Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Helicobacter pylori diperkirakan menginfeksi lebih dari setengah populasi orang dewasa. Deteksi dini H.pylori sangat diperlukan untuk mencegah berkembangnya infeksi menjadi keganasan lambung. Bentuk coccoid dari H. pylori sulit dideteksi dengan kultur dan histopatologi, namun dapat terdeteksi dengan metode molekuler seperti real-time PCR. Salah satu gen yang dapat digunakan sebagai gen target real-time PCR yaitu 16S rRNA, yang diketahui spesifik dan juga digunakan untuk menganalisis kekerabatan antar strain. Analisis ini bermanfaat untuk melihat penyebaran infeksi H.pylori di dunia. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorium. Metode pengambilan sampel yang digunakan yaitu, metode consecutive sampling. Biopsi diambil dari 2 antrum dan 2 korpus pada 42 penderita dispepsia untuk pemeriksaan real-time PCR dan histopatologi. Optimasi kondisi real-time PCR meliputi uji volume cetakan DNA, sensitifitas dan spesifisitas teknik, kemudian dilanjutkan aplikasi pada sampel klinis dari biopsi lambung. Delapan dari 11 sampel yang positif dilakukan sekuensing dan analisis filogenetik. Hasil optimasi diperoleh suhu annealing 64?C, konsentrasi primer 0,8 ?M dan konsentrasi probe 0,6 ?M. Ambang batas deteksi real-time PCR untuk mendeteksi jumlah DNA minimal H.pylori yaitu 46 bakteri. Spesifisitas uji reaksi silang real-time PCR ini tidak menunjukkan adanya reaksi silang dengan mikroorganisme lain. Proporsi positif hasil pemeriksaan real-time PCR sebesar 26,2 , sedangkan histopatologi sebesar 11,9 . Pemeriksaan real-time PCR mampu meningkatkan diagnosis sebesar 14,3 dibandingkan pemeriksaan histopatologi. Hasil sekuensing dan analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain H.pylori dari sampel memiliki kekerabatan dengan strain Taiwan, India, dan Australia. Kata kunci : H.pylori, histopatologi, real-time PCR, analisis filogenetik

---

ABSTRACT
Helicobacter pylori infection is estimated infect almost half of the adult population in the world. Early detection of H.pylori is needed to prevent the development of infections into gastric malignancies. The coccoid form of H. pylori is difficult to detect using culture and histopathology but it can be detected by molecular methods such as real time PCR. One of the genes that can be used as a real time PCR target gene is 16S rRNA, which is known to be specific and also used to analyze closely related strain. This analysis were useful to showed the spread of H.pylori infection in the world.This study is an experimental laboratory. The sampling method used is the consecutive sampling method. Biopsy was taken from 2 antrum and 2 corpus in 42 patients with dyspepsia for real time PCR and histopathology examination. Optimization real time PCR conditions include DNA template volume testing, sensitivity and specificity of the technique, followed by application of clinical samples from gastric biopsy. Eight of the 11 positive samples were sequenced and analyzed for phylogenetics pattern. The optimization result obtained annealing temperature 64 C, primer concentration was 0,8 M and probe concentration was 0,6 M. Limit detection of the DNA was 46 bacteria. The specificity of the PCR 39 s real time indicate that there was no cross reaction with other microorganisms. The positive proportion of PCR real time examination was 26.2 , while histopathology was 11.9 . A real time PCR examination was able to improve the diagnosis by 14,3 compared to histopathology examination. Sequencing and phylogenetic analysis results showed that our strain were closely related to Taiwan, India and Australia strains. Keywords H.pylori, histopathology, real time PCR, phylogenetic analysis

Abstrak :
Biofuling is the undesirable accumulation of microorganisms, plants, algae and animals on submerged structures espicially ship hulls....

