Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 91627 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Nunik Utami
Deteksi mikroba penyebab uveitis menggunakan uji real time pcr pada cairan akuos = Microbial detection cause uveitis using real time pcr of aqueous humor
"Uveitis jarang terjadi dengan insidens sekitar 52/100.000 penduduk/tahun namun dapat mengakibatkan kebutaan. Diagnosis uveitis di Indonesia selama ini berdasarkan gambaran klinis dan belum dibuktikan dengan pemeriksaan deteksi mikroba sehingga belum diketahui prevalensi patogen uveitis. Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan peran uji real time PCR sebagai pendukung diagnosis etiologi sehingga dapat diketahui proporsi Mycobacterium tuberculosis, Toxoplasma gondii, Rubella, Herpes simplex, Varicella zoster, Epstein barr, Cytomegalovirus sebagai penyebab uveitis dan analisis kesesuaian diagnosis klinis dengan hasil pemeriksaan real time PCR. Pengambilan sampel cairan akuos dilakukan di Departemen Ilmu Kesehatan Mata FKUI-RSCM, sedangkan untuk uji real time PCR dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI-RSCM selama rentang waktu Oktober 2016 sampai Mei 2017. Terdapat total 81 pasien dengan diagnosis klinis uveitis infeksi 32, 22 uveitis non-infeksi, dan 27 idiopatik. Berdasarkan uji real time PCR diperoleh hasil bahwa patogen terbanyak yaitu CMV diikuti oleh Toxoplasma Gondii dan Mycobacterium tuberculosis. Mikroba terdeteksi pada 14 spesimen diantara 32 uveitis infeksi, 1 spesimen diantara 22 uveitis non-infeksi, dan 2 diantara 27 uveitis idopatik. Dari 17 hasil positif real time PCR 13 sampel menunjukkan hasil PCR yang sesuai dengan klinis sedangkan 4 sampel tidak sesuai. Deteksi mikroba menggunakan pemeriksaan PCR pada cairan akuos dapat membantu dalam penegakan diagnosis dan tatalaksana uveitis dengan tepat.
Uveitis is a rare disease with an incidence of 52 100,000 population year but can cause blindness. The diagnosis of uveitis in Indonesia has been upheld primarily based on clinical features and has not been proven by microbial detection, so it is never known precisely the prevalence of uveitis pathogens. This study aims to increase the role of microbiological examination of real time PCR as supporting the etiology diagnosis so that it can be known the proportion of Mycobacterium tuberculosis, Toxoplasma gondii, Rubella, Herpes simplex, Varicella zoster, Epstein barr, Cytomegalovirus as cause of uveitis and assess a clinical diagnosis accordance with real time PCR results. Aqueous tap was conducted at the Department of Opthalmology FMUI RSCM, while for real time PCR was conducted at Clinical Microbiology Laboratory FMUI RSCM during October 2016 until May 2017. There were a total of 81 patients with clinical diagnosis consisting of 32 infectious uveitis, 22 non infectious uveitis, and 27 idiopathic uveitis. Based on real time PCR results obtained that the most common pathogens are CMV followed by Toxoplasma Gondii and Mycobacterium tuberculosis. Microbes were detected in 14 specimens among 32 infectious uveitis, 1 sample among 22 non infectious uveitis, and 2 of 27 idiopathic uveitis. Out of 17 positive results of real time PCR 13 samples showed a clinically accordance with the real time PCR result whereas 4 samples did not. Microbial detection using PCR of aqueous humor is helpful in diagnosing and management of uveitis."
2018
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eka Octaviani Budiningtyas
Uji diagnostik metode Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip terhadap Real-Time Polymerase Chain Reaction Tunggal untuk deteksi Multi-Patogen pada uveitis : analisis Humor Akuos = Diagnostic study of Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction Strip assay in comparison with Single Real-Time Polymerase Chain Reaction for Multi-Pathogen detection in uveitis : Aqueous Humor analysis
"Latar Belakang: Uveitis infeksi di Indonesia berkisar antara 30-60% dari total kasus uveitis. Identifikasi patogen etiologi infeksi sangat penting agar dapat diberikan terapi antimikroba yang sesuai dengan segera sehingga komplikasi kebutaan dapat diminimalisir. Dewasa ini, perkembangan teknologi biologi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk deteksi uveitis infeksi sedang berkembang pesat.
