Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan menjadi high risk dan low risk berdasarkan kemampuannya menimbulkan kanker mulut rahim. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk high risk adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus-Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T cell dilakukan dengan server MULTIPRED, sedangkan epitope B cell dengan server Conformational Epitope Prediction (CEP). Visualisasi data struktur protein L1 HPV-16, berupa Protein Data Bank (PDB), serta posisi epitope yang disubstitusikan dilakukan dengan software Swiss-Pdb Viewer (DeepView). Didapat dua sekuen vaksin cVLP yang kemudian diuji kesamaan strukturnya dengan struktur protein L1 HPV-16 native melalui BLAST pada database PDB. Hasil BLAST menunjukkan tingkat kesamaan sebesar 96% dan 94%.

Abstrak :
Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native.

Abstrak :
Infeksi Human Papillomavirus (HPV) memiliki korelasi yang erat dengan insidensi kanker serviks. Pada penelitian ini dikembangkan chimeric virus like particles (cVLP) sebagai kandidat vaksin untuk mencegah kanker serviks. cVLP dikembangkan dengan mensubstitusi epitop dari protein HPV-18 L1 dan HPV-52 L1 dengan protein HPV-16 L1. Pada penelitian ini ditemukan empat desain vaksin kimerik, yaitu ANN1, ANN2, HMM1, dan HMM2. Kajian ini akan menentukan efek dari modifikasi pos translasi. Berdasarkan kajian in silico, modifikasi pos translasi yang dominan adalah glikosilasi.

---

Computational Study of Post Translation Modification in Chimeric Virus Like Particles Vaccine of Human Papilloma Virus with Virion Capsid L1. The Human Papillomavirus (HPV) infection has a tight correlation with the incidence of cervical cancer. Chimeric virus like particles (cVLP) has been developed as vaccine candidate for preventing cervical cancer. cVLPs are improvement of Virus Like Particles (VLP) by substituting the epitope of L1 HPV -18 and -52 protein to L1 HPV -16 protein. They are ANN1, ANN2, HMM1, and HMM2. The impact of post translation modification will be determined. Based on In Silico study, the dominant post translation modification is glycosylation.

Abstrak :
Berdasarkan hasil penelitian yang pernah dilakukan, diketahui bahwa di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu bagi wanita. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan berdasarkan virulensinya dalam menimbulkan kanker rahim sebagai berikut, yaitu kelompok resiko tinggi dan resiko rendah. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk tingkat resiko tinggi adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim, diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Struktur vaksin cVLP tersebut telah ditemukan dalam penelitian sebelumnya . Dalam kajian ini akan diteliti dampak modifikasi pos translasi , pencarian domain pada cVLP tersebut, dan host yang cocok untuk ekspresi cVLP dengan bantuan software PROSITE , InterProScan, dan Integr8. Dalam kajian in silico ini ditemukan 6 situs modifikasi pos translasi, yaitu situs N-Glikosilasi, N-Miristoilasi, Fosforilasi Protein Kinase dependen cAMP dan cGMP, Fosforilasi Kasein Kinase II, Amidasi, dan fosforilasi protein kinase C. Modifikasi pos translasi ini terjadi terutama pada host eukariot, khususnya pada Saccaromyces cerevicae. Pada S.cereviceae, modifikasi yang terjadi umumnya adalah N-Glikosilasi. Pada virus yang serumpun dengan HPV, yaitu HBV (virus Hepatitis B), modifikasi pos translasi yang terjadi adalah pembentukan lipid lapisan ganda. Berdasarkan kajian in silico, maka modifikasi pos translasi yang dominan adalah Glikosilasi. Pencarian in silico terhadap database domain protein menemukan homologi yang sangat tinggi antara cVLP dengan Kapsid Virion HPV L1 tipe 16.

Abstrak :
ABSTRAK
Kanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh para wanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia. Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalam kemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi dua tipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-risk di dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yang terjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatu vaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimeric Virus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 ke dalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicu respon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksi epitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metode algoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational Epitope Prediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingan similaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91% identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homology modeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darl hasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapat struktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database 11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yang dirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagai vaksin