Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Pasien tuberkulosis (TB) paru rentan mengalami infeksi oportunistik, termasuk oleh Aspergillus (aspergilosis paru). Keberadaan Aspergillus dikonfirmasi dengan uji kultur. Uji kepekaan Aspergillus terhadap obat anti-jamur (OAJ) dilakukan untuk mengetahui pilihan OAJ yang tepat. Itrakonazol merupakan salah satu OAJ pilihan untuk aspergilosis paru. Resistensi OAJ dapat disertai gejala klinis yang luas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik klinis pasien dikaitkan dengan hasil uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol.Metode: Penelitian potong-lintang ini dilakukan pada Juli-November 2021 dan merupakan bagian dari penelitian sebelumnya. Isolasi Aspergillus dari sputum pasien TB paru dilakukan menggunakan medium agar Sabouraud. Karakteristik klinis yang diteliti meliputi usia, jenis kelamin, indeks massa tubuh (IMT), dan gejala. Adapun uji kepekaan jamur dilakukan dengan metode cakram sesuai protokol.Hasil: Penelitian ini menyertakan 28 isolat Aspergillus sp. yang berasal dari sputum 28 pasien TB paru. Jumlah pasien laki-laki lebih dominan (24 orang). Rerata usia 50 ± 15,1 tahun, dengan kelompok usia terbanyak < 60 tahun (21 pasien). Sebanyak 12 pasien (42,9%) memiliki IMT rendah. Gejala klinis yang didapatkan meliputi: batuk (42,9%), batuk darah (35,7%), sesak (39,3%), nyeri dada (14,3%), dan rasa lelah (35,7%). Kultur sputum menunjukkan pertumbuhan 28 isolat Aspergillus, terdiri atas: 14 isolat Aspergillus fumigatus, 6 isolat Aspergillus flavus, dan 8 isolat Aspergillus niger. Uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol menunjukkan 23 isolat sensitif, 3 isolat intermediat, dan 2 isolat resisten. Analisis statistik menunjukkan tidak terdapat hubungan bermakna antara karakteristik klinis pasien dengan hasil uji kepekaan jamur.Kesimpulan: Tidak terdapat hubungan bermakna antara karakteristik klinis pasien dengan hasil uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol dalam penelitian ini.

---

Introduction: Pulmonary tuberculosis (TB) patients are susceptible to opportunistic infections, including Aspergillus infections (aspergillosis). The presence of Aspergillus was confirmed by a culture test, followed by its susceptibility study to antifungal. Antifungal resistance is generally accompanied by serious symptoms, so clinical observations are important for better clinical awareness. This study aims to determine the relationship between clinical characteristics and susceptibility study of Aspergillus to itraconazole.

Method: This cross-sectional study was carried out from July-November 2021, as part of the previous study on aspergillosis in TB patients. Aspergillus was isolated from the sputum of pulmonary TB patients using Saboraud's agar dextrose medium. Clinical characteristics obtained through patient’s history including age, gender, body mass index, and symptoms The fungal susceptibility test was carried out by disc diffusion method according to the protocol after treatment.

Result: This study included 28 isolates of Aspergillus from the sputum of 28 pulmonary TB patients. The number of males were dominant (24 from 28 patients) than females. The mean age was 50 ± 15.1 years, with the commonest age group < 60 years (21 patients). Total of 12 patients (42.9%) had a low body mass index. Clinical symptoms included: cough (42.9%), hemoptysis (35.7%), dyspnea (39.3%), chest pain (14.3%), and fatigue (35.7%). %). The sputum culture showed 14 Aspergillus fumigatus isolates, 6 Aspergillus flavus isolates, and 8 Aspergillus niger. The susceptibility test of Aspergillus to itraconazole revealed 23 sensitive isolates, 3 intermediate isolates, and 2 resistant isolates. Statistical analysis showed that there was no relationship between the patient’s clinical characteristics and the antifungal susceptibility test of itraconazole.

