dan opioid. Berdasarkan hasil yang didapatkan, semua golongan NPS menghasilkan afinitas jika berinteraksi dengan reseptor alfa 2A adrenergik.

---

New Psychoactive Substance (NPS) is a new psychoactive compound that has the possibility to be abused. These compounds have not yet entered into legislation. NPS can interact with various receptors in the central nervous system, one of which is the alpha 2A adrenergic receptor. NPS that interact with alpha 2A adrenergic receptors located in the central nervous system can produce psychoactive effects such as euphoria. Side effects that can appear from alpha 2A adrenergic receptors are anxiety, depression, irritability, and paranoia. This study aims to look the interaction between NPS and alpha 2A adrenergic receptors which can provide information to be used as supporting data in drafting regulations related to the prohibition of NPS. The research method used to see the interactions that occur between NPS and alpha 2A adrenergic receptors is molecular docking. Molecular docking was carried out using the AutoDock and AutoDock vina assisted by PyRx. The optimal parameter used for molecular docking of NPS with alpha 2A adrenergic receptors was a grid box with a size of 78x78x78 pts (space 0.375 Å) and short computational time. The results of molecular docking showed that the groups that had the highest frequency of compounds with bond energies of -5.00 to -7.49 kcal/mol are aminoindanes, phenethylamine, phenyclidine and ketamine, synthetic cathinones, piperazine, tryptamine, and barbiturates, while the group with the highest frequency compounds with bond energies of -7.5 to -10.00 kcal/mol are synthetic cannabinoids, other substances, plant based, benzodiazepines, fentanyl, and opioids. Based on the results obtained, all groups of NPS produce affinity when interacting with alpha 2A adrenergic receptors. "

"Salah satu perkembangan menarik dalam pengobatan kanker adalah target terapi kanker, yaitu pemberian obat yang ditargetkan secara molekuler untuk menginhibisi protein onkogenik tirosin kinase. Tirosin kinase adalah enzim kinase yang berperan dalam proses seluler seperti pertumbuhan, diferensiasi, migrasi, dan apoptosis sebuah sel. Mutasi atau ekspresi berlebih dari tirosin kinase dapat mengakibatkan perubahan fungsi seluler tirosin kinase yang memicu pembentukan sel tumor dan kanker, sehingga inhibisi dari protein tersebut dapat memperlambat proliferasi dan angiogenesis dari sel kanker. Pada penelitian ini, permodelan secara in silico digunakan untuk mengetahui aktivitas inhibisi senyawa propolis yang berasal dari lebah tak bersengat Tetragonula biroi aff. Indonesia pada target protein tirosin kinase penyebab non-small cell lung cancer (NSCLC), kanker payudara, dan leukemia myeloid. 18 senyawa uji propolis yang memiliki potensi antikanker diujikan sebagai inhibitor untuk menghambat aktivitas protein Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), dan Brutons Tyrosine Kinase (BTK) penyebab NSCLC, kanker payudara, dan leukemia myeloid secara berturut-turut. Penambatan dikomputasikan menggunakan AutoDock Vina®, dengan LigPlot+ dan PyMOL untuk memvisualisasikan interaksi molekuler antara kompleks inhibitor-protein yang dihasilkan. Hasil menunjukkan bahwa kurarinon adalah inhibitor yang paling kuat terhadap ALK dengan skor -8,8 kkal/mol, yang berinteraksi dengan Met1199 sebagai residu utama untuk menghambat ALK. Sementara itu macarangin memiliki skor penambatan tertinggi untuk target HER2 dengan nilai sebesar -11,3 kkal/mol, dan Derrubone sebagai inhibitor paling kuat untuk BTK dengan skor -9,4 kkal/mol. Maka dari itu, studi ini menunjukkan bahwa kurarinon berpotensi untuk menjadi inhibitor ALK, dengan macarangin berpotensi sebagai inhibitor HER2, dan derrubone berpotensi untuk menjadi inhibitor BTK sehingga ketiga senyawa tersebut dapat diteliti dan dievaluasi lebih lanjut untuk studi in-vitro dan in-vivo sebagai novel inhibitor ALK, HER2, dan BTK.

 

---