Abstrak :
Aspergillus section Nigri adalah salah satu kelompok kapang yang memiliki peran penting dalam bidang mikologi pangan, kedokteran, dan bioteknologi. Kapang tersebut merupakan kandidat yang sering digunakan untuk rekayasa genetika dan pemerintah Amerika Serikat melalui Food and Drug Administration (FDA) memberikan status GRAS (Generally Regarded As Safe) dalam penggunaannya di bidang industri dan bioteknologi. Secara sistematika dan taksonomi, kapang Aspergillus section Nigri memiliki sejumlah permasalahan karena kapang tersebut sukar untuk diidentifikasi dan diklasifikasi. Dalam penelitian ini dilakukan identifikasi dan analisis filogenetik terhadap 20 strain Aspergillus section Nigri terseleksi asal Kebun Raya Eka Karya, Bedugul Bali. Identifikasi kapang terseleksi dilakukan melalui pendekatan morfologi dan molekuler. Karakterisasi morfologi dilakukan dengan mengamati karakter fenotip di media CzA, MEA, CYA, MEA37, dan CY20S. Adapun analisis molekuler dilakukan melalui analisis sekuensing gen pada lokus ITS rDNA, gen ß-tubulin dan calmodulin. Analisis filogenetik dilakukan menggunakan analisis statistik neighbor-joining (NJ). Hasil analisis morfologi dalam penelitian ini belum dapat digunakan untuk mengidentifikasi dan membedakan ke-20 strain pada tingkat takson spesies. Hasil analisis molekuler menunjukkan 7 strain memiliki kedekatan secara genotip dengan A. aculeatus pada kisaran homologi 97-99%, 4 strain memiliki kedekatan dengan A. niger pada kisaran homologi 99-100%, dan 9 strain memiliki kedekatan genotip dengan A. tubingensis pada kisaran homologi 97-100%. Hasil analisis molekuler juga menunjukkan 10 strain yaitu P03, P08, P09,P10, P12, P15, P16, P18, P19, dan P20 memiliki homologi yang rendah pada lokus gen ß-tubulin dan calmodulin sehingga secara genotip strain tersebut kemungkinan merupakan kandidat spesies yang berbeda. Hasil tersebut diperkuat oleh hasil analisis filogenetik NJ pada ketiga lokus. Berdasarkan hasil analisis filogenetik multilokus strain P01, P02, P11, dan P17 adalah takson A. tubingensis, strain P04, P05, P06, dan P07 adalah takson A. niger, dan strain P13 dan P14 adalah takson A. aculeatus. Hasil analisis filogenetik juga menunjukkan adanya spesies tersembunyi (cryptic species) dari beberapa strain Aspergillus hitam yang disolasi dari rhizosfer Piper asal Kebun Raya Eka Karya, Bedugul Bali, yaitu strain P03, P08, P09, P10, P12, P15, P16, P18, P19, dan P20. ......The black aspergilli (Aspergillus section Nigri ) are an important group of species in food mycology, medical mycology, and biotechnology. They are also candidates for genetic manipulation in the biotechnolology industries since A. niger used under certain industrial condition has been granted the GRAS (Generally Regarded As Safe) status by the Food and Drug Administration of the US government. Black aspergilli are one of the more difficult groups regarding classification and identification. In spite of the taxonomy of the Aspergillus species of the Nigri section being regarded as troublesome. This work aimed to identify and analyse the phylogeny of 20 selected strains of black aspergilli from Eka Karya Botanical Garden, Bedugul Bali. Morphological character were observed from culture were grown on CzA, MEA, CYA, MEA37, and CY20S. Meanwhile, molecular analysis have been conducted based on the ITS rDNA, ß-tubulin, and calmodulin genes. Morphological data result are useful for preliminary identification but it did not having been totally effective in describing and elucidating 20 selected strains into species level. Further molecular analysis showed that from 20 selected strains, seven strains have 97-99% similarity with A. aculeatus, four strains have 99-100% similarity with A. niger, and nine strains have 97-100% similarity with A. tubingensis. Based on molecular analysis particularly ß-tubulin and calmodulin genes, 10 strains (P03, P06, P08, P09, P10, P12, P15, P16, P18, P19, and P20) can be presumed as new species because of the low homology value to their closest related species. Based on the phylogenetic analysis strains of P01, P02, P11, and P17 were identified as A. tubingensis; strain P04, P05, P06, and P07 were identified as A. niger, and strain P13 and P14 were identified as A. aculeatus. Ten strains, namely, P03, P08, P09, P10, P12, P15, P16, P18, P19, and P20, form distinct lineage separated from other recognized Aspergillus in this section. Cryptic species probably exist among the Aspergillus section Nigri strains inhabiting Piper rhizosphere from Eka Karya Botanical Garden, Bedugul Bali.