Conclusion: There was no significant correlation between the patient’s clinical characteristics and the antifungal susceptibility test to itraconazole in this study"

"Latar belakang: Pasien kanker paru berpotensi mengalami infeksi oportunistik yang dapat memperburuk luaran klinis, bahkan kematian. Salah satu penyebab infeksi oportunistik itu adalah jamur Aspergillus sp. Diagnosis dini masih menjadi tantangan, tetapi sangat penting dilakukan agar tata laksana dapat dioptimalkan. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui korelasi klinis dengan hasil kultur jamur Aspergillus pada pasien kanker paru karsinoma bukan sel kecil (KPKBSK) di RSUP Persahabatan serta uji kepekaannya terhadap vorikonazol. Metode: Studi potong lintang ini dilakukan pada pasien KPKBSK yang memenuhi kriteria inklusi. Prosedur biakan jamur dari sputum induksi dilakukan pada medium Agar Sabouraud Dekstrosa (ASD) menggunakan metode high volume. Identifikasi spesies dilakukan dengan pemeriksaan mikroskopik, dilanjutkan dengan uji kepekaan Aspergillus menggunakan metode difusi cakram. Data klinis pasien diperoleh dari rekam medis. Hasil: Dari 70 pasien KPKBSK yang memenuhi kriteria inklusi, terdapat pasien laki-laki 61,4%, dengan rerata usia 59,83  9,18 tahun. Profil klinis lain menunjukkan jenis adenokarsinoma 74,3%, stadium lanjut kanker paru 78,6%, tampilan status 1 40%, perokok aktif 60%, dan indeks brinkman berat 31,4%. Gejala klinis berupa sesak napas 81,4%, nyeri dada 71,4%, berat badan turun 71,4%, batuk 45,7%, hemoptisis 28,6%, dan demam 8,6%. Riwayat komorbid berupa diabetes melitus 18,6%, bekas tuberkulosis 12,9%, dan asma/penyakit paru obstruktif kronik 1,4%. Proporsi Aspergillus yang diisolasi dari sputum induksi didapatkan pada 43 pasien (61,4%), dengan 67 isolat. Distribusi spesies Aspergillus terdiri atas Aspergillus niger 22,1%, Aspergillus fumigatus 17,9%, dan Aspergillus flavus 7,9%. Analisis statistik menunjukkan terdapat hubungan bermakna antara jenis kelamin laki-laki, gejala klinis batuk dan demam dengan hasil kultur Aspergillus (p<0.05). Uji kepekaan 59 isolat Aspergillus sp. terhadap vorikonazol menunjukkan hasil sensitif 57,6%, intermediet 34,6%, dan resisten 19,3%. Simpulan: Pada penelitian ini terdapat hubungan bermakna antara jenis kelamin laki-laki, gejala klinis batuk, dan demam dengan hasil kultur Aspergillus (p<0.05). Tiga puluh sembilan dari 59 isolat Aspergillus spp. masih sensitif terhadap vorikonazol.

---

Background: Lung cancer patients have the potential to experience opportunistic infections that can worsen clinical outcomes, even death. One of the causes of opportunistic infection is the fungus Aspergillus sp. Early diagnosis remains a challenge, but it is necessary for optimal management.

Objective: This study aims to determine the clinical correlation with the results of Aspergillus culture in patients with non-small cell lung carcinoma (NSCLC) at Persahabatan Hospital and their susceptibility to voriconazole.

Methods: This cross-sectional study was carried out on NSCLC patients who met the inclusion criteria. The procedure of fungal culture from induced sputum was performed on Sabouraud Dextrose Agar (SDA) medium using the high volume method. Species identification was conducted with microscopic examination, followed by Aspergillus susceptibility test using the disc diffusion method. Patients’ clinical data obtained from medical records.

Results: Out of 70 NSCLC patients who met the inclusion criteria, there were male patients 61.4%, with a mean age of 59.83 ± 9.18 years. Clinical profiles of NSCLC patients were adenocarcinoma 74.3%, advanced lung cancer 78.6%, performance status 1 40%, active smokers 60%, and severe Brinkman index 31.4%. Clinical symptoms of shortness of breath 81.4%, chest pain 71.4%, weight loss 71.4%, cough 45.7%, hemoptysis 28.6%, and fever 8,6%. A history of comorbid diabetes mellitus 18.6%, former tuberculosis 12.9%, and asthma/chronic obstructive pulmonary disease 1.4%. The proportion of Aspergillus isolated from induction sputum was found in 43 patients (61.4%), as many as 67 isolates. The distribution of Aspergillus species consisted of Aspergillus niger 22.1%, Aspergillus fumigatus 17.9%, and Aspergillus flavus 7.9%. Statistical analysis showed that there was a significant relationship between male gender, clinical symptoms of cough, and fever with the results of Aspergillus culture (p <0.05). Susceptibility test for 59 isolates of Aspergillus sp. to voriconazole showed sensitivity of 57.6%, intermediate 34.6%, and resistance 19.3%.

