Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Genes related to starch synthesis and the metabolism contribute to a variety of physicochemical properties thatdetermine the eating/cooking qualities of rice. Our previous study suggested that a set of molecular markers was able toestimate the eating quality of japonica rice. The present study reports the genetic diversity of 22 japonica rice varietiesbased on markers corresponding to starch synthesizing genes. The mean of the polymorphic information content (PIC:0.135) value and the diversity index (0.171) indicated a low genetic diversity in these varieties. The phylogenetic treeclearly demonstrated three main clusters: 1) cluster I contained seven varieties with similar physicochemical properties;2) cluster II only showed a Japanese variety, Koshihikari, and 3) cluster III included the most Korean varieties (14varieties). This phylogenetic analysis did not completely represent the physicochemical properties differentiation of thejaponica varieties, although it did reveal an initial clue to the close relationship between Korean rice and the Japaneseand Chinese varieties. Notably, these markers were also able to identify a premium japonica rice. The molecularmarkers and information concerning the genetic relationship would be useful in improving the japonica rice along withits starch quality of in breeding program.Keragaman Genetik Padi Japonica berdasarkan Marka terkait Gen Sintesis Pati. Gen terkait sintesis danmetabolism pati berkontribusi pada berbagai sifat fisiko-kimia yang menentukan mutu rasa dan hasil masak (cooking)beras. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa satu set marka molekuler mampu memprediksi mutu rasa berasjaponica. Pada studi ini dilaporka keragaman genetik 22 varietas padi japonica berdasarkan marka untuk gen-genpensintesis pati. Rata-rata nilai polymorphic information content (PIC:0,135) dan indeks keragaman (0,171)menunjukkan keragaman genetik yang rendah dalam varietas padi ini. Pohon filogenetik menunjukkan tiga kelompokutama yang dibentuk: 1) klaster I terdiri dari tujuh varietas dengan sifat fisikokimia yang mirip; 2) klaster II hanyaterdiri dari verietas premium Jepang, Koshihikari, dan 3) klaster III mengelompokkan sebagian besar varietas Korea (14varietas). Analisis filogenetik ini belum sepenuhnya menggambarkan diferensiasi varietas japonica berdasarkan sifatfisiko-kimia, namun hasil ini mengungkapkan petunjuk awal korelasi yang erat antara padi Korea dengan varietasJepang dan Cina. Marka-marka tersebut juga mampu mengidentifikasi beras premium japonica. Marka molekuler daninformasi kekerabatan genetik ini akan berguna dalam membantu mengembangkan padi japonica terkait dengan mutupati dalam program pemuliaan"

"Bacterial leaf blight (BLB) is one of the major diseases in rice caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae. This studyaimed to identify and analyze the genetic diversity of 18 BLB isolates that consist of 7 races and 11 haplotypes fromvarious locations in Indonesia. The genetic diversity analysis was conducted on the basis of the VNTR (VariableNumber of Tandem Repeat) markers and the avrxa7 gene marker. The banding pattern of the amplification product wasmade into binary data as input for the construction of a dendogram. Based on the dendogram, three X. oryzae pv. oryzaegenotype groups with different virulence levels were formed. The VII (IXO80_021) race of X. oryzae pv. oryzaegenotype group I and the VIII-A (IXO 80_024) race of genotype group II were avirulent, whereas the races andhaplotypes of genotype group III were virulent.Keragaman Genetik Core Collection Isolat Bacterial Leaf Blight (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) Indonesiaberdasarkan Marka Molekular VNTR dan avrXa7. Bacterial leaf blight (BLB) adalah salah satu penyakit utama padiyang disebabkan oleh bakteri pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasidan menganalisis keragaman genetik 18 isolat isolates yang terdiri dari 7 ras dan 11 haplotipe yang berasal daribeberapa lokasi koleksi di Indonesia. Analisis keragaman genetik dilakukan menggunakan marka VNTR (VariableNumber of Tandem Repeat) dan marka gen avrxa7. Pola pita DNA hasil amplifikasi digunakan sebagai data input bineruntuk membuat dendogram keragaman. Berdasarkan dendogram tersebut, terdapat tiga kelompok genotipe X. oryzaepv. oryzae dengan tingkat virulensi yang berbeda. Ras VII (IXO80_021) yang termasuk dalam kelompok I dan RasVIII-A (IXO 80_024) yang termasuk dalam kelompok II merupakan ras BLB yang tidak virulen. Sedangkan kelompokIII merupakan kelompok ras dan haplotipe yang bersifat virulen."

