"
ABSTRAKPendahuluan: Jalur gen Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) berperan
dalam regulasi proliferasi sel, ketahanan hidup, diferensiasi, dan progresi tumor.
Gen EGFR dengan domain tirosin kinase dalam ekson 18-21 yang mengalami
mutasi berkorelasi secara respons klinik dengan pemberian Tyrosine Kinase
Inhibitor (TKI). Hal tersebut menyebabkan status mutasi gen EGFR menjadi
faktor prediktif dalam pemberian TKI pada Kanker Paru Karsinoma Bukan Sel
Kecil (KPKBSK). Namun pemeriksaan baku emas dalam mendeteksi mutasi gen
EGFR adalah menggunakan direct sequencing yang membutuhkan jumlah sampel
dengan sel kanker yang banyak, dengan sensitifitas yang rendah dan teknik yang
tidak seragam.
Metode penelitian: Metode PNA-LNA PCR Clamp mampu mendeteksi mutasi
gen EGFR dengan rasio 1:1000 pada latar wild type. Metode ini menggunakan
mekanisme imhibisi oleh Peptide Nucleic Acid (PNA) dan Locked Nucleic Acid
(LNA) dalam urutan yang hampir sama ketika diamplifikasi menggunakan mesin
real time PCR. Alel wild type a.kan dihambat oleh PNA sementara itu alel mutan
akan berikatan dengan LNA dan ketika terjadi proses amplifikasi oleh DNA
polimerase maka akan menyebabkan probe fluorogenik akan terpisah dan
berpendar seiring dengan semakin meningkatnya siklus yang akan dideteksi oleh
mesin SmartCycler. Hasil analisis dapat dijalankan selama 2 jam setelah
dilakukan isolasi DNA. Sampel yang digunakan adalah PC9 (adenokarsinoma),
PC3 (kanker prostate), H1975 (KPKBSK), dan H1299 H1975 (KPKBSK),
Masing-masing sampel yang dibutuhkan adalah 15 μl dengan konsentrasi DNA 10
ng/μl.
Hasil Penelitian: Metode PNA-LNA PCR Clamp mampu mendeteksi jenis
mutasi E746-A750del-1p (tipe 1) pada sampel PC9 , delesi ekson 19 pada sampel
PC3, T790M dan L858R pada sampel H1975, sementara itu tidak ditemukan
mutasi pada sampel H1299.
Kesimpulan: Metode PNA-LNA PCR Clamp dapat digunakan sebagai
pemeriksaan alternatif dalam mendeteksi mutasi gen EGFR.
ABSTRACTIntroduction: Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) signaling pathway
play a role in regulation of cell proliferation, survival, differentiation and tumor
progression. Tyrosin kinase domain within exon 18-21 of EGFR gene had
mutation significantly correlated with clinical response to Tyrosine Kinase
Inhibitor (TKI). Thus, EGFR gene mutation become a biomarker predictor to Non
Small Cell Lung Cancer (NSCLC) treatment. However, the gold standar in
detecting EGFR gene mutation is direct sequencing method which requires mostly
cancer cells, low sensitivity and ununiformly technical handling..
Methods: A novel method which could allow detect EGFR gene mutation in
1:1000 wild type background has developed. It needs only a small amount of
citology or histopatology samples in one day processing. It works based on
inhibitory mechanism between Peptide Nucleic Acid (PNA) and Locked Nucleic
Acid (LNA) in the nearly same sequences when it is amplified by PCR machine.
PNA will attach to wild type allele so further amplification would be inhibited
while LNA will attach to mutant allele then it would be flourecence when it is
separated from sequencer during amplification by Taqman enzyme. Finally, Real
time PCR machine will detect the signal from the mutant sequence thus mutant
determination would be analyzed after 2 hours running. The samples are PC9
(adenocarcinoma), PC3 (prostate cancer), H1975 (non small cell lung cancer), and
H1299 (non small cell lung cancer). Total amount of each sample is 15 μl with
DNA concentration is 10 ng/μl.
Results: This method reveals the mutations which are E746-A750del-1p (type 1)
in PC9, exon 19 deletion in PC3, T790M and L858R in H1975 while no mutation
in H1299.
Conclusion The PNA-LNA PCR Clamp could be an alternative method in
detecting EGFR gene mutation."
