Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker payudara merupakan tipe kanker yang paling banyak terjadi didunia dan menjadi penyebab kematian terbanyak pada negara berkembang. Subtipe kanker payudara saat ini dapat diklasifikasikan berdasarkan profil ekspresi gennya dengan immunohistokimia (IHK) menjadi subtipe Luminal A, Luminal B, HER2+, dan TNBC. Namun, IHK memiliki beberapa keterbatasan yang dapat menyebabkan kesalahan klasifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan integrasi data multi-omik (genomik, epigenomik, dan transkriptomik) serta penggunaan machine learning dalam penentuan biomarker subtipe kanker payudara.Metode Isolat DNA dari pasien kanker payudara yang menjalani pengobatan di RSUPN Cipto Mangunkusumo dan RS Kanker Dharmais Jakarta sebanyak 48 subjek digunakan dalam penelitian ini. Untuk mengidentifikasi mutasi dan metilasi DNA, digunakan kit Illumina Infinium Asian Screening Array dan Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 yang kemudian dilakukan pembacaan dengan Illumina iScan. Biomarker mutasi dan metilasi DNA kemudian dianalisis dengan machine learning untuk mendapatkan biomarker subtipe kanker payudara. Pendekatan transkriptomik dengan analisis DEG (Differentially Expressed Genes) dilakukan dengan menggunakan dataset yang berada pada basis data GEO (Gene Expression Omnibus), yaitu dataset GSE33447 dan GSE20685. Studi translasional untuk identifikasi biomarker metilasi DNA, dilakukan dengan metode MSP (methylated specific PCR).Hasil Didapatkan biomarker mutasi dan metilasi DNA yang signifikan berasosiasi dengan masing-masing subtipe kanker payudara serta berkaitan dengan ekspresi gennya, yaitu Luminal A (rs2355062 dan cg14397888), Luminal B (rs36087647 dan cg14397888), HER2+ (rs4925108 dan cg25910261), TNBC (rs137966431, rs886040223 dan cg26371957). Adanya mutasi pada BRCA2 (rs886040223) pada pasien TNBC, diprediksi akan memberikan respon yang sensitif terhadap pemberian terapi inhibitor PARP. Kit diagnostik berbasis biomarker omik dengan metode methylation-specific PCR (MSP) dapat menentukan status metilasi DNA pada biomarker cg14397888 untuk subtipe Luminal A dan Luminal B dengan akurasi 75% dan 76%.Kesimpulan Pendekatan biomarker multiomik pada pasien kanker payudara dapat digunakan sebagai pilihan untuk melakukan klasifikasi subtipe kanker payudara dan memprediksi pilihan terapi yang tepat.

---

Introduction

Breast cancer is the predominant form of cancer globally and is the primary cause of mortality in emerging nations. Currently, breast cancer subtypes can be classified using immunohistochemistry (IHC) into four subtypes: Luminal A, Luminal B, HER2+, and TNBC. Nevertheless, the IHC possesses various constraints that may result in misclassification. The objective of this study is to combine multiple types of biological data (genomic, epigenomic, and transcriptomic) and apply machine learning techniques to identify biomarkers for different subtypes of breast cancer.

Method

DNA isolates obtained from 48 breast cancer patients who were receiving therapy at RSUPN Cipto Mangunkusumo and Dharmais Cancer Hospital Jakarta. The Illumina Infinium Asian Screening Array and Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 kits were employed to detect mutations and DNA methylation which were then read using Illumina iScan. Machine learning was used to examine DNA mutation and methylation biomarkers in order to identify biomarkers specific to different subtypes of breast cancer. The transcriptomics approach was employed to analyze differentially expressed genes (DEGs) utilizing datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, namely the GSE33447 and GSE20685 datasets. The MSP approach was employed to conduct translational research to identify DNA methylation biomarkers.