Tujuan: Melakukan uji validasi diagnostik pada metode PCR Multiplex dibandingkan dengan metode PCR Tunggal.
Metodologi: Uji diagnostik untuk menentukan sensitivitas dan spesifisitas dari alat Real-Time PCR Multiplex terhadap PCR Tunggal dari spesimen cairan intraokular humor akuos yang diambil dari parasentesis bilik mata depan. Dilakukan pemeriksaan PCR terhadap patogen Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Hasil: Dilakukan analisis uji diagnostik pada 46 subjek penelitian. Didapatkan hasil sensitivitas sebesar 57.14% dan spesifisitas sebesar 100%. Positivity rate terbanyak didapatkan untuk patogen VZV (n=4), dan tidak didapatkan hasil positif terhadap deteksi patogen M.tuberculosis. Patogen T.pallidum berhasil dideteksi sebanyak 4.34% (n=2) oleh PCR Multiplex.
Kesimpulan: Metode PCR Multiplex pada penelitian ini memiliki sensitivitas yang rendah dengan spesifisitas yang tinggi. Hasil positif pada PCR Multiplex dapat bermanfaat untuk mendiagnosis pasien dengan uveitis infeksi.
Background: In Indonesia, infectious uveitis represents 30-60% of the country’s total uveitis cases. The identification of etiological pathogens is imperative to immediately select and administer the appropriate antimicrobial therapy in infectious uveitis, thereby complications of blindness can be minimized. Currently, the development of molecular biology technology using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method for detection of infectious uveitis pathogens is growing rapidly.
Objective: To compare the diagnostic validation test results of the Multiplex PCR method and Single PCR method.
Method: Diagnostic test to determine the sensitivity and specificity of the Multiplex Real-Time PCR device against the Single PCR of aqueous humor intraocular fluid specimens taken from anterior chamber paracentesis. PCR examinations were carried out to identify the pathogens of Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), Toxoplasma gondii (T.gondii), Herpes Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Cytomegalovirus, dan Treponema pallidum.
Result: A diagnostic test analysis was performed on 46 study subjects. The results obtained 57.14% sensitivity and 100% specificity. Highest positivity rate was obtained for VZV pathogens, while positive results were not obtained for M.tuberculosis. There were 4.34% of subjects (n = 2) of T. pallidum were detected by PCR Multiplex. 
Conclusion: The PCR Multiplex method in this study has low sensitivity with high specificity. A positive result on Multiplex PCR can be useful for diagnosing patients with infectious uveitis."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rizka Ariani
Deteksi molekuler virus penyebab demam menyerupai gejala demam dengue menggunakan real time RT-PCR = Moleculer detection of viruses causing dengue-like fever using real time RT-PCR
"Demam akut yang disertai gejala mirip demam Dengue nyeri kepala, nyeri sendi, ruam, perdarahan perifer seperti mimisan, ptekie adalah gejala yang paling sering dikeluhkan oleh pasien. Gejala-gejala tersebut seringkali diakibatkan infeksi arbovirus yang sangat endemik di Indonesia sebagai negara tropis. Deteksi agen penyebab infeksi tersebut sangat diperlukan untuk penatalaksanaan yang tepat. Studi ini melakukan uji optimasi untuk deteksi molekuler virus penyebab demam mirip demam Dengue, meliputi DENV, ZIKV, WNV, JEV, YFV, CHIKV, dan Hantavirus menggunakan RT PCR. Primer pada studi ini dirancang menggunakan perangkat lunak online Primer-BLAST dari NCBI dan primer-primer tersebut memenuhi kriteria untuk reaksi RT PCR. Kontrol positif pada real time RT-PCR menggunakan DNA sintetik yang dirancang sesuai dengan amplicon target virus. DNA sintetik sepanjang 1.047 pasang basa dirancang untuk digunakan pada virus ZIKV, JEV, YFV, WNV, CHIKV, dan Hantavirus. Suhu penempelan optimum pada primer-primer adalah 600C kecuali primer flavivirus universal yaitu 560C. Limit deteksi primer JEV mencapai 4.355 salinan DNA setiap reaksi real time RT PCR. Tidak terdapat reaksi silang maupun positif palsu pada sampel RNA DENV serotipe 2 maupun pada sampel orang sehat yang digunakan pada studi ini. Sebagai kesimpulan, studi ini menghasilkan primer dan protokol real time RT-PCR yang berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut untuk digunakan dalam uji diagnostik pada sampel pasien demam akut menyerupai gejala demam Dengue.