Abstrak :
Athyrium adalah marga paku sejati dari suku Athyriaceae yang beranggotakan 160-220 jenis, yang sebagian besar anggotanya berada di Asia Timur. Delapan jenis Athyrium yang diketahui dari Jawa dan dua jenis dari Bali belum pernah dievaluasi kekerabatannya, baik secara morfologi maupun molekuler. Kajian filogenetika molekuler dilakukan dengan menggunakan lima marka kloroplas DNA dari total 78 sampel yang 22 sampel diantaranya baru diperoleh dalam penelitian ini. Kajian fenetik difokuskan pada penguraian kekerabatan berdasarkan kesamaan morfologi pada kelompok Athyrium nigripes yang mengalami permasalahan penyematan nama secara tidak konsisten. Hasil analisis menunjukkan bahwa A. nigripes Jawa dan Bali berbeda dari sampel yang berasal dari Cina, yang menguatkan pendapat bahwa penggunaan nama tersebut dalam flora daratan Cina adalah tidak tepat. Karakter yang bermanfaat dalam memisahkan jenis-jenis dalam kumpulan yang serupa ini adalah rambut-rambut pada rakis dan pina rakis, serta adanya tonjolan semacam duri pada sisi adaksial tulang-tulang daun Dengan demikian, Jawa terkonfirmasi memiliki delapan jenis sedangkan Bali dua jenis, seluruhnya merupakan jenis yang juga terdistribusi di luar Jawa dan Bali sehingga tidak ada jenis yang endemik. ......Athyrium is a large genus in the Athyriaceae with 160-220 species that most of it are concentrated in the eastern Asia. Java is known to have eight species and two species from Bali, which relationship between them has not being evaluated. A molecular phylogenetic study was conducted using five chloroplast markers with 78 samples, 22 of it were newly generated. A phenetic study was carried, focused to elucidate the relationship within Athyrium nigripes based on morphological similarity. The name has been inconsistently applied to various form of bi- and tripinnate Athyrium. The analyzes show that A.nigripes of Java and Bali nested in different clade with sample from China, which prove the misapplication of the name to Chinese plants. A. pulcherrimum is closely related to A. nigripes, but here is treated as one as the differences between the two is scanty. A. erythropodum and A. nitidulum nest in different clades and are confirmed as separate species. Characters useful to differentiate species in a looked-a-likes gathering are hairs on rachis and pinna rachis, and the spine-like protuberance on the adaxial side of leaf axis. Both A. atratum and A. puncticaule are also segregated as separate species. It is now confirmed that Java has eight species and Bali has two, and none of the are endemic.