Results

Significant DNA mutations and methylation biomarkers were discovered to be linked to each subtype of breast cancer and were found to be associated with gene expression, namely, Luminal A (rs2355062 and cg14397888), Luminal B (rs36087647 and cg14397888), HER2+ (rs4925108 and cg25910261), and TNBC (rs137966431, rs886040223 and cg26371957). Predictions suggest that the presence of mutations in the BRCA2 gene (rs886040223) in TNBC patients will likely result in a highly responsive reaction to PARP inhibitor treatment. A diagnostic kit utilizing the methylation-specific PCR (MSP) approach can accurately assess the DNA methylation status of the cg14397888 biomarker for Luminal A and Luminal B subtypes with an accuracy of 75% and 76%, respectively.

Conclusion

The utilization of the multiomics biomarker strategy in breast cancer patients offers a viable method for categorizing breast cancer subtypes and forecasting suitable therapy interventions.                                                                                                                                                                    "

"Diketahuinya karakterisasi minyak bumi dengan baik dapat digunakanuntuk mengembangkan serta memaksimalkan pengeskplorasian minyakbumiSkripsi ini berjudul studi karakterisasi minyak bumi di Indonesia bagianbarat. Judul ini dipilih karena sampai saat ini Indonesia belum memiliki datakarakter biomarker dalam minyak bumi Perconto diambil secara acakdengan metode grab sampling karena sifat minyak bumi yang relativehomogeny dalam setiap cekunganAnalisis yang digunakan meliputi, analisis GC dan GC-MS. Padaanalisis GC peroonto minyak, dianalisis tanpa terlebih dahulu difraksinasi(metoda who/e oil) sedangkan analisis GC-MS perconto terlebih dahuludifraksionasi dan hanya fraksi lingkar dan siklo dari saturat yang dianalisis.Minyak bumi dari Indonesia bagian Barat, diperkirakan berasaldari tiga kelompok besar lingkungan pengendapan antara lain, Danau, Deltadan lingkungan pengendapan lautan berdasarkan dari perbedaan komposisidan kehadiran biomarker yang beragam. Dari ketiga kelompok besar ini,masin dapat dibagi menjadi beberapa sub-kelompok masing-masing: danauair payau, delta danau untuk lingkungan danau, rawa dan darat untuklingkungan delta serta laut dangkal untuk lingkungan lautan."

"Tumpanan minyak yang seringkali terjadi di jalur perairan Laut Jawaterkadang sulit diketahui sumbernya Untuk mengetahui sumber pencemarantersebut, pada penelitian ini dilakukan studi korelasi antara sampel minyaktumpahan (oil spill) dengan minyak bumi yang diproduksi di sekitar perairanSelat Malaka, Laut Jawa dan sungai-sungai yang bermuara di Iaut tersebut(oil reference). Dalam studi ini digunakan 2 (dua) parameter, yaitu sidikjariGC dan sidikjari biomarker. Keunggulan biomarker adalan menyediakaninformasi Iebih banyak mengenai sumber dan sulit terbiodegradasi kecualidalam kondisi yang ekstrim. Preparasi analisis sidikjari biomarker diawalidengan melakukan fraksionasi sampel minyak bumi, yang selanjutnyadianalisis menggunakan GCMS untuk melihat kelimpahan biomarker. Rasio-rasio dari beberapa biomarker ini Ialu diplot dalam beberapa diagram untukmelinat kecenderungan korelasi antara oil spill dengan oil reference. Untukmembuat kesimpulan aknir korelasi digunakan data gabungan dari nasilanalisis sidikjari GC dan GCIMS. Dari kedua hasil analisis tersebut dapatdisimpulkan banwa sampel OS-A memiliki korelasi positif dengan OR-6, OS-B dengan OR-9, sampel OS-C dan OS-D dengan OR-7."

