Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Infertilitas merupakan ketidakmampuan pasangan suami istri dalam memeroleh keturunan selama rentang waktu satu tahun tanpa adanya hal yang menghalangi fertilisasi. Infertilitas dapat diatasi dengan ART, yang salah satunya ialah prosedur FIV. Dalam penelitian ini, ingin diketahui hubungan antara ekspresi gen LHR di sel granulosa dengan rasio keberhasilan fertilisasi. Rasio ekspresi gen LHR diestimasi dengan metode qRT-PCR. Hasil analisis pada 30 sampel, hanya 20 sampel yang berhasil di ketahui rasio ekspresi LHRnya. Ditemukan korelasi negatif tak bermakna (r=-0,174, p=0,463) antara gen LHR dengan rasio keberhasilan fertilisasi. Dari analisis statistik deskriptif, didapatkan rerata kelompok rasio fertilisasi rendah 2,01±1,51(arbitary unit), kelompok rasio fertilisasi sedang 5,69±7,02 (arbitary unit), kelompok rasio fertilisasi tinggi 3,93±4,90 (arbitary unit). Perlu dilakukan analisis terhadap ekspresi reseptor lain yang berkaitan dengan perkembangan dan pematangan oosit untuk mendapatkan pengetahuan yang lebih komprehensif.

---

ABSTRACT
Infertility can be defined as the inability of the couple to achive a pregnancy over within one year of regular unprotected intercourse. Infetility can be overcome by ART, which one of them is IVF procedures. In this study, we want to know the relationship between LHR gene expression in granulosa cells with fertilization rate. LHR gene expression ratios was estimated by qRT - PCR. There are only 20 of 30 samples were successful to express LHR gene. Statistical analysis shown a very weak negative correlation between LHR genes expression and fertilization rate (r = -0.174, p=0.463). From the descriptive statistical analysis, the group which obtained a lowest mean ratio is low fertilization rate group (2.01±1.51 arbitrary units), the highest expression of LHR is medium fertilization rate group (5.69±7.02 arbitary units), and the high fertilization rate group express LHR gene 3.93 ± 4.90 arbitrary units. Futher analysis on another gene which contributes in follicular development is needed to get comprehensive knowledge about oocyte maturation.

Abstrak :
Virus Zika (ZIKV), dengue (DENV), dan chikungunya (CHIKV) menyebabkan penyakit Zika, dengue, dan chikungunya yang memiliki gejala klinis yang mirip sehingga rentan terhadap kesalahan diagnosis di daerah di mana virus-virus tersebut ditemukan secara simultan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari tingkat kerentanan dan respon peripheral blood mononuclear cell (PBMC) manusia yang direfleksikan dari titer virus, kuantitas RNA virus, serta ekspresi gen sitokin kemokin yang dipicu oleh infeksi ZIKV, DENV, dan CHIKV secara in vitro. PBMC dipisahkan dari darah donor yang sehat. Setelah periode adaptasi dalam kultur sel, PBMC diinfeksi dengan ZIKV, DENV, dan CHIKV kemudian diinkubasi selama 48 jam. Metode plaque assay dan qRT-PCR dilakukan untuk menentukan titer virus hidup dan kuantitas RNA virus dalam sistem. Ekspresi gen TNF-a, IL-10, dan IP-10 diukur dengan metode qPCR yang dikalkulasi menggunakan metode 2-AACT. Titer virus hidup dan RNA virus intraseluler dari PBMC yang terinfeksi DENV secara signifikan lebih rendah dibandingkan dengan ZIKV dan CHIKV (p 0,01). Sementara itu, RNA ZIKV intra- dan ekstra-seluler memiliki kuantitas yang tertinggi (p 0,01). Ekspresi gen sitokin TNF-a meningkat pada semua PBMC yang terinfeksi arbovirus, namun tidak terdapat perbedaan yang signifikan antar virus. Ekspresi gen sitokin IL-10 mengalami penurunan yang signifikan pada PBMC yang terinfeksi DENV sebesar 0,52 0,29 kali relatif terhadap PBMC tak terinfeksi. Di sisi lain, terdapat peningkatan ekspresi gen kemokin IP-10 pada PBMC yang terinfeksi DENV sebesar 107,80 54,88 kali relatif terhadap PBMC tak terinfeksi. Profil ekspresi gen sitokin kemokin dari PBMC yang terinfeksi DENV menunjukan respon inflamasi yang paling tinggi dibandingkan dengan PBMC yang terinfeksi ZIKV dan CHIKV yang ditunjukan dari peningkatan ekspresi gen sitokin TNF-a dan kemokin IP-10 serta penurunan ekspresi gen sitokin IL-10. Analisis korelasi menunjukan bahwa terdapat korelasi negatif yang kuat dan signifikan antara respon inflamasi yang ditunjukan oleh PBMC dengan titer arbovirus hidup dan kuantitas RNA arbovirus yang menginfeksi PBMC. Penelitian ini merupakan studi pertama yang secara langsung membandingkan kerentanan dan profil sitokin kemokin dari PBMC yang terinfeksi ZIKV, DENV, dan CHIKV. Terbatasnya jumlah donor PBMC serta jenis sitokin/kemokin yang dianalisis merupakan keterbatasan utama penelitian ini. Oleh karena itu, dibutuhkan studi lebih lanjut yang dapat menganalisis profil sitokin/kemokin secara lengkap. Sehingga, pengetahuan mengenai profil tersebut dapat digunakan untuk pengembangan biomarker yang dapat membedakan antara infeksi ZIKV, DENV, dan CHIKV. ......The Zika (ZIKV), dengue (DENV), and chikungunya (CHIKV) viruses are the causative agent of Zika, dengue, and chikungunya diseases manifested as similar clinical symptoms which may lead to misdiagnosis in the area where these viruses simultaneously exist. This study aims to investigate the susceptibility and response of human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) reflected from the virus titer, viral RNA quantity, and cytokine chemokine genes expression against in vitro ZIKV, DENV, and CHIKV infections. PBMCs were isolated from the whole blood of healthy donors. Following the cell culture adaptation period, the PBMCs were infected with ZIKV, DENV, and CHIKV allowing exposure for 48 hours post-infection. The standard plaque assay method and qRT-PCR were performed to determine the viable virus titer and viral RNA quantity in the system, respectively. The relative gene expression of TNF-a, IL-10, and IP-10 was determined using qPCR employing the 2-AACT method. Both levels of viable virus and intracellular viral RNA quantity were significantly lower in DENV compared to ZIKV and CHIKV (p 0,01). Meanwhile, ZIKV RNA quantity was the highest in intra- and extra-cellular (p<0,01). The TNF-a cytokine gene was up-regulated in all virus-infected PBMCs, but there was no significant difference among them. The IL-10 cytokine gene expression was down-regulated to 0,52 0,29 times relative to the uninfected PBMC in DENV-infected PBMCs. On the other hand, the IP-10 chemokine gene expression was up-regulated to 107,80 54,88 times relative to the uninfected PBMC in ZIKV-infected PBMCs. The cytokine/chemokine gene expression profile of DENV-infected PBMCs showed the most rigorous inflammation response compared to ZIKV- and CHIKV-infected PBMCs which reflected from the up-regulation of TNF-a cytokine gene and IP-10 chemokine gene also the down-regulation of IL-10 cytokine gene. Correlation analysis showed a strong and significant negative correlation between inflammation response from PBMC with viable arbovirus titer and arbovirus RNA quantity which infected the PBMC. Our study is the first study to directly compare the susceptibility and cytokine/chemokine profile of ZIKV-, DENV-, and CHIKV-infected PBMCs. The limitation of our study including the number of PBMCs donor and the incomplete set of cytokine/chemokine which was examined. Therefore, further investigation is needed to obtain the complete cytokine chemokine profile. Thus, these profiles can be used for the development of biomarkers which can distinguish between ZIKV, DENV, and CHIKV infection.