Acute fever with Dengue like fever symptoms headache, rash, joint pain, perifer bleeding like ptechie, rinhorrhea is general symptoms that often being complained by patient. Usually the etiology agent of the symptoms are arbovirals which are endemic in Indonesia as a tropical country. In this case, molecular detection is very important to confirm the etiology of disease for prompt and adequate management. This study optimized viral molecular detection as an etiology agent for Dengue like fever symptoms using real time RT PCR. The viruses that were investigated were DENV, ZIKV, WNV, JEV, YFV, CHIKV, and Hantavirus. Primer were designed used Primer BLAST software from NCBI. Those primers fulfilled the good primer requirements and could be used in real time RT PCR reaction. Synthetic DNA with 1.047 base pairs was designed based on amplicon target to be used as control positive for ZIKV, JEV, YFV, WNV, CHIKV, and Hantavirus. The optimal annealing temperature for all primers were at 600C except for flavivirus universal primer was at 560C. The limit of detection of JEV primer was 4355 copies DNA per reaction. Cross reactivity between all primers with DENV serotype 2 RNA and healthy person sample were not found. This study still need RNA viruses as negative or positive control and clinical sample to determine the sensitivity and specificity. As a conclusion, this study provided primers and real time RT PCR protocol that potentially be further developed as diagnostic tools for patient with Dengue like fever symptoms. "
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Caroline Christina
Produksi Kolagen dari Membran Cangkang Telur Ayam dan Analisis Kandungan Hidroksiprolin Menggunakan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi Detektor Fluoresensi = Collagen Production From Chicken's Eggshell Membrane and Analysis of its Hydroxyproline Content Using High Performance Liquid Chromatography-Fluorescence Detector
"ABSTRAK
Telur merupakan salah satu makanan yang dinikmati oleh seluruh kalangan di dunia. Hal ini menyebabkan cangkang telur menjadi salah satu limbah terbesar yang disebabkan oleh unggas. Limbah dapat mengotori lingkungan padahal cangkang telur ayam yang salah satu penyusunnya membran cangkang telur, memiliki manfaat sebagai sumber kolagen. Membran cangkang telur merupakan bagian yang berada tepat pada lapisan dalam telur. Ekstraksi perlu dilakukan untuk mendapatkan kolagen dari membran cangkang telur ayam. Hidroksiprolin merupakan salah satu asam amino sekunder yang merupakan penanda adanya kolagen yang perlu diderivatisasi menggunakan FMOC-Cl (9-Fluorenilmetoksikarbonil-klorida) untuk dianalisis dengan KCKT. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode optimal dalam ekstraksi kolagen dalam membran cangkang telur ayam dan analisis penentuan kadar kolagen hasil metode optimal menggunakan KCKT-detektor fluoresensi. Ekstraksi kolagen dari membran cangkang telur ayam perlu dioptimalisasi untuk menghasilkan jumlah yang optimal. Optimalisasi ekstraksi pada penelitian ini dilakukan dengan tiga parameter yaitu, metode (hidrolisis asam, hidrolisis enzim, dan campuran keduanya), suhu (4oC dan 22-23oC), dan ada atau tidak adanya pengadukan. Berdasarkan penelitian ini, didapatkan metode paling optimal adalah pada ekstraksi dengan hidrolisis asam pada suhu 4oC tanpa pengadukan yang menghasilkan rendemen 0,608% dengan kadar kolagen 2,4666% dari total hasil ekstraksi.