Abstrak :
Bacopa sp. merupakan genus tanaman air yang umumnya digunakan sebagai tanaman hias akuarium. Sekitar 60 spesies Bacopa tersebar di seluruh dunia. Namun, data molekuler dan analisis filogenetik terhadap spesies-spesies tersebut masih sangat terbatas. Studi ini dilakukan untuk mengidentifikasi tujuh spesies Bacopa menggunakan penanda molekuler dan mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies melalui nilai jarak genetik. Sebanyak tujuh spesies Bacopa diamati secara morfologi dan diidentifikasi secara molekuler menggunakan sekuens rbcL melalui metode DNA Barcoding dan RAPD marker. Hasil amplifikasi DNA Bacopa sp. divisualisasikan pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,5% (rbcL) dan 2% (RAPD marker). Data yang didapatkan kemudian diolah menggunakan aplikasi MEGA (rbcL) dan NTSys (RAPD marker) untuk diketahui hubungan kekerabatannya. Amplifikasi tujuh spesies Bacopa sp. menggunakan rbcL menghasilkan tujuh amplikon yang berukuran sekitar 600 bp. Selain itu, amplifikasi menggunakan delapan primer RAPD juga berhasil dilakukan pada lima spesies Bacopa sp. dan menunjukkan tingkat polimorfisme sebesar 100%. Bacopa rotundifolia dan B. myriophylloides tidak berhasil diamplifikasi oleh delapan primer RAPD karena ketidakcocokan cetakan DNA dengan primer. Analisis filogenetik berdasarkan sekuens rbcL menggunakan metode UPGMA menunjukkan bahwa tujuh spesies Bacopa memiliki rentang jarak genetik 0,000—0,024, sedangkan berdasarkan RAPD, tujuh spesies Bacopa memiliki rentang jarak genetik 0,000—0,625. Identifikasi menggunakan sekuens rbcL lebih dianjurkan karena hasil RAPD sulit untuk diinterpretasikan dan dapat menimbulkan salah tafsir. ......Bacopa sp. is a genus of aquatic plants commonly used as aquarium ornamental plants. About 60 species of Bacopa are distributed throughout the world. However, data on molecular identification and phylogenetic analysis of this species are still limited. This study was conducted to identify seven species of Bacopa using molecular markers and determine the relationship among species through the value of genetic distance. A total of seven species of Bacopa were observed morphologically and identified molecularly using rbcL sequences through DNA barcoding and RAPD marker methods. The results of Bacopa DNA amplification were visualized on agarose gel with a concentration of 1.5% (rbcL) and 2% (RAPD marker). The data obtained then processed using the MEGA (rbcL) and NTSys (RAPD marker) applications to determine the relationship among them. Amplification of seven species Bacopa sp. using rbcL resulted in an amplicon measuring about 600 bp. In addition, amplification using eight RAPD primers was also successfully carried out on five species of Bacopa and showed a polymorphism rate of 100%. Bacopa rotundifolia and B. myriophylloides were not successfully amplified by eight RAPD primers due to a mismatch of DNA templates with primers. Phylogenetic analysis based on rbcL sequences using the UPGMA method showed that seven Bacopa species had a genetic distance range of 0.000-0.024, while based on RAPD, seven Bacopa species had a genetic distance range of 0.000-0.625. Identification using the rbcL sequence is recommended because RAPD results are difficult to interpret and can lead to misinterpretation.

Abstrak :
Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus oryzae Went dan Prinsen Geerligs yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter fenotipik (morfologi dan fisiologi). Tujuan penelitian adalah melakukan re-identifikasi lima strain R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, dan UICC 135) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik untuk memperoleh identitas spesies yang akurat. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS 5 dan primer reverse ITS 4. Data sequence dikirim ke database DNA GenBank untuk pencarian homologi dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor Joining, model dua parameter Kimura, dan nilai bootstrap 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi dan pengujian kemampuan tumbuh pada variasi suhu dilakukan untuk mendukung hasil re-identifikasi dan melengkapi deskripsi strain masing-masing. Hasil amplifikasi daerah ITS rDNA menunjukkan bahwa kelima strain R. oryzae UICC memiliki panjang fragmen dengan ukuran 600--700 pb. Hasil pencarian homologi BLAST menunjukkan bahwa kelima strain memiliki homologi 99,8% terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa kelima strain berada dalam satu grup yang monofiletik dengan strain tipe R. oryzae CBS 112.07T dan strain-strain R. oryzae dari database DNA GenBank, dengan dukungan nilai bootstrap yang tinggi (84%). Re-identifikasi lima strain R. oryzae UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang sama, yaitu sebagai R. oryzae, dan didukung oleh karakter morfologi dan fisiologi. ...... Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus oryzae Went and Prinsen Geerligs strains, which were isolated from tempeh. These strains were identified based on phenotypic characters (morphology and physiology). The aim of this study was to re-identify five strains of R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and UICC 135), based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA sequence data to obtain accurate identification at species level. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set, forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank DNA database for homology search using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method, Kimura's two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of the five strains based on morphology and growth ability at temperature variations were carried out to support the description of each strain. Amplification result showed that the strains have fragment length of ITS region of rDNA about 600--700 bp. Results of BLAST homology search of the strains showed a very high similarity (99.8%) to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that the five strains were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and other R. oryzae strains from GenBank DNA database, and supported by high bootstrap value (84%). Re-identification of five strains of R. oryzae UICC based on molecular method showed that they were identified as R. oryzae, similar to previous identification, and supported by morphological and physiological characterization.