"The diversity of wild banana species (genus Musa, listed in Flora of Java) has been revised. The present taxonomicstudy is based on morphological characteristics observed in the herbarium specimens deposited at the HerbariumBogoriense (BO), living collections in the Bogor Botanical Garden, the Cibodas Botanical Garden, and during theexplorations done at Mt. Salak, West Java. Eight species of Musa (Musa acuminata, M. balbisiana, M. coccinea, M.ornata, M. salaccensis, M. sanguinea, M. textilis and M. velutina) and seven infraspecific taxa of M. acuminata arerecognized in Java, of which two infraspecific taxa are endemic. West Java is the center of distribution for the wildbanana species in Java. Taxonomic descriptions including an identification key are presented.Keanekaragaman Pisang-pisang Liar (Marga Musa) di Jawa. Studi keanekaragaman jenis pisang-pisang liar (margaMusa) di Jawa dilakukan untuk memperbarui informasi dalam buku Flora of Java. Studi taksonomi ini dilakukanberdasarkan karakter morfologi dari spesimen yang berasal dari herbarium Bogoriense (BO), koleksi pisang liar diKebun Raya Bogor, Kebun Raya Cibodas, dan hasil eksplorasi yang dilakukan di Gunung Salak, Jawa Barat. Sebanyakdelapan jenis Musa (Musa acuminata, M. balbisiana, M. coccinea, M. ornata, M. salaccensis, M. sanguinea, M. textilisdan M. velutina) dan tujuh infraspesifik taksa dari M. acuminata ditemukan di Jawa, dua diantaranya merupakan taksaendemik. Jawa Barat merupakan pusat keanekaragaman pisang-pisang liar di Jawa. Deskripsi taksonomi dan kunciidentifikasi disajikan dalam tulisan ini."

"The explosive sensitivity upon the formation of supramolecular interaction between the nitro group of 3-nitro-1,2,4-triazol-5-one (NTO) and metal ions (Mn+ = Li+, Na+, Be2+ and Mg2+) has been investigated using Density FunctionalTheory at B3LYP/6-311++G** level of theory. The bond dissociation energy (BDE) of the C1?N6 trigger bond hasalso been discussed for the NTO monomer and the corresponding complexes. The interaction and bond dissociationenergy of the C6?N7 trigger bond follow the order of NTO-Be2+ > NTO-Mg2+ > NTO-Li+ > NTO-Na+ > NTOmonomer. The enhancement of the trigger bond dissociation energy in comparison with the NTO monomer correlateswell with the complex interaction energies, trigger bond length, and charge transfer. The analyses of electron densityshifts have shown that the electron density of the nitro group shifts toward the C1?N6 trigger bond upon the formationof the supramolecular interaction. As result, the trigger bond is strengthened and the sensitivity of NTO is reduced.Some of the calculated results agree with the experimental values.Sensitivitas Peledak Akibat Pembentukan Kompleks 3-Nitro-1,2,4-Triazol-5-One dan Ion Logam berdasarkanTeori Fungsional Kerapatan. Sensitivitas peledak yang terbentuk dari interaksi supramolekuler senyawa 3-nitro-1,2,4-triazol-5-one (NTO) dan ion logam (Mn+ = Li+, Na+, Be2+ and Mg2+) telah dipelajari menggunakan TeoriFungsional Kerapatan pada tingkatan teori B3LYP/6-311++G**. Energi pemutusan ikatan pada ikatan pemicu ledakan(C1-C6) juga telah dipelajari untuk monomer NTO dan senyawa kompleksnya. Energi ikat dan energi pemutusan ikatanmengikuti urutan: NTO-Be2+ > NTO-Mg2+ > NTO-Li+ > NTO-Na+ > monomer NTO. Peningkatan energi pemutusanikatan berbanding lurus dengan energi ikat, panjang ikatan pemicu ledakan dan transfer muatan. Analisis perubahankerapatan elektron menunjukkan bahwa kerapatan elektron gugus nitro berpindah pada ikatan C1-N6 ketika kompleksterbentuk. Hal ini menyebabkan ikatan pemicu ledakan menjadi semakin kuat sehingga sensitivitas NTO menjadiberkurang. Hasil kajian teoritis ini sesuai dengan hasil kajian eksperiemen."

