Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Enzim merupakan biokatalis yang banyak dimanfaatkan dalam industri sebagai alternatif dari penggunaan bahan-bahan kimia yang mencemari lingkungan, salah satu diantaranya adalah enzim xilanase. Xilanase dalam industri dapat digunakan dalam proses pemutihan kertas, campuran pakan ternak, penjernihan sirup, produksi gula xilosa, dan sebagainya. Teknologi proses dalam industri umumnya dilakukan pada suhu dan pH yang tinggi, oleh karena itu dibutuhkan xilanase yang bersifat alkalotermofilik. Teknologi DNA rekombinan dilakukan agar enzim yang diproduksi mudah dimanipulasi dan dikembangkan untuk efesiensi. Laboratorium Teknologi Bioindustri, Pusat Laboratorium Bioindustri, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) yang berada di Puspiptek, Serpong, Jawa Barat telah mengisolasi isolat CMU dari Sumber Air Panas Cimanggu yang positif menghasilkan xilanase alkalotermofilik. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan kloning gen penyandi enzim xilanase alkalotermofilik serta ekspresi enzim rekombinannya pada Escherichia coli. Hasil identifikasi daerah 16S rRNA secara parsial pada isolat ini menunjukkan bahwa isolat CMU berafiliasi pada Bacillus halodurans. Gen penyandi xilanase alkalotermofilik telah berhasil diamplifikasi dari genom isolat CMU dan dikloning ke dalam E.coli DH5α dengan menggunakan vektor pGEM-T Easy. Dari proses transformasi hasil ligasi vektor dan produk PCR menghasilkan 2 bakteri rekombinan, yang membawa gen xilanase yang mempunyai perbedaan sekuens, dinamakan Klon 2 dan Klon 3. Analisa aktivitas produk gen dari E.coli DH5α rekombinan Klon 2 dan Klon 3 menunjukkan bahwa bakteri rekombinan ini menghasilkan enzim xilanase yang alkalotermofilik dengan profil berbeda. Aktivitas enzim xilanase pada Klon 2 optimal pada pH 11 dan suhu 70oC (16,52 U/mg) sedangkan Klon 3 optimal pada pH 8 dan suhu 60oC (17,65 U/mg). ......Enzyme known as a catalyst that has been widely used in industries as an alternative of chemicals process that polluted the environment. One of the important enzymes in industries is xylanase enzyme. Xylanase in industry can be used for bleaching process of pulp, rarefaction of syrup, producing of xylose sugar, mixed fodder, and so forth. Technology process in industry are generally conducted at high temperature and pH. Therefore, it requires a xylanase that has alkalothermophilic character. Recombinant DNA technology can make the gene product easily manipulated for efficiency. Center for Bio-industrial technology, The Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT) has isolated an isolate from Cimanggu Hot Spring that potentially produced an alkalothermophilic xylanase. The isolate designed as CMU. The purpose of this study is to clone the encoding gene of alkalothermophilic xylanase and to express this gene in Escherichia coli. The region identification result of 16S rRNA of this isolate showed that the CMU isolate is closed relative to Bacillus halodurans species. The gene encoding for alkalothermophilic xyalanase has been amplified from chromosomal DNA of CMU isolate and succesfully cloned into E.coli DH5α using the pGEM-T Easy vector. The ligation and transformation produces two recombinant bacteria with different sequence, namely Clone- 2 and Clone- 3. Xylanase activity assay showed that both recombinant E. coli have xylanase activity. The maximum activity of xylanase in clone-2 and clone-3 were reached at pH 11 and 700C (16.52 U/mg), and at pH 8 and 600C (17.65 U/mg), respectively.

Abstrak :
ABSTRAK
Hepatitis C virus HCV menginfeksi lebih dari 170 juta penduduk dunia dan menyebabkan penyakit hati kronis yang berkembang menjadi sirosis dan kanker hati. Diagnosis yang akurat sangat diperlukan untuk memberikan penanganan tepat secara dini, termasuk mencegah penularan virus tersebut secara lebih luas. Pada penelitian ini plasmid pQE80L-HCV_ME telah berhasil dibuat untuk produksi antigen rekombinan HCV. Gen pengkode antigen tersebut dirancang berdasarkan multiepitop yang bersifat imunodominan, lestari, mewakili subtipe HCV di Indonesia dan global. Gen tersebut dibuat dengan teknik DNA sintetik kemudian diklona dari plasmid pUC57 ke pQE80L. Pengklonaan dilakukan menggunakan situs restriksi BamHI dan HindIII dalam sel E. coli Top10. Plasmid pQE80L-HCV_ME kemudian diverifikasi dengan PCR koloni, analisis restriksi, dan sekuensing.