"Latar BelakangKanker payudara merupakan jenis kanker tersering di dunia dan di Indonesia, dengan angka kejadian dan kematian yang tinggi. Peningkatan pemahaman mengenai varian genetik pada pasien kanker payudara dapat meningkatkan efektivitas skrining, diagnosis, dan terapi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi varian genetik terkait kanker payudara di Jakarta.Metode Penelitian ini menggunakan data sekunder dari basis data NCBI yang dianalisis menggunakan perangkat lunak bioinformatika di Departemen Kimia Kedokteran dan Bioinformatics Core Facilities IMERI Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Data sekuensing genom dari 75 sampel pasien diunduh dari BioProject PRJNA606794. Proses pra-pemrosesan data melibatkan evaluasi kualitas menggunakan FastQC, pemangkasan bacaan berkualitas rendah dengan Trimmomatic, dan penyelarasan dengan genom referensi GRCh38 menggunakan BWA-MEM2. Identifikasi dan penyaringan varian dilakukan menggunakan LoFreq dan LoFreq Filter, sedangkan analisis varian menggunakan snpEff. Ontologi gen dianalisis menggunakan basis data ENSEMBL.Hasil Ditemukan sebanyak 8.544 varian dengan dampak tertinggi pada kategori modifier (98,863%), kategori low (1,085%), dan moderate (0,053%). Proporsi gen yang terlibat dalam varian genetik menunjukkan ZMYND11 memiliki proporsi tertinggi (32,4%). Gen ini berpotensi menjadi marka prognostik pada pasien kanker payudara usia muda di Jakarta.Kesimpulan Analisis bioinformatika efektif dalam mengidentifikasi varian genetik pada pasien kanker payudara di Jakarta dengan gen ZMYND11 menunjukkan proporsi tertinggi. Gen ini berpotensi sebagai marka prognostik pada pasien usia muda, berkontribusi pada peningkatan skrining, diagnosis, dan terapi kanker payudara di Jakarta. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk validasi.

---

Introduction Breast cancer is the most common type of cancer worldwide and in Indonesia, with high incidence and mortality rates. Improving the understanding of genetic variants in breast cancer patients can enhance the effectiveness of screening, diagnosis, and therapy. This study aims to identify genetic variants related to breast cancer in Jakarta.

Method

This study uses secondary data from the NCBI database, analyzed using bioinformatics software at the Department of Medical Chemistry and Bioinformatics Core Facilities IMERI, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Genome sequencing data from 75 patient samples were downloaded from BioProject PRJNA606794. Data preprocessing involved quality evaluation using FastQC, trimming low-quality reads with Trimmomatic, and alignment with the GRCh38 reference genome using BWA-MEM2. Variant identification and filtering were performed using LoFreq and LoFreq Filter, while variant analysis was conducted using snpEff. Gene ontology was analyzed using the ENSEMBL database.

Results

A total of 8,544 variants were found, with the highest impact in the modifier category (98.863%), low category (1.085%), and moderate category (0.053%). The proportion of genes involved in genetic variants showed that ZMYND11 had the highest proportion (32.4%). This gene has the potential to be a prognostic marker in young breast cancer patients in Jakarta.

Conclusion

Bioinformatics analysis is effective in identifying genetic variants in breast cancer patients in Jakarta, with the ZMYND11 gene showing the highest proportion. This gene has the potential as a prognostic marker in young patients, contributing to improved screening, diagnosis, and therapy for breast cancer in Jakarta. Further research is needed for validation.

"

"ABSTRAK

Pada penelitian ini diterapkan algoritma FABIAS (Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Sparseness Projection) untuk mendeteksi biomarker penyakit Alzheimer pada dataset berupa 54675 data microarray ekspresi gen penyakit Alzheimer dari 161 sampel. Penelitian ini terdiri dari ekstraksi data dan seleksi gen, ekstraksi bicluster, interpretasi biologis untuk setiap bicluster, dan pendeteksian biomarker penyakit Alzheimer pada dataset yang diteliti. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini ditemukan pada 3 daerah otak yakni daerah HIP, daerah PC, dan daerah VCX. Gen-gen biomarker penyakit Alzheimer tersebut antara lain gen BIN1, SORL1, dan CLU. Penemuan tiga gen biomarker penyakit Alzheimer dari beberapa bicluster yang dihasilkan dari penerapan algoritma FABIAS ini membuka kemungkinan adanya gen biomarker penyakit Alzheimer yang baru dari bicluster lain dengan sampel berkondisi sakit.