ABSTRACT
Chicken eggs are one of the food that most enjoyed by all people in the world. The consumption of eggs cause eggshell to be one of the biggest waste. However, the eggshell has its own benefits. The eggshell membrane, located right in the inner layer of the egg, contains collagen. Extraction needs to be done to obtain collagen from the chicken eggshell membrane. Hydroxyproline, a secondary amino acid, is a marker of collagen that needs to be derivatized using FMOC-Cl (9-Fluorenylmethoxycarbonyl-chloride) so, it could be analyzed with HPLC. This study aims to obtain an optimal method for collagen extraction from chicken eggshell membranes and its optimal method collagen content analysis using HPLC-fluorescence detector. Collagen extraction from the chicken eggshell membrane needs to be optimized to produce an optimal amount. Extraction optimization in this study was carried out with three parameters, which were, method (acid hydrolysis, enzyme hydrolysis, and mixture of both), temperature (4oC and 22-23oC), and the presence or absence of stirring. Based on this research, the most optimal method was extraction with acid hydrolysis at 4oC without stirring which results in 0,608% yield with collagen content of 2,4666%.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Suratno Lulut Ratnoglik
Tinjauan sistematik: Uji multiplex real-time PCR untuk deteksi bakteri penyebab Rickettsiosis = Multiplex real-time PCR assay for detection rickettsiosis agents: a systematic review
"Latar belakang: Tingginya insiden penyakit rickettsial di Asia Tenggara termasuk Indonesia, memerlukan alat diagnostik yang cepat dan akurat untuk berbagai agen rickettsiosis yang termasuk dalam typhus group, spotted fever group dan scrub typhus group. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk memberikan gambaran komprehensif mengenai akurasi uji diagnostik multiplex real-time PCR untuk mendeteksi typhus group rickettsia (TGR), spotted fever group rickettsia (SFGR) dan Orientia tsutsugamushi (Scrub Typhus Group/STG), pada pasien / sampel dengan penyakit demam akut. Sumber data: Pencarian daring yang sistematis di database PubMed, EBSCOhost, Scopus, dan Google Cendekia, menggabungkan istilah pencarian ‘multipleks real-time PCR’ ,‘ typhus group’, ‘spotted fever group’, dan ‘scrub typhus’. Kriteria kelayakan penelitian: Studi klinis yang memenuhi syarat adalah studi yang meneliti reliabilitas uji multipleks real time PCR pada pasien / sampel dengan penyakit demam akut. Penilaian studi: Kualitas metodologis dari studi yang dimasukkan dinilai dengan menggunakan The Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies 2 (QUADAS-2) Hasil: Diperoleh 2 artikel penelitian dengan kualitas sedang dan 1 artikel penelitian dengan kualitas baik. Hanya satu penelitian yang melaporkan nilai akurasi diagnostik metode multiplex real – time PCR yang digunakan dengan nilai sensitivitas/spesifitas klinis 20% / 99% untuk TGR, 25%/98% untuk SFGR dan 27%/100% untuk STG (OT), dengan nilai prediksi positif/ nilai predeksi negatif sebesar 63%/ 92% untuk SFGR, 75% / 87% untuk TGR dan 100% / 88% untuk OT(STG). Sementara kedua penelitian yang lain memberikan proporsi positif masing – masing 9 dari 12 (75%) sampel klinis terkonfirmasi positif dan 11 dari 319 (3%) sampel klinis pasien demam akut. Kesimpulan / signifikansi: Nilai sensitifitas klinis uji multiplex real-time PCR untuk mendeteksi TGR, SFGR dan STG (Orientia tsutsugamushi) dari penelitian – penelitian yang diikutkan tinjauan sistematik ini masih rendah, namun memiliki spesifisitas klinis yang tinggi. Untuk ke depan, penting untuk mengembangkan uji multiplex real-time PCR dengan sensitifitas klinis yang tinggi untuk mendeteksi bakteri Rickettsia / Orientia pada fase akut sehingga pasien mendapat perawatan yang cepat dan tepat.