---

ABSTRACT
Hepatitis C virus HCV have been infected more than 170 million people in the world and caused chronic liver disease that lead to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Accurate diagnosis is very important to give early proper treatment and to prevent HCV transmission broadly. In this research pQE80L HCV ME plasmid has been successfully created to produce HCV recombinant antigen. Gene that encodes antigen was designed based on multiepitop sequences from immunodominat region, conserve, and represent the most prevalence HCV subtypes in Indonesia and global. The gene was generated through synthetic DNA then be cloned from pUC57 plasmid to pQE80L. Cloning was performed by using BamHI dan HindIII in E. coli Top10 cell. pQE80L HCV ME plasmid then be verified by colonies PCR, restriction analysis, and sequencing.

Abstrak :
Background: VP6 protein is an intermediate layer on rotavirus outer capsid shell which is the major structural protein and play an important role in replication cycle. VP6 protein is a conserved region that can induce immune response as target protein of T cell with cross-reactive epitopes within another genotypes. Objectives: This research conducted to determine the molecular characterization of rotavirus VP6 recombinant protein of Indonesia strain, and to determine the clone and expression of VP6 protein in Escherichia coli BL21 for development of rotavirus vaccine. Methods: Rotavirus RNA was extracted from clinical sample of R55 and R10 strains that having correlation with genotipes I and II rotavirus. RNA samples were amplified with RT-PCR reaction and produced 1194 bp amplicon, and sequencing reaction were conducted to confirm and analyze the molecular characterization of VP6 protein in bioinformatics. VP6 gene as insert and pQE-80L plasmids as vector were double restricted and then ligated by ligation enzyme. Product of ligation were transformed to E.coli Top 10 competent cells and the clones were selected to get the recombinant plasmids which bearing VP6 gene. The recombinant plasmid than subcloned to E.coli BL21 competent cells and induced by IPTG and its pellets were loaded directly onto SDS-PAGE, approximately 45 kDa protein was observed on the SDS-PAGE. The protein was analyzed using Western-blotting. Results: Level of amino acids homology from R55 and R10 rotavirus strain compared with vaccine strains and vaccine candidate strains showed high level of homology, with the conserved regions of T-cell epitopes. R55 strain having close relativity with genotype I while R10 strain having close relativitywith genotype II. there are the same level of hydrophobicity between R55 and R10 which indicated as surface proteins or as a hydrophilic protein. The differences of secondary structure between R55 and R10 in amino acids position of 149-152 and 341-349. The VP6 cloned obtained from E.coli Top 10 with pQE-80L plasmid. The profile of expressed VP6 recombinant protein from R55 and R10 strains in SDS-PAGEshowed the different intensity of protein between induced condition with IPTG and non-induced condition, indicated that VP6 protein might be successfully expressed.The Western-Blot assay showed the same result between the cell that induced and non-induced, but it still need another confirmation. Conclusion: The resultof molecular characterization from VP6 recombinant protein and the cloned of VP6 gene that obtained from R55 and R10 rotavirus strains of Indonesia could beapplied as a preliminary study to develop rotavirus candidate vaccine based on subunit vaccine.

---

Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, danmerupakan bagian yang paling lestaridan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin. Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus. Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot. Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitopyang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut. Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut.

Abstrak :
Tat HIV 1 merupakan suatu protein regulator dari HIV 1 yang mempunyai potensi untuk digunakan sebagai vaksin HIV Protein Tat yang diioslasi dari wanita hamil yang menderita HIV di Gabon disebut juga sebagai Tat Oyi mempunyai potensi untuk dijadikan sebagai vaksin dan sistem penghantaran peptida karena sifatnya yang tidak toksik Protein Tat Oyi didapatkan dari hasil Gen Tat Oyi yang telah diekspresikan Ekspresi protein Tat Oyi dapat dilakukan dengan mengekspresikan gen Tat Oyi ke dalam suatu vektor ekspresi Ekspresi Protein membutuhkan Gen Tat Oyi dalam jumlah banyak dan konsentrasi tinggi Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi ini dilakukan dalam suatu vektor klona pBluescript KS II Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi dilakukan dengan menggunakan pengklonaan dengan ujung blunt pBluescript KS II yang berfungsi sebagai vektor dipotong terlebih dahulu dengan enzim yang memotong dengan ujung blunt EcoRV Plasmid rekombinan Tat Oyi diperbanyak dalam sel inang E coli TOP10 Hasil yang diperoleh dari pengklonaan ini adalah klona gen Tat Oyi dalam plasmid pBluescript KS II Tujuan dilakukan pengklonaan adalah untuk memperbanyak gen Tat Oyi yang akan dibutuhkan dalam proses ekspresi protein Tat Oyi. ......Tat is an regulatory protein of HIV 1 virus that has potential to be used as HIV vaccine Tat Protein from a strain of HIV 1 isolated from Gabon pregnant women that has AIDS also called as Tat Oyi has the potential to be used as vaccine and delivery peptide due to its non toxic property Tat Oyi protein is derived from expressed Tat Oyi gene Tat Oyi protein is expressed by expressing Tat Oyi gene into a expression vector Protein expression into a expression vector will need a lot of high concentration Tat Oyi gene Cloning of this gene is done by clone it into a cloning vector pBluescript KS II This cloning is done with blunt end cloning pBluescript KS II as a vector is restricted with restriction enzim that cut wiht blunt end EcoRV Recombinant Tat Oyi plasmids is cloned into a host cell E coli TOP10 This study resulting Tat Oyi synthetic gene cloned into a plasmid pBluesript KS II The purpose of cloning Tat Oyi gene is to produce a lot of Tat Oyi that will be needed at Tat Oyi protein expression.