---

ABSTRACT

---

In this research, FABIAS algorithm (Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Sparseness Projection) was applied to detect biomarkers of Alzheimer`s Disease in a dataset of 54.675 gene expression microarray data from 161 samples. This study consisted of data extraction and gene selection, bicluster extraction, biological interpretation of each bicluster, and biomarker detection of Alzheimer`s disease in the dataset. The results obtained from this study were found in 3 brain regions namely the HIP area, PC area, and VCX area. The biomarker of Alzheimer`s disease include BIN1, SORL1, and CLU genes. The discovery of three biomarker genes from some biclusters resulting from implementation of the FABIAS algorithm opens up the possibility of finding new Alzheimer`s disease biomarker gene from other bicluster with sick condition samples.

"

"Kanker payudara banyak diderita perempuan. Penelitian ini bertujuan menggambarkan pengetahuan dan perilaku mencari pelayanan kesehatan pasien kanker payudara dengan desain penelitian deskriptif sederhana. Responden berjumlah 80 orang secara non probability convenience sampling. Mayoritas responden berpengetahuan baik tentang pengetahuan umum, faktor risiko, tanda gejala, skrining serta perawatan, sedangkan mengenai pengobatan masih kurang. Respon awal saat menyadari perubahan payudara diantaranya tidak bertindak, bercerita, mencari pelayanan kesehatan, melakukan pengobatan alternatif, dan herbal. Keterlambatan pemeriksaan dialami sebagian besar responden. Suami menjadi pilihan terbanyak saat diskusi awal. Dokter bedah dan fasilitas kesehatan pemerintah menjadi pilihan terbanyak saat pemeriksaan awal. Perawat perlu meningkatkan edukasi kanker payudara pada perempuan dan pasien kanker payudara.

---

Breast cancer occurs to many women. This study aimed to describe the knowledge and health care seeking behavior of breast cancer patients with simple descriptive research design. The respondents were 80 who are chosen by non probability convenience sampling. Majority of respondents have good knowledge about the general knowledge, the risk factors, the signs and symptoms, the screening and nursing care, but they lack about the treatment. The initial responses when there were changes in their breast included no action, telling somebody, seeking health care, getting alternative medicine and herbal. The delayed diagnosis experienced by most of the respondents. The husband became the largest selected person for the initial discussion. The surgeons and the government?s health facilities were chosen by most respondents at the first examination. Nurses need to improve the education provision about breast cancer to women and the breast cancer patients."

"ABSTRAKKanker payudara merupakan jenis kanker terbanyak di antara wanita di dunia maupun Indonesia. Di Indonesia, khususnya di Rumah Sakit Kanker “Dharmais” (RSKD) Jakarta angka kasus meningkat ditiap periode waktu dari angka 21,46% di tahun 1993-1997 meningkat hingga 40,58% di tahun 2003-2007. Dalam menangani penyakit ini, terdapat modalitas terapi kanker di antaranya adalah operasi, radiasi, kemoterapi ataupun kombinasi dari ketiganya. Namun, modalitas terapi tersebut menimbulkan efek samping yang tidak sedikit pada pasien, khususnya kemoterapi. Kondisi ini dapat mempengaruhi kualitas hidup pasien. Akibat dari kondisi tersebut, banyak pasien kanker yang menggunakan terapi komplementer-alternatif (CAM) untuk mengurangi gejala efek samping yang dialaminya. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui manfaat CAM terhadap kualitas hidup pasien kanker payudara yang menjalani kemoterapi sebagai terapi pendukung di RSKD. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan wawancara terhadap 152 pasien kanker payudara yang menjalani kemoterapi dan verifikasi data rekam medis. Metode penelitian menggunakan disain studi analitik potong lintang. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa penggunaan CAM tidak berhubungan bermakna secara statistik (p value >0,05) terhadap kualitas hidup pasien kanker payudara setelah dikontrol variabel lain. Berdasarkan analisis stratifikasi didapatkan hubungan yang signifikan (p value <0,05), di mana pada kelompok responden yang menggunakan CAM non-herbal selama 1-6 bulan memiliki peluang 6,75 kali (95% CI:1,12-40,56) untuk memiliki kualitas hidup baik dibandingkan dengan responden yang menggunakan jenis CAM herbal selama 1-6 bulan. Perlunya penelitian lebih lanjut dengan desain prospektif dan sampel yang lebih besar.