Abstrak :
ABSTRACT
Kering alur sadap (KAS) merupakan salah satu penyakit fisiologis utama yang menyerang tanaman karet. Salah satu cara untuk mengatasi permasalahan tersebut adalah dengan mengembangkan marka DNA terkait KAS untuk seleksi klona karet toleran KAS. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Putranto in prep., terdapat primer marka ekspresi dari genom Hevea brasiliensis yang diduga terkait dengan KAS. Primer HbMQ1, HbMQ2, HbMQ3, HbMQ4, dan HbMQ5 dipilih karena primer tersebut mentarget gen terkait etilen (HbERFs) yang berperan dalam ketahanan terhadap KAS yaitu HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14. Tujuan dari dilakukannya penelitian ini adalah mengetahui profil hasil ekspresi HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14 pada dua klona tanaman karet (PB 260 dan PR 300) serta mendesain primer untuk marka DNA yang digunakan dalam deteksi penyakit KAS. Hasil ekspresi kelima gen yang didapatkan dari hasil real-time qRT-PCR dengan kelima primer tersebut, dijadikan pertimbangan untuk kandidat marka DNA. Selanjutnya, marka DNA didesain secara in silico. Secara umum, hasil profil regulasi ekspresi menunjukkan bahwa kelima gen tersebut teregulasi positif pada tanaman karet yang terserang KAS pada kedua klona pohon karet (PB 260 dan PR 300) dan kelima gen teregulasi negatif pada tanaman yang terjangkit JAP pada kedua klona, kecuali gen HbERF-VIIa12. Oleh karena itu, gen HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14 berpotensi dikembangkan sebagai marka DNA. Profil regulasi ekspresi gen HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14 menunjukkan gen-gen tersebut merupakan marka ekspresi dari tanaman karet yang terserang KAS dan telah berhasil dikembangkan sebagai marka DNA di tingkat in silico.

---

ABSTRACT
Tapping panel dryness (TPD) is the main physiological disease attacking rubber tree clones. To overcome the problem, the development of rubber tree clones tolerant to TPD is important. The breeding programs can now be accelerated by developing molecular markers. Based on the research conducted by Putranto in prep., there are expression markers primers from the Hevea brasiliensis genome related to tapping panel dryness (TPD). The primer of HbMQ1, HbMQ2, HbMQ3, HbMQ4, and HbMQ5 were chosen because the primers had ethylene-related target genes (HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13 and HbERF-VIIIa14) that are suspected to play a role in TPD response. The purpose of this study was to determine the profile expression of HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13 HbERF-VIIIa14 from two clones of rubber plants (PB 260 and PR 300) and to design primers for DNA markers to be used in the detection of TPD disease. The expression profile of the five genes obtained from real-time qRT-PCR results, will be taken into consideration for candidate DNA markers. Next, DNA markers are in silico designed. In general, the results of expression regulation profile showed that the five genes were up-regulated in TPD-affected rubber trees in both clones. The five gene expression regulation profiles were also down-regulated in both WRR-infected rubberclones, except for the HbERF-VIIa12 gene. Therefore, the HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13 and HbERF-VIIIa14 genes have the potential to be developed as DNA markers. The expression ratio of HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13, and HbERF-VIIIa14 showed that these genes are expression markers of rubber plants that have TPD and have been successfully developed as DNA markers at the in silico level.