Abstrak :
[ ABSTRAK
Kloning mendapatkan perhatian dari masyarakat ketika domba Dolly berhasil diciptakan, sebagai sebuah bukti nyata dari konsep kloning. Kloning domba Dolly yang telah berhasil menimbulkan posibilitas lain, yaitu kloning manusia. Kloning manusia sebagai sebuah konsep cenderung dilihat melalui sisi etis atau religi, atau sisi lainnya, tetapi tidak terdapat sebuah pendapat melalui kondisi mental atau kesadaran dari klon manusia itu sendiri. Jika kloning manusia merupakan sebuah posibilitas, maka pemahaman terhadap konsep kondisi mental atau kesadaran dari klon manusia perlu dibentuk melalui teori-teori dalam Philosophy of Mind, khususnya melalui argumentasi zombie pada dualisme properti dan fisikalisme.

---

ABSTRACT
Cloning caught people's attention when Dolly the sheep was produced through the process of cloning, this means the technology is closer to be able to clone human being. Human cloning tends to be criticized from ethical or religious standpoint, or other standpoint, but there is no discussion towards the concept of mind within the human clone itself. If human cloning is a possibility, then the way of understanding the concept of mind within the human clone needs to be formed through the theories of Philosophy of Mind, especially through the zombie argument in property dualism and also in physicalism., Cloning caught people’s attention when Dolly the sheep was produced through the process of cloning, this means the technology is closer to be able to clone human being. Human cloning tends to be criticized from ethical or religious standpoint, or other standpoint, but there is no discussion towards the concept of mind within the human clone itself. If human cloning is a possibility, then the way of understanding the concept of mind within the human clone needs to be formed through the theories of Philosophy of Mind, especially through the zombie argument in property dualism and also in physicalism.]

Abstrak :
HPV 16 merupakan genotipe yang paling sering terdeteksi pada kanker serviks. Berbagai varian HPV 16 telah dikategorikan berdasarkan distribusi geografisnya. Broer et al. telah melaporkan varian HPV 16 di Indonesia berdasarkan analisis gen E6, E7, dan L1. Namun, belum ada laporan mengenai analisis gen-gen lain dari isolat HPV 16 di Indonesia. Metode deteksi dan genotiping merupakan alat utama dalam deteksi infeksi dan evaluasi keberhasilan vaksin HPV. Saat ini, metode deteksi dan genotiping HPV berbasis gen E6/E7 sedang dikembangkan karena gen E6 dan E7 merupakan gen yang paling lestari pada pasien kanker serviks. Standar dan kontrol untuk akurasi deteksi dan genotiping sangat diperlukan. WHO menyediakan standar internasional berupa plasmid rekombinan yang mengandung genom lengkap HPV 16 dan 18 dari materi genetik HPV luar negeri. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dilakukan pengklonaan fragmen E6/E7 dari isolat HPV 16 Indonesia yang dapat digunakan sebagai kontrol positif deteksi HPV 16. Fragmen-fragmen dari genom HPV 16 galur UI66 diamplifikasi dengan PCR, disekuensing, kemudian dianalisis variasi genetik pada gen E6, E7, E1, E2, E4, E5, L2, parsial L1, dan LCR, serta dibandingkan dengan referensi HPV 16. Pengklonaan fragmen 1 yang mengandung gen E6/E7 dilakukan dan diuji sebagai kontrol positif deteksi HPV 16 menggunakan PCR dan real-time PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat kesamaan nukleotida dan asam amino dari masing-masing gen galur UI66 bervariasi, dengan kesamaan tertinggi berturut-turut adalah pada gen L1 parsial dan protein E7. Kekerabatan masing-masing gen dari galur UI66 sangat bervariasi. Telah diperoleh satu klon yang membawa plasmid rekombinan pUI66F1-E6/E7 yang dapat digunakan sebagai kontrol positif deteksi HPV 16 dengan target gen E6 dan E7. ---- HPV 16 is the most commonly detected genotype in cervical cancer. HPV 16 variants have been categorized based on their geographical distribution. Broer et al. have reported HPV 16 variants in Indonesia based on the analysis of E6, E7, and L1 genes. However, there have been no reports on the analysis of other genes from HPV 16 Indonesian isolates. Detection and genotyping methods are primary tools for measuring HPV infection and assessing vaccine efficacy. Currently, detection and genotyping of HPV based on E6/E7 genes are being developed since E6 and E7 are the most conserved genes in cervical cancer patients. Standards and controls for detection and genotyping accuracy are necessary. The WHO provides international standards in the form of a recombinant plasmid containing the complete genome of HPV 16 and 18 from foreign HPV genetic material. Therefore, this research involved cloning fragments of HPV 16 E6/E7 from an Indonesian isolate to be used as a positive control for HPV 16 detection. The genome fragments of HPV 16 UI66 isolates were amplified by PCR, sequenced, and then analyzed for genetic variations in E6, E7, E1, E2, E4, E5, L2, partial L1, and LCR genes, and compared with HPV 16 reference. Cloning of fragment 1, containing E6/E7 genes, was performed and tested as a positive control for HPV 16 detection using PCR and real-time PCR. The results showed that the nucleotide and amino acid similarity of UI66 isolates varied, with the highest similarity observed in the partial L1 gene and E7 protein, respectively. The phylogeny of each gene from the UI66 isolate is variable. One clone carrying the recombinant plasmid pUI66F1-E6/E7 was obtained and can be used as a positive control for HPV 16 detection with E6 and E7 genes as targets.

