Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Enzim merupakan biokatalis yang banyak dimanfaatkan dalam industri sebagai alternatif dari penggunaan bahan-bahan kimia yang mencemari lingkungan, salah satu diantaranya adalah enzim xilanase. Xilanase dalam industri dapat digunakan dalam proses pemutihan kertas, campuran pakan ternak, penjernihan sirup, produksi gula xilosa, dan sebagainya. Teknologi proses dalam industri umumnya dilakukan pada suhu dan pH yang tinggi, oleh karena itu dibutuhkan xilanase yang bersifat alkalotermofilik. Teknologi DNA rekombinan dilakukan agar enzim yang diproduksi mudah dimanipulasi dan dikembangkan untuk efesiensi. Laboratorium Teknologi Bioindustri, Pusat Laboratorium Bioindustri, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) yang berada di Puspiptek, Serpong, Jawa Barat telah mengisolasi isolat CMU dari Sumber Air Panas Cimanggu yang positif menghasilkan xilanase alkalotermofilik. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan kloning gen penyandi enzim xilanase alkalotermofilik serta ekspresi enzim rekombinannya pada Escherichia coli. Hasil identifikasi daerah 16S rRNA secara parsial pada isolat ini menunjukkan bahwa isolat CMU berafiliasi pada Bacillus halodurans. Gen penyandi xilanase alkalotermofilik telah berhasil diamplifikasi dari genom isolat CMU dan dikloning ke dalam E.coli DH5α dengan menggunakan vektor pGEM-T Easy. Dari proses transformasi hasil ligasi vektor dan produk PCR menghasilkan 2 bakteri rekombinan, yang membawa gen xilanase yang mempunyai perbedaan sekuens, dinamakan Klon 2 dan Klon 3. Analisa aktivitas produk gen dari E.coli DH5α rekombinan Klon 2 dan Klon 3 menunjukkan bahwa bakteri rekombinan ini menghasilkan enzim xilanase yang alkalotermofilik dengan profil berbeda. Aktivitas enzim xilanase pada Klon 2 optimal pada pH 11 dan suhu 70oC (16,52 U/mg) sedangkan Klon 3 optimal pada pH 8 dan suhu 60oC (17,65 U/mg).

---

Enzyme known as a catalyst that has been widely used in industries as an alternative of chemicals process that polluted the environment. One of the important enzymes in industries is xylanase enzyme. Xylanase in industry can be used for bleaching process of pulp, rarefaction of syrup, producing of xylose sugar, mixed fodder, and so forth. Technology process in industry are generally conducted at high temperature and pH. Therefore, it requires a xylanase that has alkalothermophilic character. Recombinant DNA technology can make the gene product easily manipulated for efficiency. Center for Bio-industrial technology, The Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT) has isolated an isolate from Cimanggu Hot Spring that potentially produced an alkalothermophilic xylanase. The isolate designed as CMU.

The purpose of this study is to clone the encoding gene of alkalothermophilic xylanase and to express this gene in Escherichia coli. The region identification result of 16S rRNA of this isolate showed that the CMU isolate is closed relative to Bacillus halodurans species. The gene encoding for alkalothermophilic xyalanase has been amplified from chromosomal DNA of CMU isolate and succesfully cloned into E.coli DH5α using the pGEM-T Easy vector. The ligation and transformation produces two recombinant bacteria with different sequence, namely Clone- 2 and Clone- 3. Xylanase activity assay showed that both recombinant E. coli have xylanase activity. The maximum activity of xylanase in clone-2 and clone-3 were reached at pH 11 and 700C (16.52 U/mg), and at pH 8 and 600C (17.65 U/mg), respectively."