"This research aims i) to determine the density profile and calculate the ground state energy of a quantum dot in twodimensions (2D) with a harmonic oscillator potential using orbital-free density functional theory, and ii) tounderstand the effect of the harmonic oscillator potential strength on the electron density profiles in the quantum dot.This study determines the total energy functional of the quantum dot that is a functional of the density that depends onlyon spatial variables. The total energy functional consists of three terms. The first term is the kinetic energy functional,which is the Thomas?Fermi approximation in this case. The second term is the external potential. The harmonicoscillator potential is used in this study. The last term is the electron?electron interactions described by the Coulombinteraction. The functional is formally solved to obtain the electron density as a function of spatial variables. Thisequation cannot be solved analytically, and thus a numerical method is used to determine the profile of the electrondensity. Using the electron density profiles, the ground state energy of the quantum dot in 2D can be calculated. Theground state energies obtained are 2.464, 22.26, 90.1957, 252.437, and 496.658 au for 2, 6, 12, 20, and 56 electrons,respectively. The highest electron density is localized close to the middle of the quantum dot. The density profilesdecrease with the increasing distance, and the lowest density is at the edge of the quantum dot. Generally, increasing theharmonic oscillator potential strength reduces the density profiles around the center of the quantum dot.Profil Kerapatan, Energi, dan Kuat Osilasi sebuah Kuantum Dot dalam Dua Dimensi dengan sebuah PotensialEksternal Osilator Harmonik menggunakan Fungsional Energi Bebas-orbital berdasarkan Teori Thomas?Fermi. Tujuan dari penelitian ini adalah: i) menentukan profil kerapatan dan menghitung energi keadaan dasar sebuahkuantum dot dalam dua dimensi (2D) dengan sebuah potensial osilator harmonik menggunakan teori fungsionalkerapatan bebas-orbital, dan ii) memahami efek dari kekuatan potensial osilator harmonik terhadap kerapatan elektrondalam kuantum dot. Penelitian ini menentukan fungsional energi total kuantum dot yang merupakan fungsional darikerapatan dan hanya bergantung pada variabel posisi. Fungsional energi total terdiri dari tiga suku. Suku pertama adalahfungsional energi kinetik yang dalam hal ini digunakan pendekatan Thomas?Fermi. Suku kedua adalah potensialeksternal. Dalam penelitian ini, potensial osilator harmonik yang digunakan. Suku terakhir adalah interaksi elektron?elektron yang dideskripsikan oleh interaksi Coulomb. Fungsional ini secara formal ditentukan solusinya untukmemperoleh kerapatan elektron sebagai fungsi posisi. Persamaan ini tidak dapat diselesaikan secara analitik, olehkarenanya, sebuah metode numerik digunakan untuk menentukan profil kerapatan elektron. Menggunakan profilkerapatan elektron yang diperoleh, energi keadaan dasar kuantum dot dalam 2D dapat dihitung. Nilai-nilai energikeadaan dasar yang diperoleh adalah 2,464; 22,26; 90,1957; 252,437; dan 496.658 au untuk masing-masing jumlahelektron 2, 6, 12, 20, dan 56. Kerapatan elektron tertinggi terlokalisasi pada bagian tengah kuantum dot. Profilkerapatan berkurang dengan bertambahnya jarak, dan kerapatan terendah berada pada ujung kuantum dot. Secaraumum, meningkatkan kuat osilasi akan menurunkan profil kerapatan elektron di sekitar bagian tengah kuantum dot."