Abstrak :

Chikungunya merupakan penyakit menular yang bersifat re-emerging atau penyakit lama yang dapat tersebar kembali. Penyakit yang disebabkan virus chikungunya ini memiliki manifestasi klinis non-spesifik sehingga dibutuhkan metode diagnosis yang cepat dan akurat. Protein E2 yang dikode oleh gen E2 pada virus chikungunya berperan penting sebagai pengikatan reseptor sehingga berpotensi untuk digunakan dalam proses diagnosis penyakit chikungunya. Penelitian ini bertujuan menghasilkan protein rekombinan E2 sebagai bahan dasar produksi antibodi monoklonal yang akan digunakan dalam pengembangan perangkat diagnostik penyakit chikungunya. Metode penelitian yang dilakukan mencakup pembentukan plasmid rekombinan pPICZaA-E2, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang Escherichia coli, analisis koloni transforman, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang ekspresi Pichia pastoris X-33, analisis fenotipe, hingga ekspresi protein rekombinan E2. Hasil penelitian menunjukkan 281 koloni E. coli transforman pPICZaA-E2 dapat tumbuh pada medium yang mengandung antibiotik zeocin. Hasil analisis PCR koloni transforman menunjukkan gen E2 dengan ukuran 1.260 bp berhasil ditransformasikan ke sel inang E. coli menggunakan vektor pICZaA dengan ukuran 3.569 bp. Hasil analisis PCR genom berhasil mengamplifikasi gen AOX1 berukuran 2,2 kb dan 1,8 kb yang menunjukkan plasmid rekombinan berhasil terintegrasi pada genom P. pastoris dan menghasilkan fenotipe Mut⁺. Pita protein berukuran 40 kDa pada hasil SDS-PAGE menunjukkan protein E2 berhasil terekspresi.

---

Chikungunya is known as an infectious, re-emerging disease. Because of the non-specific clinical manifestation, chikungunya needs a rapid and accurate diagnostic method for its detection. Envelope 2 (E2) protein coded by E2 gene in the genome of the virus has an important role as an attachment receptor to a cell that made it potential to be used for diagnosis. This research is aimed to obtain E2 recombinant protein as a basic material for monoclonal antibody production in chikungunya rapid diagnostic test kit development. Chikungunya E2 gene is amplified and ligated with pPICZaA vector to make recombinant DNA clones from E. coli. The clones then isolated and used for protein expression in P. pastoris. The result shows 281 transformants of E. coli colonies can grow on a selection medium that contains zeocin. Analysis of direct colony PCR show E2 gene was transformed and cloned using pPICZaA vector. Analysis of genomic PCR shows 2,2 kb and 1,8 kb bands formed that indicate AOX1 gene was amplified and the integration of recombinant plasmid pPICZaA to P. pastoris genome was successful. Visualization of protein electrophoresis shows protein band was formed at the size of40 kDa that indicate the protein expression was successful.