Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus dengue dengan empat serotipenya yaitu DENV-1, 2, 3, dan 4. Untuk mengurangi terjadinya penyakit dengue dari keempat serotipe yang ada, maka perlu dirancang vaksin peptida yang bersifat tetravalen dan mencegah infeksi semua serotipe dengue menggunakan protein E (envelope) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope sel T protein E DENV1-4 menggunakan server MULTIPRED dengan HLA kelas II DR dan algoritma Hidden Markov Model (HMM), dan prediksi epitope sel B protein E DENV-3 menggunakan Conformational Epitope Prediction (CEP) server. Perancangan vaksin dilakukan dengan mensubstitusikan epitope sel T highest binders protein E DENV-1,2, dan 4 ke dalam epitope sel T non binders backbone protein E DENV-3. Dengan memvariasi posisi epitope pensubstitusi maka diperoleh enam rancangan vaksin peptida dengue yang bersifat tetravalen. Hasil BLASTp menunjukkan keenam rancangan vaksin mempunyai 93% identity dengan protein E DENV-3 native. Struktur tersier vaksin diprediksi melalui homology modeling. Dari hasil analisis struktur tersier diperoleh empat rancangan vaksin yang terbaik, yaitu HMM1-2-4, HMM1-4-2, HMM2-1-4, dan HMM4-1-2 dengan persentase residu non glisin pada disallowed region berkisar 2% dan score VAST 61,5. Prediksi sistem ekspresi protein menghasilkan sel serangga sebagai host yang sesuai untuk mengekspresikan keempat vaksin tersebut. Rancangan DNA rekombinan menggunakan plasmid pBlueBac4.5 sebagai vektor transfer baculovirus dan insersi sekuens DNA vaksin menggunakan enzim restriksi BamH1 dan EcoR1. Prediksi modifikasi post translation menunjukkan hanya modifikasi N-glikosilasi yang paling mungkin terjadi terhadap protein vaksin dalam sel serangga."

"Penyakit demam berdarah dengue (DBD) merupakan penyakit yang menjadi problem utama kesehatan masyarakat karena sifatnya yang epidemik di daerah tropis dan subtropis. Penyakit demam berdarah dengue disebabkan oleh virus dengue yang memiliki 4 (empat) serotype yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Untuk mengurangi kasus penyakit demam berdarah dengue, maka perlu dilakukan perancangan vaksin peptida yang bersifat tetravalen. Protein E (envelope) dari keempat serotype DENV digunakan untuk merancang vaksin dengan backbone DENV-2. Epitop T cell diprediksi menggunakan metode algoritma Artificial Neural Network. Epitop T cell highest binder protein E DENV-1, DENV-3, DENV-4 disubsitusikan ke dalam epitop T cell pada sekuens protein E DENV-2 backbone. Rancangan sekuens protein vaksin yang dihasilkan dibandingkan dengan database. Struktur tersier vaksin diprediksi dengan homology modeling menggunakan First Approach Mode dan Optimise Mode. Struktur tersier dibandingan dengan database. Pemilihan host, vektor plasmid, dan enzim restriksi dilakukan untuk membuat rekombinan vaksin peptida melalui perancangan plasmid rekombinan dan analisis modifikasi post translasi. Hasil penelitian in silico didapatkan enam sekuens vaksin yang memiliki 93 % identity. Struktur tersier vaksin peptida memiliki kualitas yang baik, ditunjukkan dengan jumlah residu non glisin pada dissallowed region dari Ramachandran plot sekitar 1,8 % (lebih kecil 15 %). Vaksin peptida ANN1 (1-3-4) dan ANN3 (3-1-4) memiliki similaritas paling tinggi dengan VAST score 64,7 dan nilai RMSD 0,2 Å hasil homology modeling dengan First Approach Mode. Host untuk ekspresi vaksin peptida dengue yang paling sesuai adalah sel serangga. Plasmid rekombinan dihasilkan menggunakan vektor plasmid pBacPAK8 dan enzim restriksi EcoRI dan XhoI. Prediksi modifikasi post translasi pada protein vaksin yang paling memungkinkan adalah N-glikosilasi."