"Jatropha is one of the many biodiesel plants developed in tropical countries. Efforts to increase its productivity can be done using various methods of breeding. One of the breeding methods is the introduction of genes into the Jatropha plant. The aim of this study is to assess the success of genetic transformation using the Inhibitor of Meristem Activity (IMA) gene in Jatropha curcas. The research procedures included inoculation of explants with Agrobacterium tumefaciens, callus induction, screening test of selection media, regeneration, and gene expression analysis using Polymerase Chain Reaction (PCR). IMA is one of the genes that controls flowering genes and ovule development. It was first isolated from tomato plants and has been successfully overexpressed in these plants using the Cauliflower Mosaic Virus (CaMV) 35S promoter. In this experiment, plant transformation was performed on J. curcas as the target. Explant callus formation in both the control and treated samples was good, but shoot formation decreased dramatically in the treated explants. PCR analysis indicated that IMA genes can be inserted into J. curcas with the size of the IMA gene is 500 bp.

---

Transformasi Gen Inhibitor of Meristem Activity ke Tanaman Jatropha curcas L. Jarak Pagar merupakan salah satu tanaman penghasil biodiesel yang banyak dikembangkan di beberapa negara tropis. Usaha peningkatan produktivitasnya terus ditingkatkan dengan berbagai metode pemuliaan. Salah satu metode pemuliaan tersebut adalah dengan menyisipkan gen-gen yang unggul ke tanaman Jarak Pagar. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat keberhasilan transformasi genetik yang menggunakan gen IMA (Inhibitory Meristem Activity) ke dalam tanaman Jatropha curcas L. Tahapan penelitian meliputi inokulasi eksplan dengan Agrobacterium tumefaciens, induksi kalus, seleksi, regenerasi, dan analisis ekspresi gen IMA dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Gen IMA merupakan salah satu gen yang dapat mengontrol pembungaan dan perkembangan ovul. Gen ini diisolasi pertama kali dari tanaman tomat dan peningkatan ekspresi telah berhasil dilakukan pada tanaman tomat itu sendiri menggunakan promoter 35S Cauliflower Mosaic Virus (CaMV). Pada percobaan ini dilakukan transformasi gen ke dalam tanaman target J. curcas. Pembentukan kalus pada menunjukkan hasil yang baik eksplan kontrol dan eksplan yang mengalami perlakuan, tetapi pada eksplan perlakuan hasil sangat menurun pada tahap pembentukan tunas. Analisis dengan PCR mengindikasikan bahwa gen IMA dapat disisipkan ke J. curcas dengan ukuran gen IMA sebesar 500 bp."