Conclusion: In this study, there was a significant relationship between male gender, clinical symptoms of cough, and fever with Aspergillus culture results (p <0.05). Thirty-nine out of 59 Aspergillus spp. isolates were still sensitive to voriconazole."

"Tingginya kasus TB paru di Indonesia meningkatkan risiko terjadinya infeksi jamur paru, termasuk Aspergillus spp. yang menyebabkan aspergilosis paru kronik (APK). Identifikasi Aspergillus sampai tingkat spesies perlu dilakukan karena setiap spesies memiliki kepekaan yang berbeda terhadap obat antijamur. Identifikasi fenotipik pada beberapa spesies yang berbeda mungkin identik, sehingga identifikasi molekuler diperlukan untuk memastikan identifikasi spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Aspergillus spp. yang diisolasi dari pasien diduga APK dan kepekaannya terhadap obat antijamur. Identifikasi dilakukan dengan metode fenotipik, dilanjutkan dengan uji kepekaan menggunakan metode difusi cakram. Isolat resisten dikonfirmasi dengan identifikasi molekuler menggunakan teknik PCR pada target daerah ITS rDNA dan gen BenA. Identifikasi fenotipik 49 isolat Aspergillus yang berasal dari 39 sputum pasien menunjukkan 25 (51%) isolat A. fumigatus, 17 (34,6%) isolat A. niger, enam (12,2%) isolat A. flavus dan satu (2%) isolat A. clavatus. Uji kepekaan menunjukkan 15 (30,6%) isolat resisten terhadap vorikonazol dan atau itrakonazol yang selanjutnya dikonfirmasi dengan identifikasi molekuler. Hasil sekuensing menunjukkan 11 (73,3%) isolat A. fumigatus, dua (13,3%) isolat A. flavus, satu (6,7%) isolat A. niger, dan satu (6,7%) isolat A. clavatus . Identifikasi fenotipik dan genotipk isolat resisten menunjukkan kesesuaian.

---

The increase number of pulmonary tuberculosis (PTB) can increase the risk to pulmonary fungal infections, including Aspergillus spp. that causes chronic pulmonary aspergillosis (CPA). Aspergillus identification to the species level is necessary because each species has a different sensitivity to antifungal agents. The phenotypic identification in some different species may be identical, therefore, the molecular method is recommended to confirm the species. The study aimed to identify Aspergillus isolated from suspected CPA patients and their susceptibility profile to antifungal drugs. Fungal identification was conducted by phenotypic method, while the susceptibility testing performed with disk-diffusion method. The resistant isolates were confirmed by molecular identification using PCR technique in the target area of the ITS rDNA region and BenA gene. The phenotypic identification of 49 Aspergillus isolated from 39 sputum sample showed 25 (51%) isolates of A. fumigatus, 17 (34,6%) isolates of A. niger, six isolates of A. flavus, and one (2%) isolate A. clavatus. The susceptibility testing showed 15 (30,6%) resistant isolates were resistant to voriconazole and or itraconazole which was further confirmed by molecular identification. The sequencing results obtained 11 (73,3%) isolates of A. fumigatus, two (13,3%) isolates of A. flavus, one (6,7%) isolate of A. niger, and one (6,7%) isolate A. clavatus. The results of phenotypic and molecular examinations showed the congruence of the results."