---

ABSTRACTBreast Cancer is the most type of cancer among women in the world and in Indonesia. In Indonesia, especially in “Dharmais” Cancer Hospital (RSKD) Jakarta increased number of cases in each periode of time from 21,46% in 1993-1997 to 40,58% in 2003-2007. In dealing with this disease, there is a cancer therapeutic modalities which are surgery, radiation, chemoterapy or a combination of all three. However, the reality these therapies have side effects that are not small in patients, particularly chemoterapy. This condition can affect the patient’s quality of life. The result of these conditions, many cancer patients use Complementar-Alternative Medicine (CAM) to alleviate the symptoms of the side effects they experienced. The porpose of this study was to determine the benefits of CAM to the quality of life of breast cancer patients who are undergoing chemoterapy as supportive therapy in RSKD. This study is a cross sectional analytic that conducted through interviews of 152 breast cancer patients who are chemoterapy and then verifying medical records. The result found that CAM use was not statistically significantly related to the quality of life of breast cancer patients after controlling for other variables. Based on stratification analysis found a significant relationship in which the respondents who use non-herbal types for 1-6 months had 6,75 times (95% CI: 1,12-40-56) the chance to have a good quality of life compared with respondents who used herbal types for 1-6 months. Need to do further research with a larger sample and prospective design."

"Nyeri kanker dapat mempengaruhi kualitas hidup pasien. Tehnik distraksi yang cukup sederhana dan efektif untuk mengatasi nyeri kanker yakni dengan kombinasi terapi musik dan visual art therapy. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh kombinasi terapi musik dan visual art therapy. Penelitian ini menggunakan desain quasi experimen dengan melibatkan 34 responden yang dipilih secara purposive sampling. Hasil penelitian ini menunjukkan terdapat perbedaan yang signifikan tingkat nyeri setelah perlakuan antara kelompok yang hanya mendapat terapi standar analgesik dengan kelompok yang mendapat kombinasi terapi musik dan visual art therapy dengan p-velue = 0,008 p 0,05. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa kombinasi terapi musik dan visual art therapy lebih efektif untuk menurunkan nyeri pada pasien kanker payudara dibandingkan terapi standar analgesik saja. Hasil penelitian ini dapat menjadi salah satu rekomendasi intervensi untuk mengurangi nyeri pada pasien kanker payudara serta mendorong kemandirian dalam peran autonomi perawat.

---

The pain caused by cancer may affect the patient rsquo s quality of life. The distraction technique is quite simple and effective to overcome the pain caused by cancer, i.e. with the combined therapy of music and visual art therapy. The objective of this research was to identify the effects of combined therapy of music and visual art therapy. This research used the quasi experiment design involving 34 respondents selected by way of purposive sampling.

The results of this research indicated that there was a significant difference in the pain level after the treatment between the group only receiving the standard analgesic therapy and the group receiving the combined therapy of music and visual art therapy with the p value 0.008 p0.05.

Based on the results of research, it may be concluded that the combined therapy of music and visual art therapy is more effective to reduce pain in breast cancer patients than the standard analgesic therapy only. The results of this research may become one of the interventional recommendation to reduce pain in breast cancer patients as well as encouraging independence in the autonomous role of nurses."

"Medan listrik dengan frekuensi 100-200 kHz dan tegangan 10-15 volt memiliki pengaruh terhadap sel yang sedang mengalami pembelahan. Electrical Capacitive Cancer Treatment (ECCT) adalah perangkat terapi kanker yang menghancurkan sel kanker dengan menggunakan efek medan listrik statis. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi desain elektroda kapasitif untuk meningkatkan efektivitas ECCT pada terapi kanker payudara dengan menganalisis intensitas dan energi distribusi medan listrik di jaringan payudara. Analisis distribusi medan listrik dilakukan dengan simulasi menggunakan Comsol Multiphysics 3.5 berbasi metode elemen hingga. Hasil penelitian menunjukkan bahwa desain elektroda kapasitif yang dikembangkan efektif pada semua posisi kanker di jaringan payudara (kuadran lateral superior, lateral inferior, medial superior, medial inferior, central).