"Menjamurnya jurnalisme kloning di kalangan jurnalis media siber atau yang biasa dikenal dengan sebutan jurnalisme online telah mengakibatkan menurunnya kualitas berita yang beredar di masyarakat. Padahal seharusnya sudah menjadi hak masyarakat untuk mendapatkan informasi yang faktual dan aktual. Jurnalisme kloning juga menyebabkan perspektif dari informasi yang diterima oleh masyarakat menjadi homogen. Di dalam tulisan ini penulis menyimpulkan bahwa terdapat beberapa jenis plagiarisme yang marak terjadi di kalangan jurnalis media online. Selain itu, terdapat juga berbagai metode penulisan berita yang sangat dekat dengan plagiarisme terjadi, seperti patchwriting dan excessive aggregator.The proliferation of news plagiarism among cyber media journalists or commonly known as online journalism has resulted in decreasing quality of news circulating in the community. When it should have become the public's right to obtain information that is factual and actual. News plagiarism has also causes the perspective of the information received by the community becomes homogeneous. In this paper, the author found that there are some type of plagiarism that online journalists oftenly did. Moreover, there are few of news-writing methods that is close-to plagiarism popular to online journalists, such as patchwriting and excessive aggregator.;;"

"ABSTRAKHepatitis C virus HCV menginfeksi lebih dari 170 juta penduduk dunia dan menyebabkan penyakit hati kronis yang berkembang menjadi sirosis dan kanker hati. Diagnosis yang akurat sangat diperlukan untuk memberikan penanganan tepat secara dini, termasuk mencegah penularan virus tersebut secara lebih luas. Pada penelitian ini plasmid pQE80L-HCV_ME telah berhasil dibuat untuk produksi antigen rekombinan HCV. Gen pengkode antigen tersebut dirancang berdasarkan multiepitop yang bersifat imunodominan, lestari, mewakili subtipe HCV di Indonesia dan global. Gen tersebut dibuat dengan teknik DNA sintetik kemudian diklona dari plasmid pUC57 ke pQE80L. Pengklonaan dilakukan menggunakan situs restriksi BamHI dan HindIII dalam sel E. coli Top10. Plasmid pQE80L-HCV_ME kemudian diverifikasi dengan PCR koloni, analisis restriksi, dan sekuensing.

---

ABSTRACTHepatitis C virus HCV have been infected more than 170 million people in the world and caused chronic liver disease that lead to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Accurate diagnosis is very important to give early proper treatment and to prevent HCV transmission broadly. In this research pQE80L HCV ME plasmid has been successfully created to produce HCV recombinant antigen. Gene that encodes antigen was designed based on multiepitop sequences from immunodominat region, conserve, and represent the most prevalence HCV subtypes in Indonesia and global. The gene was generated through synthetic DNA then be cloned from pUC57 plasmid to pQE80L. Cloning was performed by using BamHI dan HindIII in E. coli Top10 cell. pQE80L HCV ME plasmid then be verified by colonies PCR, restriction analysis, and sequencing."

"Peningkatan ekspresi gen Sox2 dan c-Myc telah dilaporkan memiliki korelasi dengan tingkat keparahan kanker payudara. Sox2 dan c-Myc merupakan faktor transkripsi utama yang berperan dalam proses diferensiasi sel punca kanker. Penelitian ini bertujuan mengkonstruksi gen penyandi pluripotensi Sox2 dan c-Myc ke dalam sel inang Escherichia coli DH5α dengan menggunakan plasmid pET101/D-TOPO. Prinsip kloning yang dilakukan adalah dengan mengklon DNA binding domain dari gen Sox2 dan c-Myc. Untuk mendapatkan DNA Sox2 dan c-Myc, dilakukan reverse-transcriptase polymaerase chain reaction (RT-PCR) dengan menggunakan template mRNA dari sel punca kanker payudara serta aplifikasi dengan PCR untuk mendapatkan fragmen DNA dalam jumlah banyak. Forward primer dan reverse primer yang digunakan dirancang dengan menggunakan data dari NCBI GenBank dan UNIPROT serta program Serial Cloner dan PerlPrimer. Sebelum dikloning, dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan BLAST. Fragmen DNA diligasi berdasarkan prinsip penambahan empat basa pada forward primer (CACC) yang overhang terhadap ujung 5' vektor kloning (GTGG). Hasil ligasi ditransformasi menggunakan metode secara kimia dengan CaCl2 dan heat shock. Koloni yang tumbuh direplika dan dilakukan isolasi plasmid. Hasil PCR plasmid rekombinan menunjukkan bahwa gen Sox2 dan c-Myc berhasil disisipkan ke dalam vektor.