"Latar Belakang Oculomycosis didefinisikan sebagai infeksi jamur pada mata, dengan Candida albicans, Aspergillus, dan Fusarium menjadi tiga etiologi yang paling umum. Insiden tahunan oculomycosis diperkirakan mencapai 1.000.000 kasus di seluruh dunia, dengan jumlah kasus tertinggi berasal dari Asia dan Afrika. Di Indonesia, lebih dari 7,7 juta orang menderita infeksi jamur, namun sangat sedikit literatur yang meneliti prevalensi oculomycosis secara spesifik. Oleh karena itu, makalah ini mengeksplorasi sebaran spesies jamur yang diperoleh dari sampel mata pasien di Jakarta, Indonesia. Metode Penelitian ini menggunakan desain deskriptif cross sectional study dengan menggunakan data sekunder yang diperoleh dari rekam medis pasien infeksi jamur di rumah sakit di Jakarta pada tahun 2009 hingga 2020. Data tersebut disaring untuk mengetahui oculomycosis, asal sampel, dan hasil uji sensitivitas. Aplikasi program statistik untuk ilmu sosial (SPSS) 20 digunakan untuk menghitung mean, deviasi standar, dan uji-t untuk membuat representasi data secara statistik dan grafis. Hasil Terdapat 161 spesimen jamur yang dikumpulkan, 152 (94%) diantaranya diperoleh dari kornea, 5 (3,1%) vitreous humor, 2 (1,2%) alis, 1 (0,6%) fibrosis intraokular, 1 (0,6%) sekret mata. . Sampelnya adalah laki-laki sebanyak 125 orang, sedangkan perempuan sebanyak 36 orang dengan rata-rata usia 47,92 tahun. Tiga spesies dengan jumlah kasus terbanyak pada tahun 2009-2020 adalah Fusarium (n=48), Aspergillus (56), dan Dematiaceae (14). Uji kerentanan menunjukkan bahwa Fusarium rentan terhadap vorikonazol namun resisten terhadap itrakonazol (P ≤ 0,05). Kesimpulan Fusarium, Aspergillus, dan Dematiaceae sebagai tiga penyebab paling umum infeksi mata. Mayoritas pasien adalah laki-laki dan berada dalam usia produktif. Uji kerentanan menunjukkan kerentanan banyak spesies terhadap azol dan poliena.

---

Introduction Oculomycosis is defined as a fungal infection of the eye, with Candida albicans, Aspergillus, and Fusarium being the three most common etiologies. The annual incidence of oculomycosis is estimated to be 1,000,000 cases worldwide, with the highest prevalence in Asia and Africa. In Indonesia, over 7.7 million people have fungal infection, yet very little literature have explored the prevalence of oculomycosis specifically. Thus, this paper explores the distribution of fungal species obtained from eye samples of patients in Jakarta, Indonesia. Method The research utilizes an analytical cross sectional study design using secondary data obtained from medical records of patients with fungal infection from hospitals in Jakarta from 2009 till 2020. The records were screened for occulomycosis, the origin of the sample, and results of sensitivity test. The statistical program for social sciences (SPSS) application 20 is used to calculate descriptive statistics and t-test. Results There are 161 fungal isolates collected, 152 (94%) of which were obtained from the cornea, 5 vitreous humor, 2 eyebrow. 125 of samples were male patients, while the remaining 36 were female, with an average age of 47.92 years. The three species with the highest number of cases from 2009-2020 are Fusarium, Aspergillus, and Dematiaceae. Susceptibility tests indicate that Fusarium was susceptible to voriconazole but resistant to itraconazole (P ≤ 0.05). Conclusion Fusarium, Aspergillus, and Dematiaceae as the three most common cause of ocular infection. Majority of patients were male and within the productive age. Susceptibility test shows susceptibility of many species to azoles and polyene."

"Pendahuluan: Pasien kanker paru di seluruh dunia meningkat, demikian pula dengan infeksi oportunistiknya, mikosis paru. Meskipun mikosis paru sudah lama dikenal, namunpenelitian yang tepat tentang prevalensi dan insidensinya masih terbatas di Indonesia.Informasi tentang kerentanan itrakonazol sebagai obat oral yang dapat digunakan untuk mengobati mikosis paru juga diperlukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui profil jamur dan kerentanannya terhadap itrakonazol pada penderita kanker paru. Metode: Desain penelitian deskriptif cross-sectional. Subyek dalam penelitian ini adalah pasien kanker paru yang dirawat di RS Persahabatan dari Januari sampai Mei 2020, dan sputumnya dilakukan pemeriksaan di Laboratorium Mikologi Departemen Parasitologi Universitas Indonesia. Pasien berusia sama atau lebih dari 18 tahun, belum menjalani kemoterapi, dan diperiksa dengan bronkoskopi. Uji kepekaan jamur dilakukan dengan difusi cakram pada agar Müeller Hinton. Itraconazole (8 μg) digunakan dan Amphotericin B (20 μg) dan Fluconazole (25 μg) sebagai kontrol positif. Hasil: Tujuh puluh tujuh pasien didapatkan. Kanker yang paling banyak dijumpai adalah adenokarsinoma pada 58 penderita, sisanya adalah karsinoma sel skuamos. Jenis jamur yang ditemukan adalah Aspergillus niger (22,1%), Aspergillus flavus (15%), Aspergillus fumigatus (14,3%), Candida albicans (40%), Candida glabrata (5%), Candida parapsilosis (2,1%), Candida krusei ( 0,7%), dan Candida tropicalis (0,7%). Sebagian besar spesies masih sensitif terhadap itrakonazol dan amfoterisin B. Kesimpulan: Jenis jamur yang paling banyak ditemukan adalah Candida albicans. Aspergillus spp dan Candida spp dan mayoritas sensitif terhadap Itraconazole.Kata kunci: Kanker paru-paru, Mikosis Paru, Kolonisasi jamur, Candida spp, Aspergillus spp, sputum