Abstrak :
Universitas Indonesia Culture Collection UICC memiliki koleksi Rhizopus spp. yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Tujuan penelitian adalah re-identifikasi lima strain R. oligosporus koleksi UICC UICC 27, UICC 40, UICC 51, UICC 67, dan UICC 116 berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers rDNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA menggunakan pasangan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Data sequence daerah ITS rDNA Rhizopus koleksi UICC dikirim ke database GenBank untuk pencarian homologi BLAST terhadap spesies terdekat dengan pembatasan pencarian hanya pada type material. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode neighbor joining dengan model evolusi dua parameter Kimura, serta bootstrapping dilakukan sebanyak 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi makroskopik dan mikroskopik dan fisiologi pertumbuhan pada variasi suhu dilakukan untuk menunjang hasil identifikasi molekuler. Hasil elektroforesis gel produk PCR daerah ITS rDNA menunjukkan kelima strain memiliki ukuran fragmen ITS rDNA pada kisaran 500--700 pb, dan hasil sequencing lengkap daerah ITS rDNA kelima strain menunjukkan panjang berkisar antara 655--658 pb. Hasil BLAST menunjukkan strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 memiliki homologi 99,2 ; sedangkan strain UICC 116 memiliki homologi 99,8 terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Berdasarkan konsep spesies filogenetik, strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 dapat diidentifikasi sebagai R. delemar karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, dengan dukungan nilai bootstrap 90 ; sedangkan strain UICC 116 diidentifikasi sebagai R. oryzae karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T , dengan dukungan nilai bootstrap 82 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua spesies tidak dapat dibedakan secara morfologi, kelima strain menunjukkan karakter morfologi yang sesuai dengan R. oryzae. Namun demikian, terdapat perbedaan karakter fisiologi antara R. oryzae dan R. delemar, yaitu pertumbuhan pada variasi suhu. ...... Universitas Indonesia Culture Collection UICC has strains collection of Rhizopus spp. which were isolated from tempeh and identified based on phenotypic characters morphology and physiology . The aim of this study was to re identify five strains of R. oligosporus UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and the UICC 135 , based on internal transcribed spacers region of ribosomal DNA sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank for homology search using basic local alignment search tool BLAST program, restricted only to type materials. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method with Kimura's two parameter evolution model and bootstrapping with 1,000 replicates. Characterization of morphological and physiological growth at variation of temperature data was carried out to support molecular identification results. Gel electrophoresis showed that five strains have fragment length of ITS region of rDNA, about 500 700 bp. Full sequence data of ITS rDNA of five strains showed the length of their ITS rDNA was ranged 655 658 bp. BLAST homology search results showed that UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 strain have similarity 99,2 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T, whilst UICC 116 strain showed a higher similarity 99,8 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T. Based on phylogenetic species concept, four strains UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 were identified as R. delemar. They were clustered with the type strain of R. delemar CBS 120.12T in a monophyletic group, and supported by 90 bootstrap value. Another one strain UICC 116 was identified as R. oryzae. It was clustered with the type strain of R. oryzae CBS 112.07T in a monophyletic group and supported by 82 bootstrap value. Morphological characterization results indicated that the two species are indistinguishable and they showed morphological characters that correspond to R. oryzae. However, the physiological characters i.e. growth at temperature variations differ between of R. delemar and R. oryzae.

Abstrak :
Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online. Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA. viii + 70 hlm.; lamp. Bibliografi: 12 (2002-2008)