---

Increase in Sox2 and c-Myc gene expression have been reported to correlate with the severity of breast cancer. Sox2 and c-Myc is the major transcription factor in the process of stem cell differentiation. The objective of this study is to construct the gene coding of pluripotency, Sox2 and c-Myc, into Escherichia coli DH5α host cell by using the pET101/D-TOPO vector. The cloning principle is to clone the binding site domain of Sox2 and c-Myc. In order to get the Sox2 and c-Myc DNA, reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was carried out using mRNA template from breast cancer stem cell and amplification using PCR to obtain DNA fragment in large quantities. Forward primer used were designed using the data from NCBI GenBank and UNIPROT with Serial Cloner and PerlPimer program. Sequencing was carried out before the cloning process. The sequencing result were analyzed using BLAST. DNA frgament was ligated using principle of four base addition to the forward primer (CACC) which overhang in the 5' and of cloning vector (GTGG). The ligation product was transformed using the chemical method with CaCl2 and heat shock. The colonies were replicated and the plasmid was isolated. The result showed that Sox2 and c-Myc was successfully inserted into the vector."

"Tat HIV 1 merupakan suatu protein regulator dari HIV 1 yang mempunyai potensi untuk digunakan sebagai vaksin HIV Protein Tat yang diioslasi dari wanita hamil yang menderita HIV di Gabon disebut juga sebagai Tat Oyi mempunyai potensi untuk dijadikan sebagai vaksin dan sistem penghantaran peptida karena sifatnya yang tidak toksik Protein Tat Oyi didapatkan dari hasil Gen Tat Oyi yang telah diekspresikan Ekspresi protein Tat Oyi dapat dilakukan dengan mengekspresikan gen Tat Oyi ke dalam suatu vektor ekspresi Ekspresi Protein membutuhkan Gen Tat Oyi dalam jumlah banyak dan konsentrasi tinggi Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi ini dilakukan dalam suatu vektor klona pBluescript KS II Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi dilakukan dengan menggunakan pengklonaan dengan ujung blunt pBluescript KS II yang berfungsi sebagai vektor dipotong terlebih dahulu dengan enzim yang memotong dengan ujung blunt EcoRV Plasmid rekombinan Tat Oyi diperbanyak dalam sel inang E coli TOP10 Hasil yang diperoleh dari pengklonaan ini adalah klona gen Tat Oyi dalam plasmid pBluescript KS II Tujuan dilakukan pengklonaan adalah untuk memperbanyak gen Tat Oyi yang akan dibutuhkan dalam proses ekspresi protein Tat Oyi.

---

Tat is an regulatory protein of HIV 1 virus that has potential to be used as HIV vaccine Tat Protein from a strain of HIV 1 isolated from Gabon pregnant women that has AIDS also called as Tat Oyi has the potential to be used as vaccine and delivery peptide due to its non toxic property Tat Oyi protein is derived from expressed Tat Oyi gene Tat Oyi protein is expressed by expressing Tat Oyi gene into a expression vector Protein expression into a expression vector will need a lot of high concentration Tat Oyi gene Cloning of this gene is done by clone it into a cloning vector pBluescript KS II This cloning is done with blunt end cloning pBluescript KS II as a vector is restricted with restriction enzim that cut wiht blunt end EcoRV Recombinant Tat Oyi plasmids is cloned into a host cell E coli TOP10 This study resulting Tat Oyi synthetic gene cloned into a plasmid pBluesript KS II The purpose of cloning Tat Oyi gene is to produce a lot of Tat Oyi that will be needed at Tat Oyi protein expression."