Background: The high incidence of rickettsiosis in Southeast Asia, including Indonesia, necessitates rapid and accurate diagnostic tools for a broad range of rickettsiosis agents, including typhus and spotted fever group and scrub typhus group. Objectives: This study aimed to provide a comprehensive overview of multiplex realtime PCR for detecting typhus group rickettsia (TGR), spotted fever group rickettsia (SFGR) and Orientia tsutsugamushi (Scrub Typhus Group/STG) simultaneously, in patients/samples with acute febrile illness. Data sources: A systematic computerized search conduct in PubMed, EBSCOhost, Scopus, and Google Scholar databases, combining the search term ‘multiplex real-time PCR,’ ‘spotted fever group,’ ‘typhus group,’ and ‘scrub typhus.’ Study eligibility criteria: Clinical studies that investigate the reliability multiplex real time PCR assay in patients/samples with acute febrile illness were eligible. Study appraisal and synthesis methods: The methodological quality of the included studies was assessed with the use of the The Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies 2 (QUADAS-2) checklist Results: It was obtained two moderate quality articles and one good quality article. Only one study reported diagnostic accuracy values of multiplex real-time PCR methods used with clinical sensitivity / specificity values of 20% / 99% for TGR, 25% / 98% for SFGR and 27% / 100% for STG (OT), with positive predictive value / negative predictive value of 63% / 92% for SFGR, 75% / 87% for TGR and 100% / 88% for OT (STG). While the other two studies provided a positive proportion each 9 out of 12 (75%) clinical samples were confirmed positive and 11 out of 319 (3%) clinical samples were acute fever patients. Conclusion/significance: The clinical sensitivity values of real-time multiplex PCR assay for detecting TGR, SFGR, and STG (Orientia tsutsugamushi) from studies included in this systematic review are still low but have high clinical specificity. On the forward, it is crucial to develop a multiplex real-time PCR test with high clinical sensitivity to detect Rickettsia / Orientia bacteria in the acute phase so the patients receive appropriate care."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Via Ekawati
Penggunaan Swab Bukal sebagai Spesimen Untuk Deteksi SARS-COV2 Menggunakan Metode Real Time RT-PCR = The Use of Buccal Swab as Specimen for Detection of SARS-COV-2 by Using Real-Time RT-PCR Method
"Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan SARS-COV-2. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif. Diperlukan tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2.
Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19. Dilakukan optimasi, ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR .
Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien COVID-19. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct <25, hasil kesesuaian positif dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan negatif adalah 100%. 
Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2.
Background: COVID-19 caused by the SARS-COV-2 virus. WHO published protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination.
Methods: This diagnostic test study from 2020 to 2021, specimens of nasopharyngeal, oropharyngeal and buccal swabs from COVID-19. Specimens underwent an optimization, viral RNA extraction and real time RT-PCR.
Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values ​​of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative are 100%. The value of Ct < 30 and Ct < 40  results in a positive agreement are 85.3% and 51,1 %. The negative  results are 100%.
Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Khalil Ahmad Aulia
Evaluasi Deteksi COVID-19 Gen E dan RdRp menggunakan Sampel Saliva dengan Metode Real-Time PCR = Evaluation of COVID-19 E and RdRp Genes Detection using Saliva Samples with Real-Time PCR Method
"Pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) terjadi akibat cepatnya penyebaran Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) sehingga membutuhkan uji yang cepat dan tepat. Real-time polymerase chain reaction(real-time PCR) menggunakan sampel swab nasofaring merupakan standar baku emas, namun sifatnya yang invasif dan tingginya risiko aerosolisasi menjadi kekurangan sampel swab nasofaring. Saliva dinilai dapat menjadi sampel alternatif dalam uji deteksi COVID-19 karena proses koleksi yang tidak invasif, risiko aerosolisasi rendah, serta dapat dilakukan tanpa kontak langsung dengan tenaga kesehatan. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah 1) mengevaluasi potensi saliva dalam uji deteksi COVID-19 menggunakan metode real-time PCR dan gen deteksi Envelope (E) serta RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) membandingkan hasil real-time PCR sampel swab nasofaring dengan sampel saliva untuk mendapatkan nilai diagnostik, serta 3) mengetahui pengaruh penyimpanan saliva pada suhu -80°C selama tiga dan enam bulan terhadap nilai cycle threshold (Ct) dari real-time PCR yang dilakukan. Metode yang dilakukan meliputi isolasi RNA dengan QIAamp Viral RNA mini kit, kuantifikasi RNA dengan spektrofotometer, amplifikasi dengan real-time PCR, serta analisis data. Hasil real-time PCR menunjukkan bahwa gen E dan RdRp terdeteksi pada 45 dari 128 sampel dengan rentang nilai Ct 14,953—34,8509 dan rata-rata 24,98. Nilai diagnostik yang dihasilkan berupa nilai sensitivitas sebesar 87,2%, spesifisitas 95,1%, positive predictive value (PPV) 91,1%, dan negative predictive value(NPV) 92,8%. Saliva yang disimpan dalam suhu -80°C menunjukkan nilai Ct yang tidak berbeda secara signifikan setelah 3 dan 6 bulan penyimpanan. Kesimpulan penelitian adalah saliva dapat digunakan sebagai sampel alternatif dalam deteksi COVID-19 dengan metode real-time PCR dan gen deteksi E serta RdRp menggunakan sampel yang disimpan selama 3 dan 6 bulan tanpa buffer di suhu -80°C meskipun belum memenuhi kriteria standar WHO.
The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic occurred as a result of the rapid spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) thus requiring rapid and appropriate testing. Real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) using nasopharyngeal swab samples is the gold standard, but its invasive nature and high risk of aerosolization is a shortage of nasopharyngeal swab samples. Saliva is considered to be an alternative sample in the COVID-19 detection test because the collection process is non-invasive, has a low risk of aerosolization, and can be done without direct contact with health workers. Therefore, the aims of this study were 1) to evaluate the potential of saliva in the COVID-19 detection test using the real-time PCR method and the Envelope (E) detection gene and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) to compare the results of real-time PCR nasopharyngeal swab samples with saliva samples to obtain diagnostic value, and 3) to determine the effect of storing saliva at -80°C for three and six months on the cycle threshold (Ct) value of the real-time PCR performed. The methods used included RNA isolation with the QIAamp Viral RNA mini kit, RNA quantification with a spectrophotometer, amplification with real-time PCR, and data analysis. Real-time PCR results showed that the E and RdRp genes were detected in 45 of 128 samples with a Ct value range of 14.953-34.8509 and an average of 24.98. The resulting diagnostic value was a sensitivity value of 87.2%, a specificity of 95.1%, a positive predictive value (PPV) of 91.1%, and a negative predictive value (NPV) of 92.8%. Saliva stored at -80°C showed Ct values that were not significantly different after 3 and 6 months of storage. The conclusion of the study is that saliva can be used as an alternative sample in detecting COVID-19 with the real-time PCR method and detecting E and RdRp genes using samples stored for 3 and 6 months without buffer at -80°C even though they do not meet WHO standard criteria."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Dhany Nugraha Ramdhany