---

Introduction: Lung cancer patients around the globe are increasing along with its opportunistic infection, pulmonary mycosis. Despite pulmonary mycosis being wellknown, a proper research about the prevalence and incidence are limited in Indonesia. An update about the susceptibility of itraconazole as the most common drug used to treat pulmonary mycosis is also needed. The aim of this study was to determine the fungal profile and its susceptibility to itraconazole in lung cancer patients.

Methods: This is a descriptive cross-sectional study using both secondary and primary data. Lung cancer patients who had been admitted to Persahabatan Hospital from January to May 2020 were tested for mycological examinations by Mycology Laboratory of the Department of Parasitology, University of Indonesia. Patients aged equal or more than 18 years old, had not undergone chemotherapy, and examined with bronchoscopy were included. The fungi susceptibility test were conducted using disk diffusion on Müeller Hinton agar. Itraconazole (8 μg) were used and Amphotericin B (20 μg) and Fluconazole (25 μg) were also measured as a positive control.

Results: Seventy-seven patients were involved. The most common cancer was adenocarcinoma in 58 subjects, the rest were squamos cell carcinoma. The fungal species found were Aspergillus niger (22.1%), Aspergillus flavus (15%), Aspergillus fumigatus (14.3%), Candida albicans (40%), Candida glabrata (5%), Candida parapsilosis (2.1%), Candida krusei (0.7%), and Candida tropicalis (0.7%). Most of the species were still sensitive to itraconazole and amphotericin B.

Conclusion: The most common fungal species was Candida albicans. Aspergillus spp and Candida spp were sensitive to Itraconazole.

Key words: Lung cancer, Lung Mycosis, Fungal Colonization, Candida spp, Aspergillus spp, sputum"

"Penyakit jamur paru (mikosis) adalah gangguan paru yang disebabkan infeksi atau kolonisasi jamur atau reaksi hipersensitif terhadap jamur. Selama ini permasalahan jamur paru masih terabaikan sehingga data mengenai infeksi jamur paru sangat terbatas.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil jamur yang diisolasi dari saluran pernapasan pasien tersangka mikosis paru sehingga dapat dilakukan penatalaksanaan yang lebih baik.Penelitian ini menggunakan metode cross-sectional. Data diambil dari hasil pemeriksaan mikologi Laboratorium Parasitologi FKUI RSCM dari Januari 2010 hingga Januari 2011.Hasil yang didapatkan dari 60 sampel yang memenuhi kriteria inklusi, sampel paling banyak adalah laki-laki pada 63,3%, dengan rentang umur terbanyak berkisar antara 30-39 tahun sebesar 30%. Rumah sakit pengirim terbanyak berasal dari Rumah Sakit Persahabatan sebesar 48.3%.Bahan klinis yang paling banyak diperiksa adalah sputum langsung sebesar 78,3%. Hasil pemeriksaan sputum langsung mendapatkan hasil positif terdapat elemen jamur sebesar 63,3% dan pemeriksaan biakan pada 60 pasien yang sama mendapatkan hasil positif lebih tinggi, sebesar 81,7%, yang menunjukkan angka prevalensi keberadaan jamur di paru atau saluran napas pasien tersangka mikosis paru. Spesies terbanyak adalah Candida albicans berjumlah 40,8%,diikuti oleh Candida spp. pada sebesar 32,6%, dan Aspergillus spp. sebesar 6,1%.Disimpulkan bahwa kasus yang dicurigai mikosis paru terbanyak pada pasien dengan jenis kelamin laki-laki dan pada rentang usia 30-39 tahun. Kasus terbanyak dari RSP. Bahan klinis yang paling banyak diperiksa adalah sputum langsung. Prevalensi keberadaan jamur di paru atau saluran napas pasien tersangka mikosis paru sebesar 81,7%. Spesies terbanyak yang ditemukan berdasarkan hasil biakan yaitu Candida albicans.