"Vinblastine and vincristine are secondary metabolites from Madagascar periwinkles that have a very high economicvalue as chemotherapy drugs. These compounds are naturally produced in a very low quantity in planta. One promisingalternative method for vinblastine and vincristine production is to use a treatment that can trigger plant stress responsein vitro. This study has been done to evaluate the effect of drought stress using polyethylene glycol (PEG) on vinblastineand vincristine production in the C. roseus callus culture, which were grown on medium Zenk supplemented with plantgrowth regulators (PGR) 1 μM NAA + 10 μM Kinetin to induce laticifer and idioblast differentiation. 13-week-old calluscultures were then treated with 0%, 6%, 9%, and 12% (w/v) PEG4000 each for 0, 24, 48, and 72 hours. Biochemical analysiswas performed using HPLC to determine the levels of vinblastine and vincristine, while the presence of differentiated cells(idioblasts and laticifers) was determined using a histochemical method. Protein profiles of the culture were determined bySDS-Page. The results showed that drought treatment with PEG4000, until the concentration was 12% (w/v), did notsignificantly affect the production of vinblastine and vincristine, but might affect terpenoid production. Histochemicalanalysis confirmed the presence of idioblasts, non-elongated laticifers, and laticifers that were producing and accumulatingterpenoids highest in the 12% PEG treatment. PEG treatments also did not change the protein profile of callus.Produksi Senyawa Viblastin dan Vincristin pada Kultur Kalus Tanaman Tapak Dara (Catharanthus roseus (L.) G.Don) dengan Pemberian Cekaman Menggunakan Polietilena Glikol (PEG). Vinblastin dan vincristine merupakansenyawa metabolit sekunder dari tanaman Tapak Dara yang memiliki nilai ekonomi tinggi sebagai obat kemoterapikanker. Kedua senyawa ini hanya diproduksi dalam jumlah yang sangat sedikit pada tumbuhan. Salah satu metodealternatif yang menjanjikan untuk meningkatkan produksinya adalah dengan pemberian cekaman pada kultur in vitro.Telah dilakukan penelitian dengan tujuan untuk menentukan pengaruh pemberian cekaman kekeringan menggunakanpolyethylene glycol (PEG) terhadap produksi senyawa vinblastin dan vincristine pada kultur agregat C. roseus yang ditanampada medium Zenk dengan penambahan zat pengatur tumbuh (ZPT) NAA 1 μM + Kinetin 10 μM untuk menginduksipembentukan kelenjar latisifer dan sel idioblas. Kalus yang berusia 13 minggu kemudian diberi perlakuan cekamankekeringan menggunakan PEG4000 0%, 6%, 9%, dan 12% (w/v) masing-masing selama 0, 24, 48, dan 72 jam. Analisisdilakukan secara histokimia untuk menguji keberadaan latisifer pada kalus dan biokimiawi untuk menentukan kadarvinblastin dan vincristine dengan menggunakan HPLC. Selain itu dilakukan pula analisis profil protein dengan SDSPage.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemberian cekaman kekeringan dengan menggunakan PEG4000 hinggakonsentrasi 12% (w/v) tidak berdampak signifikan terhadap produksi senyawa vinblastin dan vincristine namun didugaberdampak pada pembentukan senyawa terpenoid. Sel idioblas dan latisifer yang mengandung terpenoid dalam jumlahrelatif banyak ditemukan pada perlakuan PEG 12%. Perlakuan dengan PEG juga tidak berdampak pada perubahanprofil protein kalus. Analisis protein menunjukkan bahwa seluruh perlakuan memiliki profil protein yang sama."

"ABSTRACTHigh Annealing Temperature-Random Amplified Polymorphic DNA (HAT-RAPD) markers were used to study the genetic relationship among 15 samples of orchids in the genus Eria. DNA amplification of 31 random primers out of 72 random primers was successful. In this study, we selected 21 random primers with clear amplified products for further genetic analysis. The result showed significant differences among all samples and also showed specific bands in each sample. Moreover, we found 21 random primers which tended to be DNA markers for further identification. Based on polymorphic bands, a dendrogram was constructed. Genetic similarities among 15 samples of Eria species were demonstrated, and the samples could be classified into 3 groups with similarity coefficients ranging from 0.36 to 0.85."

"ABSTRAKHigh annealing temperature - random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) marker was used to identify and investigate the genetic relationship among 15 Paphiopedilum species of Venus slipper. The total of 72 primers was screened and 16 primers could be used for DNA amplification with clear amplified products to construct DNA fingerprints. The total of 248 polymorphic bands was found. A dendrogram, which constructed from the polymorphic bands using UPGMA by the NTSYS program, showed genetic similarities among 15 Paphiopedilum species with similarity coefficients ranging from 0.252 to 0.624. The orchids were classified into 3 clusters. These results indicated that the HAT-RAPD markers are capable to specify Paphiopedilum, and can be used in the breeding program and for genetic resource conservation in the future."