Diagnosis gangguan sistem ubinari pada anjing dan kucing menggunakan vfi 5./ Dhany Nugraha Ramdhany, Aziz Kustiyo, Ekowati Handharyani, Agus Buono
"Sistem urinari hewan dapat dibagi menjadi 2 bagian yaitu sistem urinari bagian atas dan sistem urinari bagian bawah. Ginjal yang merupakan bagian dari sistem urinari memiliki 2 fungsi penting, yaitu filtrasi dan reabsorpsi. Dalam mendiagnosis penyakit yang diderita hewan pada sistem urinarinya terdapat beberapa kendala. Pada penelitian ini, dikembangkan model untuk mendiagnosis gangguan sistem urinari pada anjing dan kucing dengan menggunakan algoritma VFI 5 berdasarkan gejala klinis (terdapat 37 feature) dan pemeriksaan laboratorium (39 feature). Percobaan dilakukan baik pada feature gejala klinis dan juga pada feature pemeriksaan laboratorium. Hasil pengamatan yang dilakukan menunjukkan bahwa akurasi rata-rata sebesar 77,38% untuk percobaan dengan feature gejala klinis, dan 86,31% untuk percobaan dengan feature pemeriksaan laboratorium. Peningkatan ini mengindikasikan bahwa dalam mendiagnosis penyakit dalam sistem urinari, pemeriksaan laboratorium masih sangat dibutuhkan dalam menentukan hasil diagnosis suatu penyakit."
[Fakultas Ilmu Komputer Universitas Indonesia, IPB. Departemen Ilmu Komputer], 2009
PDF
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Luh Inta Prilandari
Optimasi uji duplex real-time PCR untuk deteksi Corynebacterium Diphtheriae Potensial Toksigenik dan penerapan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri = Optimization of duplex real-time PCR assay for detection of potentially Toxigenic Corynebacterium Diphtheriae and application using throat swab of suspected diphtheria patient.
"Latar belakang: Difteri merupakan penyakit infeksi bakteri yang diperantarai oleh
toksin. Corynebacterium diphtheriae adalah penyebab tersering difteri. Diagnostik
laboratorium harus dilakukan dengan cepat untuk menunjang diagnosis klinis difteri.
Pemeriksaan mikroskopik tidak direkomendasikan karena tidak spesifik, kultur dan uji
toksin yang merupakan uji baku emas cukup memakan waktu, membutuhkan
keterampilan dan pengalaman serta hanya dilakukan di laboratorium rujukan. PCR
merupakan metode pemeriksaan yang cepat, sensitif dan spesifik. Duplex real-time PCR
dapat mendeteksi bakteri penyebab tersering dan gen pengkode toksin secara simultan.
Tujuan penelitian: Melakukan optimasi uji duplex real time PCR untuk deteksi C.
diphtheriae potensial toksigenik dan menerapkannya pada spesimen usap tenggorok
pasien tersangka difteri.
Metode: Duplex real-time PCR menggunakan dua pasang primer dan probe dengan
target gen rpoB C.diphtheriae dan toksin difteri subunit A Tox. Parameter yang
dioptimasi adalah suhu penempelan, konsentrasi masing-masing primer dan probe,
inhibitor, reaksi silang dengan patogen lain dan ambang batas deteksi uji. Kemudian uji
diaplikasikan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri yang dirawat di
RSPI Sulianti Saroso pada periode 2018-2019. Sebagai perbandingan dilakukan uji Elek
untuk konfirmasi toksigenitas dan analisa data klinis pasien.
Hasil: Kondisi optimal uji didapat pada suhu penempelan 55oC, konsentrasi primer Cd
0,4 μM, primer Tox 0,6 μM, probe Cd 0,5 μM dan probe Tox 0,625 μM, volume elusi
ekstraksi DNA 50 μL, volume cetakan DNA 5 μL dan ambang batas deteksi 2 CFU/ml.
Uji tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme lain yang dicobakan. Dari 89 sampel,
proporsi positif C.diphtheriae potensial toksigenik dengan uji duplex real-time PCR
adalah 21,3%, sedangkan proporsi positif C.diphtheriae toksigenik menggunakan uji
baku emas adalah 11,2%.