---

Lung mycoses is lung disease which caused by fungal infection or colonization or hypersensitivity reaction to fungi. So far, the problem of pulmonary mycosis is still neglected thus data regarding this diseases is limited. Aim. To know the fungal profile that was isolated from respiratory tract of patients suspected of pulmonary mycosis thus better treatment can be achieved. This research use the cross sectional design.

Data is taken from Parasitology Lab FMUI-RSCM examination from January 2010- January 2011.

The result obtained from 60 samples that met the inclusion criteria, the samples mostly come frome men, 63,3%; the age group mostly affected is the 30-39 years group, 30%; most of the samples came from Persahabatan Hospital, 48,3%; the type of clinical samples mostly examined is direct sputum examination, 78,3%. Direct microscopic examination for sputum smear was positive in 63,3% samples, and culture yield 81,7% positive result from the same 60 patients, showing the prevalence of fungal existence in lung or respiratory tract of patients suspected with pulmonary mycosis. The species mostly encountered is Candida albicans, 40,8%, followed by Candida spp 32,6%, and Aspergillus spp, 6,1%.

Patients suspected with pulmonary mycosis are mostly men, with age range around 30-39 years old. Most cases were sent from Persahabatan Hospital. The clinical samples that is mostly being examined is direct sputum examination. The prevalence of fungi in lung or respiratory tract of patients suspected with pulmonary mycosis is 81.7%. The species mostly found is Candida albicans."

"ABSTRACTLatar Belakang: Organisme yang memproduksi ESBL merupakan masalah kesehatan masyarakat di seluruh dunia. Salah satu organisme yang paling sering yang menghasilkan ESBL yaitu Escherichia coli E.coli . Bakteri yang memproduksi ESBL lebih resisten terhadap antibiotik dan mengakibatkan infeksi menjadi lebih sulit untuk diobati. Di Indonesia, tidak banyak data yang memadai mengenai prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL, terutama di Jakarta.Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk memberikan laporan terkini tentang munculnya E. coli yang memproduksi ESBL di Indonesia.Metode: Isolat E. coli diambil dari berbagai sampel klinis pasien yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik, Universitas Indonesia pada tahun 2009-2014. Jenis data isolat yang digunakan berupa data sekunder mengenai kerentanan E. coli terhadap beberapa antimikroba. Data dianalisis menggunakan SPSS versi 20 untuk melihat kemungkinan terdapatnya kenaikan atau penurunan prevalensi E. coli penghasil ESBL yang terjadi secara signifikan.Hasil: Dari total 471 isolat E. coli, 56 11.9 merupakan E. coli penghasil ESBL. Prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL menunjukkan kecenderungan menurun setiap tahun dari tahun 2009 sampai 2014, kecuali tahun 2012-2014, terdapat sedikit peningkatan. Namun secara statistik, penurunan atau kenaikan prevalensi tersebut, secara statistik tidak bermakna dengan p>0.05. Prevalensi E.coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014 berturut-turut 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , dan 8 .Kesimpulan:Terjadi penurunan prevalensi Escherichia coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014, namun hasilnya tidak signifikan secara statistik. Kata kunci: E. coli, Extended-spectrum beta-lactamases, Indonesia.