---

Electric field with a frequency of 100-200 kHz and a voltage of 10-15 volts has an influence on the cell division. Electrical Capacitive Cancer Treatment (ECCT) is a cancer therapy device that destroys cancer cells using static electric field effects. This study aimed to evaluate the capacitive electrode design to improve effectiveness of ECCT on breast cancer therapy by analyzing intensity and energy distribution of electric field in breast tissue. Analysis of electric field distribution was done by simulation using COMSOL Multiphysics 3.5 based on the finite element method. The results showed that the developed capacitive electrode design effective for all cancers position in the breast tissues (lateral superior quadrant, lateral inferior, medial superior, medial inferior, central)."

"Latar Belakang: Sekitar 40% pasien kanker payudara pasca terapi mengalami rekurensi kanker payudara. Sementara itu, masih belum banyak penelitian mengenai faktor prognosis untuk memprediksi kemungkinan rekurensi pada kanker payudara.Tujuan: Mengetahui inter-rasio rasio limfosit-monosit (LMR) dan rasio limfosit-sel darah putih (LWR) sebagai prediktor rekurensi pada kanker payudara.Metode: Penelitian ini dilakukan secara cohort retrospektif dengan melihat rekam medis pasien dari RSCM dan RS MRCC Siloam Jakarta. Peneliti melihat riwayat pasien sejak selesai mendapat terapi dengan rekurensi yang diikuti minimal 3 bulan dan maksimal 7 tahun. Kemudian dilakukan analisis dengan menggunakan uji Chi-square dengan program SPSS for Mac.Hasil: Peneliti mengelompokkan pasien menjadi kelompok inter-rasio LMR/LWR rendah dan tinggi dengan cut-off berupa median senilai 19,67 103/L. Dari 106 sampel yang memenuhi kriteria, didapatkan 52 pasien kelompok rendah dan 54 pasien kelompok tinggi. Hasil yang didapatkan dari analisis kedua kelompok dengan status rekurensi adalah nilai p 0.001 dengan 26 pasien pada kelompok rendah dan 10 pasien pada kelompok tinggi mengalami rekurensi. RR yang didapat adalah 2,7 (95%CI: 3,45 – 5,029) pada inter-rasio LMR/LWR rendah.Kesimpulan: Terdapat hubungan antara inter-rasio LMR/LWR dengan kemungkinan rekurensi pada pasien kanker payudara pasca terapi dan dapat dijadikan salah satu prediktor, dengan kelompok inter-rasio LMR/LWR dibawah cut-off penelitian memiliki resiko lebih tinggi mengalami rekurensi kanker payudara.

---

Background: About 40% cancer patients after they finished their first therapy having a recurrence. However, there isn’t many researches on prognostic factors to predict the possibility of recurrence in breast cancer.

Objective: This research was done to know inter-ratio of lymphocyte-monocyte ratio (LMR) and lymphocyte-white blood cells ratio (LWR) as the predictor for recurrence in breast cancer.

Methods: This study was conducted with cohort retrospective by looking at patient’s medical records at RSCM and MRCC Siloam Hospital Jakarta. Researcher followed patients record after their first therapy finished, and recurrence from 3 months until 7 years later. An analysis was conducted using the Chi-Square test with the SPSS for Mac program.

Results: The patients were grouped into patients with low and high LMR/LWR inter-ratio with median (19,67 103/L) as the cut-off. From 106 samples that met the criteria, there were 52 patients in low group and 54 patients in high group. The results obtained from the analysis between low and high LMR/LWR and patient’s recurrence status is p-value 0.001 which means significant, with 26 patients in low group and 10 patients in high group had recurrence. RR for low LMR/LWR inter-ratio is 2,7 (95% CI : 3,45-5,029) in association with breast cancer’s recurrence.

Conclusion: There is an association between LMR/LWR inter-ratio and the possibility of recurrence in post-treatment breast cancer patients and can be used as predictor. Patients with LMR/LWR inter-ratio under the study cut-off are at higher risk of getting recurrence."