Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Berdasarkan hasil penelitian yang pernah dilakukan, diketahui bahwa di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu bagi wanita. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan berdasarkan virulensinya dalam menimbulkan kanker rahim sebagai berikut, yaitu kelompok resiko tinggi dan resiko rendah. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk tingkat resiko tinggi adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim, diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Struktur vaksin cVLP tersebut telah ditemukan dalam penelitian sebelumnya . Dalam kajian ini akan diteliti dampak modifikasi pos translasi , pencarian domain pada cVLP tersebut, dan host yang cocok untuk ekspresi cVLP dengan bantuan software PROSITE , InterProScan, dan Integr8. Dalam kajian in silico ini ditemukan 6 situs modifikasi pos translasi, yaitu situs N-Glikosilasi, N-Miristoilasi, Fosforilasi Protein Kinase dependen cAMP dan cGMP, Fosforilasi Kasein Kinase II, Amidasi, dan fosforilasi protein kinase C. Modifikasi pos translasi ini terjadi terutama pada host eukariot, khususnya pada Saccaromyces cerevicae. Pada S.cereviceae, modifikasi yang terjadi umumnya adalah N-Glikosilasi. Pada virus yang serumpun dengan HPV, yaitu HBV (virus Hepatitis B), modifikasi pos translasi yang terjadi adalah pembentukan lipid lapisan ganda. Berdasarkan kajian in silico, maka modifikasi pos translasi yang dominan adalah Glikosilasi. Pencarian in silico terhadap database domain protein menemukan homologi yang sangat tinggi antara cVLP dengan Kapsid Virion HPV L1 tipe 16."

"Infeksi Human Papillomavirus (HPV) memiliki korelasi yang erat dengan insidensi kanker serviks. Pada penelitian ini dikembangkan chimeric virus like particles (cVLP) sebagai kandidat vaksin untuk mencegah kanker serviks. cVLP dikembangkan dengan mensubstitusi epitop dari protein HPV-18 L1 dan HPV-52 L1 dengan protein HPV-16 L1. Pada penelitian ini ditemukan empat desain vaksin kimerik, yaitu ANN1, ANN2, HMM1, dan HMM2. Kajian ini akan menentukan efek dari modifikasi pos translasi. Berdasarkan kajian in silico, modifikasi pos translasi yang dominan adalah glikosilasi.

---

Computational Study of Post Translation Modification in Chimeric Virus Like Particles Vaccine of Human Papilloma Virus with Virion Capsid L1. The Human Papillomavirus (HPV) infection has a tight correlation with the incidence of cervical cancer. Chimeric virus like particles (cVLP) has been developed as vaccine candidate for preventing cervical cancer. cVLPs are improvement of Virus Like Particles (VLP) by substituting the epitope of L1 HPV -18 and -52 protein to L1 HPV -16 protein. They are ANN1, ANN2, HMM1, and HMM2. The impact of post translation modification will be determined. Based on In Silico study, the dominant post translation modification is glycosylation."

"ABSTRAKKanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh parawanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia.Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalamkemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi duatipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-riskdi dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yangterjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatuvaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimericVirus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan caramensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 kedalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicurespon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksiepitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metodealgoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational EpitopePrediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingansimilaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91%identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homologymodeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darlhasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapatstruktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yangdirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagaivaksin"

"Kanker mulut rahim adalah Ranker yang paling banyak terjadi diantarasemua jenis kanker yang ada dan merupakan penyebab angka kematlanterbesar di dunia termasuk di Indonesia. Penyebab utama kanker mulut rahimadalah Human Paviloma Vims (HPV), virus yang termasuk dalam kelompokpapova virus. Tindakan yang umum dilakukan pada pencegahan danpengobatan kanker mulut rahim dilakukan dengan mengamati perkembangansel kanker mulut rahim dengan metode pap smear. Perkembangan terakhir/■adalah pengembangan Hybrid Capture, kit pendeteksi kanker mulut rahimdengan memonitoring virus HPV penyebab kanker tersebut yang mendeteksimateri genetik HPV penyebab kanker mulut rahim. Terobosan ini menjadisangat menjanjikan seiring perkembangan bioteknologi dan bioinformatikyang sangat pesat pada tahun-tahun terakhir. Pada penelitian ini dilakukanstudi bioinformatik pada genom HPV dan desain primer yang selektif hanyaterhadap tipe HPV penyebab kanker mulut rahim untuk selanjutnyadigunakan sebagai pengganti probe pada modifikasi Hybrid Capture. Metodeyang digunakan adalah dengan melakukan serangkaian multiple alignmentterhadap genom HPV untuk mencari conserve region spesifik. Conserveregion ini akan digunakan sebagai template perancangan primer. Multiplealignment dilakukan terhadap genom HPV yang terlebih dulu dikelompokkanmenurut tempat hidup virus dan keterkaitan virus dengan kanker mulut rahim.Conserve region hasil multiple alignment dari masing-masing-kelompok kemudian dipisahkan dari sikuens genom totalnya dan selanjutnya dilakukanmultiple alignment terhadap conserve region yang didapat pada masingmasingkelompok HPVuntuk mendapatkan conserve region spesifik.Keseluruhan proses multiple alignment yang dilakukan menghasilkan 6conserve region yang spesifik hanya dimiliki oleh kelompok virus penyebabkanker mulut rahim {genital high-risk cancer dan genital low-risk cancer)dengan ukuran sikuens yang beragam. Kemudian enam conserve regiontersebut digunakan sebagai template perancangan primer spesifik terhadaptipe virus penyebab kanker mulut rahim. Terhadap kandidat primer hasilrancangan menggunakan enam conserve region yang dihasilkan, dilakukanuji selektivitas dengan menggunakan BLAST pada database sehinggadidapatkan satu conserve region terbaik dengan ukuran 117pb yangmenghasilkan 3 primer yang memiliki selektivitas tertinggi diantara kandidatprimer yang didapat."