---

ABSTRACTBackground ESBL producing organism has been a public health concern in the entire world. One of the most prevalent organisms that produce ESBL is Escherichia coli E.coli . The production of ESBL has made bacteria to be more resistant to antibiotics and therefore make infections harder to treat. In Indonesia, there is not many adequate data regarding prevalence of ESBL producing E. coli, especially in Jakarta. The aim of this research is to provide an updated report about the emergence of ESBL producing E. coli in Indonesia.Method E. coli isolates are obtained from many clinical samples of patients obtained from Clinical Microbiology Laboratory, Universitas Indonesia from 2009 2014. The isolates data was obtained as a secondary data that has been tested for its antimicrobial susceptibility. The data was analyzed using SPSS version 20 to see whether the increase or decrease was statistically significant.Results From a total of 471 E. coli isolates, 56 11.9 are identified as ESBL producing E. coli. The prevalence of positive ESBL producing E. coli decreased each year from 2009 to 2014, except for 2012 to 2014 where there is a slight increase. However, the decrease or increase of the prevalence was not statistically different p 0,05 . This p value illustrated that the change in prevalence was not significant from year to year. The prevalence of ESBL producing E. colifrom 2009 to 2014 was 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , and 8 respectively.Conclusion There has been a decrease in the prevalence of ESBL producing Escherichia coli from 2009 2014. However, the result is statistically insignificant. "

"Porin OmpF merupakan Outer Membrane Protein (OMP) yang berperan dalam transport pasif berbagai senyawa dan sering diasosiasikan dengan sifat resistensi antibiotik. Gen ompF pengkode porin OmpF kerap dipelajari pada spesies Escherichia coli. Kejadian resistensi antibiotik bakteri seperti pada E. coli menjadi salah satu masalah utama dalam dunia kesehatan, sehingga studi mengenai gen ompF pada bakteri E. coli sangat penting dilakukan. Belum adanya laporan mengenai profil gen ompF pada E. coli resistensi di Indonesia menyebabkan perlunya dilakukan penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data karakteristik gen ompF yang mengkode porin OmpF pada isolat klinis E. coli serta kepekaannya terhadap antibiotik. Sebanyak 21 sampel E. coli resisten yang diinokulasi di Jakarta, Indonesia dikelompokkan menjadi 3 variabel fenotip. DNA isolat diekstraksi menggunakan kit ekstraksi QIAamp® DNA Mini Kit (50), lalu gen ompF diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan metode PCR konvensional dan dilanjutkan dengan sekuensing. Gen ompF isolat dibandingkan dengan gen ompF strain E. coli ATCC 25922 secara bioinformatik, meliputi mutasi serta pohon filogenetiknya. Diketahui bahwa hampir seluruh sampel E. coli patogen mengalami mutasi pada deret asam nukleat dimana sebagian besar mutasi yang terjadi merupakan silent mutation. Mutasi gen ompF tingkat asam amino terjadi pada nomor 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, dan 307. Namun mutasi-mutasi tersebut tidak mempengaruhi sifat fenotipik resistensi. Analisis pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa sampel dengan sifat fenotip yang sama tidak mengelompok menjadi clade yang sama secara garis evolusi.

---

Porin OmpF is an Outer Membrane Protein (OMP) that plays role in passive transport of various compounds and is often associated with antibiotic resistance. The ompF gene encoding the OmpF porin is frequently studied in Escherichia coli species. The incidence of bacterial antibiotic resistance like E. coli is one of the main problems in the world of health, so the study of the ompF gene in E. coli is very important. The absence of reports on the ompF gene profile in E. coli resistance in Indonesia has led to the need for this research. This study aims to obtain data on the characteristics of the ompF gene encoding the OmpF porin in clinical isolates of E. coli and its sensitivity to antibiotics. A total of 21 samples of E. coli inoculated in Jakarta, Indonesia were grouped into 3 phenotypic variables. The DNA then was extracted using the QIAamp® DNA Mini Kit (50) extraction kit, then the ompF gene was amplified using specific primers with conventional PCR method and proceeded to sequencing. The ompF gene of the isolates were compared with the ompF gene of the E. coli ATCC 25922 strain bioinformatically, including mutations and its phylogenetic tree. It is known that almost all samples of those E. coli have mutations in the nucleic acid sequences where most of theem are silent mutations. Amino acid level of ompF gene mutations occurred at numbers 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, and 307. However, these mutations did not affect the phenotypic characteristics of resistance. The phylogenetic tree analysis also showed that samples with the same phenotypic traits did not clustered into a same clade evolutionarily"

"Five kinds of endophytic fungi i.e pastalotiopsis sp. isola GNC fusarium sp, GNC -A fusarium sp..GNC-B.Pastalotiopsis sp, GUC and fusarium sp

---

"