"Background: VP6 protein is an intermediate layer on rotavirus outer capsid shell which is the major structural protein and play an important role in replication cycle. VP6 protein is a conserved region that can induce immune response as target protein of T cell with cross-reactive epitopes within another genotypes.Objectives: This research conducted to determine the molecular characterization of rotavirus VP6 recombinant protein of Indonesia strain, and to determine the clone and expression of VP6 protein in Escherichia coli BL21 for development of rotavirus vaccine.Methods: Rotavirus RNA was extracted from clinical sample of R55 and R10 strains that having correlation with genotipes I and II rotavirus. RNA samples were amplified with RT-PCR reaction and produced 1194 bp amplicon, and sequencing reaction were conducted to confirm and analyze the molecular characterization of VP6 protein in bioinformatics. VP6 gene as insert and pQE-80L plasmids as vector were double restricted and then ligated by ligation enzyme. Product of ligation were transformed to E.coli Top 10 competent cells and the clones were selected to get the recombinant plasmids which bearing VP6 gene. The recombinant plasmid than subcloned to E.coli BL21 competent cells and induced by IPTG and its pellets were loaded directly onto SDS-PAGE, approximately 45 kDa protein was observed on the SDS-PAGE. The protein was analyzed using Western-blotting.Results: Level of amino acids homology from R55 and R10 rotavirus strain compared with vaccine strains and vaccine candidate strains showed high level of homology, with the conserved regions of T-cell epitopes. R55 strain having close relativity with genotype I while R10 strain having close relativitywith genotype II. there are the same level of hydrophobicity between R55 and R10 which indicated as surface proteins or as a hydrophilic protein. The differences of secondary structure between R55 and R10 in amino acids position of 149-152 and 341-349. The VP6 cloned obtained from E.coli Top 10 with pQE-80L plasmid. The profile of expressed VP6 recombinant protein from R55 and R10 strains in SDS-PAGEshowed the different intensity of protein between induced condition with IPTG and non-induced condition, indicated that VP6 protein might be successfully expressed.The Western-Blot assay showed the same result between the cell that induced and non-induced, but it still need another confirmation.Conclusion: The resultof molecular characterization from VP6 recombinant protein and the cloned of VP6 gene that obtained from R55 and R10 rotavirus strains of Indonesia could beapplied as a preliminary study to develop rotavirus candidate vaccine based on subunit vaccine.

---

Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, danmerupakan bagian yang paling lestaridan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin.Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus.Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot.Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitopyang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut.Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut."

"[ ABSTRAKKloning mendapatkan perhatian dari masyarakat ketika domba Dolly berhasildiciptakan, sebagai sebuah bukti nyata dari konsep kloning. Kloning domba Dollyyang telah berhasil menimbulkan posibilitas lain, yaitu kloning manusia. Kloningmanusia sebagai sebuah konsep cenderung dilihat melalui sisi etis atau religi, atausisi lainnya, tetapi tidak terdapat sebuah pendapat melalui kondisi mental ataukesadaran dari klon manusia itu sendiri. Jika kloning manusia merupakan sebuahposibilitas, maka pemahaman terhadap konsep kondisi mental atau kesadaran dariklon manusia perlu dibentuk melalui teori-teori dalam Philosophy of Mind,khususnya melalui argumentasi zombie pada dualisme properti dan fisikalisme.

---

ABSTRACTCloning caught people's attention when Dolly the sheep was produced throughthe process of cloning, this means the technology is closer to be able to clonehuman being. Human cloning tends to be criticized from ethical or religiousstandpoint, or other standpoint, but there is no discussion towards the concept ofmind within the human clone itself. If human cloning is a possibility, then the wayof understanding the concept of mind within the human clone needs to be formedthrough the theories of Philosophy of Mind, especially through the zombieargument in property dualism and also in physicalism., Cloning caught people’s attention when Dolly the sheep was produced throughthe process of cloning, this means the technology is closer to be able to clonehuman being. Human cloning tends to be criticized from ethical or religiousstandpoint, or other standpoint, but there is no discussion towards the concept ofmind within the human clone itself. If human cloning is a possibility, then the wayof understanding the concept of mind within the human clone needs to be formedthrough the theories of Philosophy of Mind, especially through the zombieargument in property dualism and also in physicalism.]"

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star?(DE3) telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21 Star?(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3 mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71 (accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star?(DE3) berhasil dilakukan."