Kesimpulan: Duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigenik
telah dioptimasi dan diaplikasikan pada pasien tersangka difteri. Diharapkan uji ini
dapat meningkatkan diagnosis laboratorium kasus difteri.
Background: Diphtheria is toxin-mediated bacterial infection. The most common
etiology is Corynebacterium diphtheriae. Laboratory diagnostic should be done
immediately to support clinical diagnosis. Microscopic examination is not
recommended, culture followed by toxin test is consider gold standard but timeconsuming,
require experience and only done in referral laboratory. PCR is fast,
sensitive and specific. Duplex real-time PCR can detect bacteria and toxin-encoding
gene simultaneously.
Objective: Optimizing duplex real-time PCR assay for detection of potentially
toxigenic C.diphtheriae and applicate the assay on throat swab of suspected diphtheria
patient.
Method: Two pair of primers and specific probe targeting rpoB gene of C.diphtheriae
and A-subunit of diphtheria toxin gene were used in this study. Parameters including
annealling temperature, concentration of primers and probes, inhibitors, cross reaction
and detection limit were being optimized to receive optimal condition. The optimized
assay was applicated on throat swab of suspected diphtheria patient in Sulianti Saroso
Infectious Disease Hospital at 2018-2019. Elek toxigenity test was used for comparison
and clinical data of the patient were analyzed.
Result: The optimum condition for duplex real-time PCR was received upon the
annealing temperature 60oC, concentration of Cd primer 0,4 μM, Tox primer 0,6 μM,
Cd probe 0,5 μM, Tox probe 0,625 μM, DNA elution volume 50 μL, DNA template
volume 5 μL and detection limit 2 CFU/ml. There was no cross reaction found with
other tested microorganisms. Of 89 samples, proportion of potentially toxigenic
C.diphtheriae was 21,3% and proportion of toxigenic C.diphtheriae confirmed by gold
standard was 11,2%.
Conclusion: Duplex real time PCR has been optimized for detection of potentially
toxigenic C.diphtheriae. This method can be used to detect C.diphtheriae and Tox
simultaneosly and increase supporting diagnosis."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Lidya Priscilla
Deteksi dan kuantifikasi mikroba dalam sediaan jamu di Kecamatan Pancoran Mas Depok dengan teknik real-time PCR (polymerase chain reaction) = Detection and quantification of microbacterial in traditional medicine jamu in Pancoran Mas Depok using real time PCR technique / Lidya Priscilla
"Jamu merupakan obat tradisional berbahan alami dan telah didayagunakan oleh bangsa Indonesia dalam memecahkan berbagai masalah kesehatan yang dihadapinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi populasi mikroba dan menganalisis kemungkinan kontaminasi mikroba Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp., dan Staphylococcus aureus yang terdapat pada sediaan jamu di Indonesia menggunakan teknik real-time PCR dan membandingkannya dengan metode konvensional yaitu Angka Lempeng Total (ALT) dan uji bakteri patogen. Berdasarkan hasil yang diperoleh, metode konvensional belum dapat digunakan sebagai pengujian utama karena masih memberikan hasil positif palsu dan dengan metode real-time PCR dapat dideteksi adanya cemaran Pseudomonas aeruginosa pada sampel jamu yang tidak dapat terdeteksi dengan metode konvensional
Herbal medicine is a traditional medicine made from natural materials that have been used by Indonesian people to solve health problems. This study aims to identify the microbial population and analyze microbial contamination of mikroba Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp., dan Staphylococcus aureus were found in herbal medicine in Indonesia using real-time PCR technique and compared with conventional methods such as Total Viable Count (TVC) and identification of bacterial pathogens. The result has shown that conventional methods can not be used as the main test because of false positive results. Realtime PCR method can detects the presence of contaminant bacteria Pseudomonas aeruginosa and in herbal medicine sample that can not be detected with conventional method."
Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2014
S57057
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>