"Kanker serviks merupakan penyebab kematian kedua terbanyak pada wanita diseluruh dunia. Kanker serviks umumnya disebabkan oleh human pappilomavirus (HPV) onkogenik. Inhibisi aktivitas enzim histone deacetylase (HDAC) merupakan salah satu strategi potensial untuk terapi kanker. Largazol dilaporkan memiliki aktivitas inhibisi lebih besar dibandingkan romidepsin, senyawa peptida siklik dalam obat komersil, Istodax. Pada penelitian ini dilakukan modifikasi largazol pada bagian penghubung, zinc binding group dan hydrophobic cap bertujuan untuk meningkatkan selektivitas dan kemampuan inhibisi. Penambatan molekul terhadap 3429 ligan modifikasi dan standar dilakukan sebagai penapisan virtual dengan hasil 10 ligan terbaik dengan nilai ΔGbinding terendah untuk semua tipe HDAC kelas I Homo sapiens dibandingkan standar. Simulasi dinamika dilakukan pada ligan terbaik dengan nilai ΔGbinding terendah dan drug scan terhadap prediksi sifat farmakologi dan toksisitas terbaik, yaitu ligan Be2L1. Simulasi dinamika dilakukan dalam kondisi dipengaruhi oleh pelarut. Penambatan molekul dan simulasi dinamika dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Studi simulasi dinamika menunjukkan bahwa kompleks enzim-ligan ini stabil pada suhu 310 K dengan urutan kestabilan dari yang terbaik berturut-turut adalah HDAC 1, 2, 8 dan 3.

---

Cervical cancer is the second largest cause of death in women worldwide. Cervical cancer is generally caused by oncogenic human pappilomavirus (HPV). Inhibition of histone deacetylase (HDAC) activity is one of a potential strategy for cervical cancer therapy. Largazole reported to have greater inhibition activity than rhomidepsin, cyclic peptide compounds in commercial drugs named Istodax. In this research, the modifications of largazole on the linker, zinc binding group and hydrophobic cap aim to improve the selectivity and inhibition activity. The docking of 3429 modification ligands and standards performed as virtual screening and the results are 10 best ligands with the lowest ΔGbinding values for all types of HDAC class I Homo sapiens than standards. Molecular dynamics simulation was performed on the ligand with the lowest ΔGbinding value and the best drug scan results of pharmacological properties and toxicity prediction is Be2L1 ligand. Dynamics simulation conducted in hydrated conditions. Molecular docking and dynamics simulation were performed using MOE 2008.10. Dynamics simulation study showed that enzyme-ligand co."

"ABSTRAK Tujuan : Mengetahui nilai Akurasi Diagnostik berupa sensitivitas, spesifisitas,nilai duga positif dan nilai duga negatif Servikografi Modifikasi dan IVA.Metode : Penelitian yang akan dilakukan merupakan penelitian uji diagnostikdengan membandingkan akurasi diagnostik Servikografi Modifikasi dengan IVA.Didapatkan 185 sampel, semua sampel akan diperiksa di poliklinik Ginekologiberturut-turut IVA, servikografi modifikasi dan kolposkopi pada Feberuari 2015 -April 2015. Hasil : Dari hasil pemeriksaan IVA, servikografi modifikasi dan kolposkopi didapatkan hasil IVA positif sebanyak 7%, servikografi modifikasi dengan hasil positif sebanyak 7.6% dan kolposkopi abnormal sebanyak 5.4%. Sehinggadidapatkan hasil sensitifitas IVA sebesar 96% dan servikografi modifikasisebesar 97.7%. Spesifisitas didapatkan hasil sensitifitas IVA sebesar 90.9% dan servikografi modifikasi sebesar 90.9%.Kesimpulan : Nilai akurasi diagnostik servikografi modifikasi dan IVA dapatdinyatakan sebanding dan dapat digunakan bersama dengan pemeriksaan IVAsebagai alternatif pemeriksaan lesi pra kanker.;ABSTRACT Objective : To know the difference of diagnostic accuration between acetoacetate

visual inspection and modified cervicography as an alternative screening of

cervical cancer lesion.

Methods : This was an cross-sectional study that was performed at RSUPN Dr.

Cipto Mangunkusumo from February 2015 until April 2015.

Results : 185 patients were admitted on this study. Sensitivity and specificity of

visual acetoacid inspection were 96% and 90,9%. Sensitivity and specificity of

modified cervicography were 97,7% and 90,9% compared to colposcopy as a gold

standard.

Conclusion : Modified cervicography and VIA are reliabe tools for cervical

cancer screening. Modified cervicography could be use as an alternative tool to

improve the documentation of VIA. "